See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2023-01-25 06:30:04 -0500 (Wed, 25 Jan 2023).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1BiocGenerics (54638)
2S4Vectors (51589)
3BiocVersion (50788)
4GenomeInfoDb (49144)
5IRanges (48894)
6Biobase (46601)
7zlibbioc (45945)
8XVector (44459)
9Biostrings (40437)
10BiocParallel (39704)
11GenomicRanges (37094)
12DelayedArray (36323)
13SummarizedExperiment (34938)
14MatrixGenerics (34813)
15limma (34276)
16AnnotationDbi (32422)
17KEGGREST (30981)
18annotate (21454)
19BiocFileCache (20131)
20genefilter (19747)
21Rhtslib (19678)
22Rsamtools (19493)
23GenomicAlignments (19329)
24edgeR (19303)
25biomaRt (19197)
26rtracklayer (17871)
27Rhdf5lib (17710)
28graph (17418)
29DESeq2 (16566)
30geneplotter (16048)
31GenomicFeatures (15882)
32rhdf5 (15788)
33ggtree (14680)
34rhdf5filters (14383)
35BiocIO (14139)
36treeio (14110)
37qvalue (13215)
38preprocessCore (12709)
39enrichplot (12675)
40fgsea (12316)
41DelayedMatrixStats (12102)
42DOSE (11938)
43clusterProfiler (11876)
44GOSemSim (11228)
45sparseMatrixStats (11056)
46SingleCellExperiment (10862)
47ComplexHeatmap (10559)
48beachmat (10419)
49HDF5Array (9622)
50multtest (9587)
51BSgenome (9532)
52GEOquery (9428)
53RBGL (9301)
54Rgraphviz (9106)
55BiocSingular (9061)
56ProtGenerics (8991)
57ScaledMatrix (8728)
58impute (8526)
59AnnotationHub (8498)
60ensembldb (8218)
61affyio (7822)
62affy (7692)
63interactiveDisplayBase (7548)
64AnnotationFilter (7459)
65GSEABase (6879)
66BiocNeighbors (6751)
67VariantAnnotation (6653)
68BiocStyle (6562)
69scuttle (6553)
70sva (5759)
71ShortRead (5275)
72ExperimentHub (5004)
73scater (4717)
74vsn (4652)
75KEGGgraph (4530)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (60)
a4Base (80)
a4Classif (59)
a4Core (91)
a4Preproc (100)
a4Reporting (62)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (20)
abaenrichment (1)
ABarray (51)
abc (1)
abc.data (1)
abe (1)
abseqR (49)
ABSOLUTE (1)
ABSSeq (76)
acde (63)
ACE (65)
acepack (1)
aCGH (119)
ACME (64)
adabag (1)
ADaCGH2 (44)
ADAM (48)
ADAMgui (45)
adaptest (3)
adductomicsR (43)
adegenet (1)
ADGofTest (1)
ADImpute (56)
admiral (1)
admiral.test (1)
admiraldev (1)
admisc (2)
admixtools (1)
adSplit (51)
AER (1)
afex (1)
affio (0)
AffiXcan (43)
affxparser (1420)
affy (7692)
affycomp (61)
AffyCompatible (61)
affyContam (50)
affycoretools (347)
affydata (1)
AffyExpress (7)
affyILM (43)
affyio (7822)
affylmGUI (56)
affyPara (10)
affypdnn (7)
affyPLM (1222)
affyQCReport (19)
affyqcreport (0)
AffyRNADegradation (49)
AffyTiling (3)
AGDEX (45)
aggregateBioVar (47)
aggregation (1)
Agi4x44PreProcess (4)
agilp (106)
AgiMicroRna (137)
agimicrorna (0)
agricolae (2)
AIMS (336)
airpart (40)
akima (1)
ALDEx2 (659)
aldvmm (1)
alevinQC (67)
AlgDesign (1)
ALL (3)
AllelicImbalance (62)
AlphaBeta (41)
alpine (78)
ALPS (7)
AlpsNMR (56)
alsace (23)
altcdfenvs (53)
AMARETTO (46)
amgen.okta.client (1)
AMOUNTAIN (59)
amplican (62)
ampliQueso (3)
AnalysisPageServer (3)
anamiR (3)
Anaquin (49)
ANCOMBC (633)
AneuFinder (75)
AneuFinderData (1)
ANF (48)
animalcules (85)
animation (1)
annaffy (218)
AnnBuilder (3)
annmap (43)
annotate (21454)
AnnotationDbi (32422)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (7459)
AnnotationForge (2278)
AnnotationFuncs (9)
AnnotationHub (8498)
AnnotationHubData (192)
annotationTools (72)
annotatr (361)
anota (55)
anota2seq (53)
antiProfiles (46)
AnVIL (635)
AnVILBilling (38)
AnVILPublish (40)
aod (1)
APAlyzer (54)
apcluster (1)
apComplex (47)
apcomplex (0)
ape (1)
apeglm (2967)
APL (32)
aplot (1)
applera (2)
appreci8R (43)
aqp (1)
argparse (1)
arm (1)
aroma.affymetrix (2)
aroma.apd (2)
aroma.core (2)
aroma.light (1669)
ArrayExpress (516)
ArrayExpressHTS (38)
arrayMagic (2)
arrayMvout (41)
arraymvout (0)
arrayQCplot (2)
arrayQuality (96)
arrayQualityMetrics (463)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (13)
ArrayTV (4)
ARRmNormalization (42)
arrow (2)
artMS (63)
ASAFE (43)
ASCAT (1)
ascii (1)
asciicast (1)
ASEB (46)
ASExtras4 (1)
ASGSCA (46)
ash (2)
asht (1)
ASICS (59)
AsioHeaders (1)
askpass (1)
asmn (1)
asnipe (1)
ASpediaFI (39)
ASpli (68)
asremlPlus (1)
assertive.properties (1)
assertr (1)
assertthat (1)
AssessORF (42)
ASSET (63)
ASSIGN (63)
ASURAT (33)
ATACCoGAPS (7)
ATACseqQC (299)
ATACseqTFEA (10)
ATE (1)
atena (44)
AtlasRDF (2)
atSNP (49)
attract (45)
AUC (1)
AUCell (1460)
audio (1)
autonomics (44)
Autotuner (14)
av (1)
AWFisher (44)
aws.s3 (2)
aws.signature (2)
awst (40)

B

BaalChIP (48)
babelgene (1)
babelmixr2 (1)
BAC (46)
backports (1)
bacon (84)
bacr (1)
BADER (54)
badger (1)
BadRegionFinder (44)
BAGS (44)
ballgown (524)
bambu (180)
bamsignals (837)
BANDITS (52)
bandle (24)
banocc (37)
barcodetrackR (37)
bartMachine (1)
bartMachineJARs (1)
base (1)
base64 (1)
base64enc (1)
basecallQC (47)
BaseSpaceR (50)
Basic4Cseq (47)
BASiCS (102)
BASiCStan (9)
BasicSTARRseq (45)
basilisk (1155)
basilisk.utils (1121)
batchelor (2665)
BatchJobs (1)
BatchQC (103)
BayesFactor (1)
BayesianTools (1)
BayesKnockdown (36)
bayesm (1)
BayesPeak (10)
bayespeak (0)
BayesPen (1)
bayesplot (1)
BayesSpace (134)
bayestestR (1)
bayNorm (69)
baySeq (535)
bayseq (1)
BB (1)
BBCAnalyzer (40)
BBmisc (1)
bbmle (1)
bbr (1)
BCEE (1)
BCRANK (54)
bcSeq (44)
BDgraph (1)
BDMMAcorrect (45)
bdsmatrix (1)
beachmat (10419)
beadarray (588)
beadarraySNP (50)
BeadDataPackR (595)
beaddatapackr (0)
BeadExplorer (1)
beanplot (1)
BEARscc (39)
BEAT (41)
BEclear (64)
bedr (1)
beer (28)
beeswarm (1)
bench (1)
benchdamic (37)
BentoBox (0)
betr (3)
BeviMed (1)
bezier (1)
bgafun (5)
BgeeCall (43)
BgeeDB (80)
BGmix (40)
bgx (48)
BH (2)
BHC (101)
BiasedUrn (1)
bibtex (1)
BicARE (87)
BiFET (44)
biganalytics (1)
bigassertr (1)
bigD (1)
BiGGR (43)
biglm (1)
BigMatrix (0)
bigmelon (50)
bigmemory (1)
bigmemory.sri (1)
bigmemoryExtras (7)
bigparallelr (1)
bigPint (71)
bigreadr (1)
bigrquery (1)
bigsnpr (1)
bigsparser (1)
bigstatsr (1)
bigutilsr (1)
bim (2)
BindingSiteFinder (37)
bindr (1)
bindrcpp (1)
binom (1)
binr (1)
bio3d (1)
bioassayR (57)
Biobase (46601)
biobase (1)
biobroom (162)
biobtreeR (43)
bioCancer (53)
BiocBaseUtils (404)
BiocCaseStudies (6)
BiocCheck (1689)
biocDatasets (1)
BiocDockerManager (41)
BiocFHIR (7)
BiocFileCache (20131)
BiocGenerics (54638)
BioCGenerics (1)
biocGraph (82)
BiocInstaller (969)
Biocinstaller (0)
biocinstaller (1)
BiocInstallerf (1)
BiocIO (14139)
biocLite (0)
BiocManager (5)
BiocNeighbors (6751)
BiocOncoTK (54)
Bioconductor (1)
bioconductor-geomxtools (1)
BioCor (53)
BiocParallel (39704)
BiocPkgTools (85)
BiocSet (173)
BiocSingular (9061)
BiocSklearn (60)
BiocStyle (6562)
biocthis (133)
BiocVersion (50788)
biocViews (3761)
BiocWorkflowTools (149)
biodb (83)
biodbChebi (35)
biodbExpasy (21)
biodbHmdb (35)
biodbKegg (44)
biodbLipidmaps (31)
biodbMirbase (21)
biodbNcbi (24)
biodbNci (21)
biodbUniprot (35)
bioDist (189)
biom (1)
biomaRt (19197)
biomart (1)
BioMedR (1)
biomformat (4277)
BioMM (44)
BioMVCClass (43)
biomvRCNS (41)
BioNAR (8)
BioNERO (75)
BioNet (241)
bionet (0)
BioNetStat (54)
BioPlex (32)
BioQC (100)
BioSeqClass (9)
biosigner (65)
biostatUtil (1)
Biostrings (40437)
biostrings (1)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (3)
BioTIP (42)
biotmle (43)
biovizBase (4373)
BiRewire (74)
birta (6)
birte (2)
biscuiteer (51)
BiSeq (64)
bit (1)
bit64 (1)
bitops (1)
BitSeq (51)
blacksheepr (43)
BlakerCI (1)
blima (45)
BLMA (44)
blme (2)
blob (2)
blockcluster (1)
blogdown (1)
BloodGen3Module (47)
bluster (3122)
BMA (1)
BMix (1)
bmp (1)
bnbc (45)
bnem (37)
BOBaFIT (26)
bold (1)
bookdown (3)
boot (1)
bootstrap (1)
borealis (20)
Boruta (1)
bpcp (1)
BPRMeth (48)
BRAIN (98)
brainflowprobes (39)
brainImageR (1)
BrainSABER (38)
BrainStars (5)
branchpointer (56)
brave (1)
breakpointR (44)
brendaDb (43)
brew (1)
BRGenomics (117)
brglm (1)
bridge (40)
BridgeDbR (55)
bridgedist (1)
bridgesampling (1)
brio (1)
brms (1)
Brobdingnag (1)
broom (2)
broom.helpers (1)
BrowserViz (104)
BrowserVizDemo (1)
bs4Dash (1)
BSgenome (9532)
BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam3 (2)
BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5 (1)
BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38 (1)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 (2)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 (2)
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10 (2)
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9 (1)
bslib (2)
bsplus (1)
bsseq (1138)
bst (1)
BubbleTree (46)
BufferedMatrix (50)
BufferedMatrixMethods (43)
bugsigdbr (65)
BUMHMM (36)
bumphunter (2106)
BumpyMatrix (260)
BUS (45)
BUScorrect (39)
BUSpaRse (193)
BUSseq (33)
BuxcoR (0)
BWStest (1)

C

C50 (1)
cachem (1)
CAEN (34)
CAFE (40)
CAGEfightR (66)
cageminer (34)
CAGEr (85)
Cairo (1)
CALIB (5)
calib (0)
calibrate (1)
callr (3)
calm (39)
CAMERA (416)
campsismod (1)
CAMTHC (2)
canceR (48)
cancerclass (53)
CancerInSilico (40)
CancerMutationAnalysis (4)
CancerSubtypes (186)
CAnD (34)
caOmicsV (28)
car (1)
carData (1)
cardelino (10)
Cardinal (102)
caret (1)
CARNIVAL (111)
casper (46)
castor (1)
CATALYST (366)
Category (1899)
category (1)
categoryCompare (43)
caTools (1)
CausalR (47)
cbaf (41)
CBEA (24)
cBioPortalData (261)
cbpManager (40)
CBPS (1)
ccaPP (1)
ccdata (2)
ccfindR (77)
ccImpute (6)
ccmap (65)
CCPROMISE (37)
ccrepe (100)
ccube (1)
celaref (66)
celda (298)
CellaRepertorium (46)
CellBarcode (34)
cellbaseR (55)
CellBench (91)
cellGrowth (4)
cellHTS (4)
cellHTS2 (108)
CelliD (102)
cellity (45)
CellMapper (43)
cellmigRation (36)
CellMixS (56)
CellNOptR (78)
cellnoptr (1)
cellscape (40)
CellScore (37)
CellTrails (44)
cellTree (42)
cellxgenedp (89)
cem (1)
CEMiTool (149)
censcyt (31)
Cepo (59)
ceRNAnetsim (34)
CeTF (56)
CexoR (36)
CFAssay (51)
cfDNAPro (36)
cgdsr (1)
CGEN (55)
CGHbase (288)
CGHcall (257)
cghFLasso (1)
cghMCR (51)
CGHnormaliter (51)
CGHregions (52)
ChAMP (585)
ChAMPdata (1)
changepoint (1)
CHARGE (2)
charm (4)
checkmate (1)
ChemmineOB (182)
ChemmineR (519)
chemminer (0)
chemometrics (1)
CHETAH (58)
ChIC (41)
Chicago (70)
chimera (4)
chimeraviz (75)
ChIPanalyser (40)
ChIPComp (45)
chipenrich (90)
ChIPexoQual (42)
ChIPpeakAnno (883)
ChIPQC (323)
ChIPseeker (1598)
chipseq (495)
ChIPseqR (88)
ChIPSeqSpike (5)
ChIPsim (85)
ChIPXpress (39)
chopsticks (72)
CHORD (1)
chroGPS (3)
chromDraw (39)
ChromHeatMap (50)
ChromoViz (3)
chromPlot (75)
ChromSCape (46)
chromstaR (70)
chromswitch (41)
chromVAR (827)
chron (1)
CHRONOS (51)
cicero (171)
CIMICE (37)
CINdex (49)
cindex (0)
circlize (1)
circRNAprofiler (50)
CircSeqAlignTk (6)
circular (1)
cisPath (42)
CiteFuse (78)
Ckmeans.1d.dp (1)
class (1)
ClassifyR (59)
classInt (1)
cleanUpdTSeq (43)
cleaver (162)
clevRvis (0)
cli (3)
clinPK (1)
clippda (41)
clipper (72)
clipr (2)
cliProfiler (34)
cliqueMS (60)
clock (1)
Clomial (36)
Clonality (47)
clonotypeR (41)
clst (48)
clstutils (46)
clue (1)
CluMSID (54)
clustComp (42)
cluster (3)
clusterCrit (1)
clusterExperiment (278)
clusterGeneration (1)
ClusterJudge (42)
clustermq (1)
clusterprofielr (1)
clusterProfiler (11876)
clusterprofiler (0)
clusterRepro (1)
clusterSeq (37)
ClusterSignificance (38)
clusterStab (87)
clusthaplo (1)
clustifyr (128)
clustree (1)
clValid (1)
CMA (118)
cmapR (237)
cmdstanr (1)
cmprsk (1)
cn.farms (43)
cn.mops (168)
CNAnorm (45)
cnanorm (0)
CNAqc (1)
CNEr (1404)
CNORdt (43)
CNORfeeder (45)
CNORfuzzy (44)
cNORM (1)
CNORode (60)
CNPBayes (2)
CNTools (85)
cntools (1)
CNVfilteR (47)
CNVgears (41)
cnvGSA (38)
CNViz (36)
CNVMetrics (28)
CNVPanelizer (48)
CNVRanger (70)
CNVrd2 (39)
CNVtools (3)
cnvtools (0)
cobalt (1)
cobindR (3)
cobs (1)
CoCiteStats (38)
COCOA (44)
coda (1)
codelink (50)
codetools (1)
CODEX (67)
coexnet (21)
CoGAPS (120)
cogena (79)
cogeqc (27)
Cogito (32)
coGPS (45)
COHCAP (45)
coin (1)
cola (114)
collapse (1)
collections (1)
CollessLike (1)
coloc (2)
colorRamps (2)
colorspace (2)
colourpicker (1)
comapr (27)
combi (37)
coMET (61)
coMethDMR (29)
ComICS (1)
commonmark (2)
compartmap (44)
COMPASS (57)
compcodeR (65)
compEpiTools (47)
CompGO (8)
compiler (1)
ComplexHeatmap (10559)
compositions (1)
CompoundDb (94)
CompQuadForm (1)
ComPrAn (35)
conclus (31)
condcomp (1)
condiments (57)
conditionz (1)
CONFESS (39)
config (1)
conflicted (1)
conquer (1)
consensus (37)
ConsensusClusterPlus (2642)
consensusDE (42)
consensusOV (48)
consensusSeekeR (68)
consICA (8)
CONSTANd (40)
contfrac (1)
contiBAIT (41)
conumee (116)
convert (114)
copa (43)
COPDSexualDimorphism (1)
copynumber (363)
CopyNumber450k (1)
CopyNumberPlots (83)
CopywriteR (61)
coRdon (108)
CoRegFlux (2)
CoRegNet (56)
CoreGx (165)
Cormotif (40)
CorMut (5)
coRNAi (3)
coro (1)
corpcor (1)
corral (60)
correlation (1)
CORREP (48)
corrplot (1)
corrr (1)
coseq (85)
cosmiq (42)
cosmo (2)
cosmoGUI (3)
cosmosR (54)
COSNet (44)
COTAN (32)
CountClust (19)
countsimQC (62)
covEB (39)
CoverageView (59)
covr (1)
covRNA (38)
CovSel (1)
cowplot (1)
cpp11 (3)
cpvSNP (41)
cqn (236)
crayon (3)
creatr (1)
credentials (1)
CRImage (60)
crisprBase (40)
crisprBowtie (49)
crisprBwa (22)
crisprDesign (21)
crisprScore (51)
CRISPRseek (98)
crisprseekplus (39)
CrispRVariants (80)
crisprVerse (15)
crisprViz (13)
crlmm (103)
CrossICC (2)
crossmeta (64)
crosstalk (2)
crrri (1)
crrry (1)
crul (1)
CSAR (89)
csaw (320)
csawBook (4)
csdR (37)
csSAM (1)
CSSP (43)
CSSQ (34)
csv (1)
ctc (255)
CTDquerier (39)
ctgGEM (28)
ctmle (1)
cTRAP (47)
ctree (1)
ctsGE (44)
CTSV (14)
cubature (1)
cubelyr (1)
Cubist (1)
cummeRbund (237)
cummerbund (1)
curatedMetagenomicData (1)
curl (1)
customCMPdb (40)
customProDB (63)
cvAUC (1)
CVE (2)
CVST (1)
cxAnalysis (1)
cyanoFilter (36)
cycle (39)
cyclocomp (1)
cydar (79)
CytoDx (44)
cytofast (5)
cytofkit (17)
CyTOFpower (28)
CytoGLMM (45)
cytoKernel (36)
cytolib (2216)
cytomapper (140)
cytoMEM (24)
CytoML (978)
CytoTree (69)

D

d3Network (1)
dada2 (2081)
dae (1)
dagLogo (52)
daMA (46)
DAMEfinder (39)
DaMiRseq (65)
DAPAR (97)
DART (48)
DASC (1)
DASiR (2)
dasper (47)
data.table (3)
data.tree (1)
datamods (1)
datapipeline (1)
datasets (1)
datawizard (1)
DAVIDQuery (2)
DBChIP (10)
DBI (2)
DBItest (1)
dbplyr (1)
dbscan (1)
dcanr (59)
dce (43)
dcGSA (40)
DChIPRep (2)
ddalpha (1)
ddCt (85)
ddgraph (2)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (36)
deal (1)
dearseq (67)
debCAM (51)
debrowser (124)
debugme (1)
DECIPHER (1716)
deco (41)
DEComplexDisease (41)
decompTumor2Sig (67)
DeconRNASeq (160)
decontam (705)
deconvR (39)
decoupleR (223)
DEDS (6)
DeepBlueR (45)
DeepPINCS (37)
deepSNV (87)
DEFormats (193)
DegNorm (41)
DEGraph (45)
degraph (1)
DEGreport (455)
DEGseq (185)
degseq (0)
DelayedArray (36323)
DelayedDataFrame (46)
DelayedMatrixStats (12102)
DelayedRandomArray (41)
DelayedTensor (35)
deldir (1)
deltaCaptureC (33)
deltaGseg (36)
DeMAND (41)
DeMixT (58)
demuxmix (10)
dendextend (1)
dendsort (1)
densityClust (1)
densvis (126)
DEoptim (1)
DEoptimR (1)
DEP (398)
DepecheR (398)
DepInfeR (21)
DEqMS (180)
derfinder (426)
derfinderHelper (418)
derfinderPlot (75)
desc (2)
DEScan2 (41)
DescTools (1)
DESeq (458)
deseq (1)
DESeq2 (16566)
deseq2 (1)
DEsingle (256)
deSolve (1)
destiny (634)
DEsubs (43)
devtools (1)
DEWSeq (45)
DEXICA (0)
DExMA (41)
DEXSeq (980)
dexus (5)
dfidx (1)
DFP (40)
DHARMa (1)
diagram (1)
DiagrammeR (1)
DIAlignR (45)
dials (1)
DiceDesign (1)
diceR (1)
dichromat (1)
DiffBind (1039)
diffcoexp (65)
diffcyt (213)
DifferentialRegulation (25)
diffGeneAnalysis (38)
diffgeneanalysis (0)
diffHic (95)
DiffLogo (56)
diffloop (103)
diffobj (1)
diffuStats (53)
diffUTR (37)
digest (3)
diggit (46)
dimRed (1)
Dino (38)
dir.expiry (1069)
Director (36)
DirichletMultinomial (1947)
discordant (88)
DiscoRhythm (60)
DiscriMiner (1)
distill (1)
distillery (1)
distinct (92)
distr (1)
distrEx (1)
distributional (1)
DistributionUtils (1)
dittodb (1)
dittoSeq (577)
divergence (34)
diveRsity (1)
dks (35)
dlstats (1)
dm (1)
DMCFB (37)
DMCHMM (37)
DMRcaller (68)
DMRcate (804)
DMRcatedata (1)
DMRforPairs (39)
DMRScan (34)
dmrseq (117)
DMwR (1)
DNABarcodeCompatibility (35)
DNABarcodes (119)
DNAcopy (3381)
dnacopy (1)
DNAfusion (7)
DNaseR (1)
DNAshapeR (68)
dndscv (1)
DO.db (1)
doBy (1)
dockerfiler (1)
docopt (2)
domainsignatures (3)
doMC (1)
DominoEffect (35)
doParallel (1)
doppelgangR (47)
DOQTL (4)
doRNG (1)
Doscheda (34)
DOSE (11938)
doseR (38)
doSNOW (1)
dotCall64 (1)
doubletrouble (2)
downlit (1)
downloader (1)
dparser (1)
DPClust (1)
dpclust3p (1)
dpeak (39)
dplyr (3)
dqrng (2)
dr (1)
drake (1)
drawProteins (128)
DRIMSeq (336)
DriverNet (46)
DropletUtils (1898)
DRR (1)
drugTargetInteractions (45)
DrugVsDisease (43)
dSimer (2)
DSS (953)
dStruct (31)
DT (3)
DTA (41)
dtangle (1)
dtplyr (1)
DTRreg (1)
dtw (1)
dtwclust (1)
dualKS (10)
duckdb (1)
dummies (1)
Dune (36)
DupChecker (2)
dupRadar (88)
dyebias (44)
dynamicTreeCut (1)
DynDoc (905)
dyndoc (0)

E

e1071 (1)
earth (1)
easier (56)
EasyABC (1)
EasyCellType (9)
easypar (1)
EasyqpcR (6)
easyreporting (37)
easyRNASeq (59)
easyrnaseq (0)
EBarrays (118)
EBcoexpress (53)
EBImage (2146)
ebimage (0)
EBSEA (38)
EBSeq (343)
EBSeqHMM (56)
echarts4r (1)
ecolitk (42)
EDASeq (1505)
edd (3)
EDDA (4)
edge (98)
edgeR (19303)
edger (1)
eds (19)
eegc (40)
EGAD (57)
egg (2)
EGSEA (160)
eha (1)
eiR (41)
eisa (7)
eisaR (84)
ELBOW (5)
ellipse (1)
ellipsis (1)
elliptic (1)
ELMER (224)
emayili (1)
emdbook (1)
EMDomics (54)
emmeans (3)
EMMREML (1)
EmpiricalBrownsMethod (66)
emulator (1)
enc (1)
ENCODExplorer (5)
EnhancedVolcano (3113)
enhancerHomologSearch (39)
EnMCB (35)
ENmix (159)
EnrichedHeatmap (380)
EnrichmentBrowser (257)
enrichplot (12675)
enrichTF (61)
EnsDb.Hsapiens.v75 (2)
EnsDb.Hsapiens.v79 (1)
EnsDb.Hsapiens.v86 (2)
ensembldb (8218)
ensemblVEP (108)
ENVISIONQuery (4)
Epi (1)
epialleleR (37)
EpiCluster (0)
EpiCompare (32)
epidecodeR (33)
EpiDISH (203)
epigenomix (41)
epigraHMM (40)
epihet (36)
EpiMix (8)
epimutacions (26)
epiNEM (63)
epiR (1)
epistack (35)
epistasisGA (7)
epitools (1)
EpiTxDb (44)
epivizr (54)
epivizrChart (39)
epivizrData (55)
epivizrServer (63)
epivizrStandalone (45)
erccdashboard (56)
ergm (1)
ergm.count (1)
erma (66)
ERSSA (37)
esATAC (80)
escape (196)
esetVis (64)
esquisse (1)
estimability (2)
eudysbiome (35)
evaluate (3)
evaluomeR (38)
evd (1)
EventPointer (51)
EWCE (83)
Exact (1)
exactRankTests (1)
ExCluster (36)
ExiMiR (43)
exomeCopy (203)
exomecopy (0)
ExomeDepth (1)
exomePeak (12)
exomePeak2 (92)
exonfindR (0)
exonmap (5)
ExperimentHub (5004)
ExperimentHubData (160)
ExperimentSubset (42)
explorase (6)
ExploreModelMatrix (91)
expm (1)
ExpressionAtlas (88)
ExpressionView (4)
exprExternal (1)
expsmooth (1)
expss (1)
externalVector (2)
extraChIPs (25)
extraDistr (2)
extrafont (1)
extrafontdb (1)
extraTrees (1)
extRemes (1)

F

fabia (117)
facets (1)
facopy (2)
factDesign (43)
factR (10)
fail (1)
FamAgg (67)
famat (35)
fansi (2)
farms (58)
farver (2)
fastGHQuad (1)
fastICA (1)
fastLiquidAssociation (39)
fastmap (1)
fastmatch (1)
FastqCleaner (80)
fastreeR (28)
fastseg (611)
fbat (2)
FCBF (73)
fCCAC (42)
fCI (43)
fcoex (57)
fcScan (38)
fda (2)
FDb.InfiniumMethylation.hg19 (2)
fdrame (44)
fdrtool (1)
fds (2)
FEAST (70)
feather (1)
fedup (34)
FELLA (102)
FEM (42)
ff (1)
ffbase (1)
FField (1)
ffpe (60)
fftw (1)
fftwtools (1)
fgga (39)
FGNet (65)
fgsea (12316)
fields (1)
filehash (1)
filelock (2)
FilterFFPE (35)
FindIT2 (38)
FindMyFriends (16)
findpython (1)
FISHalyseR (40)
fishHook (1)
fishMod (1)
fishpond (325)
fit.models (1)
fitdistrplus (1)
FitHiC (50)
fixest (1)
flagme (40)
FLAMES (41)
flexclust (1)
flexdashboard (1)
flexmix (1)
flexsurv (1)
flextable (1)
flipflop (3)
flowAI (453)
flowBeads (38)
flowBin (43)
flowcatchR (42)
flowCHIC (39)
flowCL (42)
flowClean (187)
flowClust (1083)
flowCore (2158)
flowCut (65)
flowCyBar (36)
flowDensity (175)
flowFit (5)
flowFlowJo (3)
flowFP (66)
flowGraph (34)
flowMap (41)
flowMatch (41)
flowMeans (101)
flowMerge (54)
flowPeaks (99)
flowPhyto (1)
flowPloidy (44)
flowPlots (43)
flowQ (4)
flowq (0)
flowQB (2)
FlowRepositoryR (12)
FlowSOM (863)
FlowSorted.Blood.EPIC (2)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (2)
flowSpecs (45)
flowSpy (3)
flowStats (1072)
flowTime (41)
flowTrans (53)
flowType (4)
flowUtils (132)
flowViz (1271)
flowVS (75)
flowWorkspace (1386)
flowworkspace (1)
flowWorkspaceData (1)
fma (1)
fmcsR (179)
FME (1)
fmrs (45)
FNN (1)
fobitools (38)
focalCall (2)
foghorn (1)
FoldGO (41)
fontawesome (1)
forcats (2)
foreach (2)
forecast (1)
foreign (1)
forestplot (1)
fork (1)
formatR (2)
formatters (1)
Formula (1)
formula.tools (1)
forrester.metadata (1)
fossil (1)
FourCSeq (6)
fpp (1)
fracdiff (1)
FRASER (103)
frenchFISH (31)
fresh (2)
FRGEpistasis (39)
frma (92)
frmaTools (44)
fs (2)
FScanR (36)
FunChIP (38)
FunciSNP (5)
funtooNorm (39)
furrr (1)
FuseSOM (9)
future (2)
future.apply (1)
future.callr (1)
fuzzyjoin (1)

G

GA (1)
GA4GHclient (43)
ga4ghclient (0)
GA4GHshiny (35)
gada (1)
gaga (53)
gage (942)
gaggle (39)
gaia (90)
gam (1)
gamlss (1)
gamlss.data (1)
gamlss.dist (1)
gamlss.tr (1)
gap (1)
gap.datasets (1)
gapfill (1)
GAPGOM (30)
GAprediction (42)
garfield (46)
gargle (1)
GARS (41)
gaston (1)
GateFinder (42)
gaucho (2)
gbm (1)
gbRd (1)
GBScleanR (33)
gcapc (45)
gcatest (46)
gclus (1)
gCMAP (5)
gCMAPWeb (2)
gCrisprTools (45)
gcrma (1412)
GCSConnection (19)
GCSFilesystem (31)
GCSscore (44)
gdata (1)
GDCRNATools (286)
gdistance (1)
GDSArray (76)
gdsfmt (1657)
gee (1)
geecc (2)
geepack (1)
geiger (1)
GEM (43)
gemini (38)
gemma.R (10)
GenABEL (2)
GenABEL.data (2)
genArise (43)
genbankr (164)
GENE.E (3)
gene2pathway (2)
GeneAccord (33)
GeneAnswers (38)
geneAttribution (38)
GeneBreak (46)
geneClassifiers (36)
GeneExpressionSignature (48)
genefilter (19747)
genefu (334)
GeneGA (38)
GeneGeneInteR (40)
GeneGroupAnalysis (1)
geneLenDataBase (3)
GeneMeta (57)
GeneNet (1)
GeneNetworkBuilder (52)
GeneOverlap (235)
geneplast (58)
geneplotter (16048)
GeneR (3)
geneRecommender (41)
GeneRegionScan (40)
GeneRfold (2)
generics (3)
geneRxCluster (43)
GeneSelectMMD (44)
GeneSelector (5)
GENESIS (282)
GeneSpring (3)
GeneStructureTools (57)
geNetClassifier (83)
genetics (0)
GeneticsBase (2)
GeneticsDesign (5)
GeneticsPed (81)
GeneTonic (104)
GeneTraffic (3)
GeneTS (3)
geneXtendeR (42)
GENIE3 (807)
genoCN (42)
GenoGAM (10)
genomation (499)
GenomAutomorphism (9)
GenomeBase (1)
GenomeGraphs (12)
GenomeInfoDb (49144)
genomeinfodb (0)
GenomeInfoDB (1)
GenomeInfoDbData (4)
genomeIntervals (124)
genomeintervals (0)
GenomelnfoDb (1)
genomes (46)
GenomicAlignments (19329)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (975)
GenomicDistributions (67)
GenomicFeatures (15882)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (800)
genomicInstability (33)
GenomicInteractionNodes (23)
GenomicInteractions (182)
GenomicOZone (36)
GenomicRanges (37094)
GenomicScores (408)
GenomicSuperSignature (45)
GenomicTuples (38)
Genominator (4)
genoset (20)
genotypeeval (41)
GenoView (1)
genphen (31)
GenProSeq (21)
GenRank (2)
GenSA (1)
GenVisR (370)
GeoDiff (56)
GEOexplorer (48)
GEOfastq (40)
GEOmetadb (182)
geometadb (1)
geometry (1)
GeomxTools (184)
GEOquery (9428)
geoquery (0)
geoR (1)
GEOsearch (1)
geosphere (1)
GEOsubmission (41)
gep2pep (41)
gert (2)
gespeR (59)
getDEE2 (44)
GetoptLong (1)
getSVCNVperGene0.94 (1)
gettz (1)
geva (36)
GEWIST (37)
gff3Plotter (2)
gganimate (1)
GGBase (12)
ggbeeswarm (1)
ggbio (1782)
ggcorrplot (1)
ggcyto (1166)
ggdag (1)
ggdendro (2)
ggdist (1)
ggeffects (1)
ggExtra (1)
ggforce (1)
ggforestplot (1)
ggfun (1)
gghighlight (1)
ggm (1)
ggmanh (33)
ggmsa (263)
ggnewscale (2)
GGPA (44)
ggplot2 (3)
ggplotify (0)
ggPMX (1)
ggpointdensity (2)
ggpubr (1)
ggRandomForests (1)
ggraph (1)
ggrepel (1)
ggridges (1)
ggseqlogo (2)
ggsignif (1)
ggspavis (56)
ggstance (1)
ggstatsplot (1)
ggtext (1)
ggthemes (2)
GGtools (11)
ggtree (14680)
ggtreeDendro (10)
ggtreeExtra (634)
ggvis (1)
gh (1)
ghql (1)
GIGSEA (37)
GillespieSSA (1)
girafe (87)
GISPA (42)
git2r (1)
gitcreds (1)
GLAD (224)
GladiaTOX (34)
glasso (1)
gld (1)
Glimma (1169)
gllvm (1)
glmGamPoi (1318)
glmmADMB (1)
glmmML (1)
glmmTMB (1)
glmnet (1)
glmnetUtils (1)
glmSparseNet (83)
GlobalAncova (539)
GlobalOptions (1)
globals (2)
globalSeq (42)
globaltest (1230)
glue (3)
gmapR (66)
GmicR (46)
gmm (1)
gmodels (1)
gmoviz (37)
gmp (1)
GMRP (37)
GNET2 (42)
gnm (1)
GO.db (3)
goCluster (1)
GOexpress (86)
goftest (1)
GOfuncR (168)
GOFunction (4)
golem (1)
gomms (1)
googledrive (1)
GoogleGenomics (2)
googlesheets4 (1)
GOplot (1)
GOpro (45)
goProfiles (72)
goprofiles (0)
GOSemSim (11228)
gosemsim (0)
goseq (1179)
GOSim (106)
goSorensen (9)
goSTAG (47)
GOstats (1737)
gostats (1)
GOsummaries (60)
GOTHiC (48)
goTools (53)
gotools (0)
gower (1)
GPA (35)
GPArotation (1)
gpart (48)
GPfit (1)
gplots (1)
gpls (88)
gprege (36)
gpuMagic (40)
gQTLBase (8)
gQTLstats (8)
gramm4R (3)
GRaNIE (32)
granulator (86)
graper (40)
graph (17418)
GraphAlignment (47)
GraphAT (41)
graphat (1)
graphics (1)
graphite (2026)
graphlayouts (1)
GraphPAC (40)
graphql (1)
grDevices (1)
GRENITS (41)
GreyListChIP (748)
grid (1)
gridGraphics (0)
gridtext (1)
GRmetrics (72)
groHMM (56)
grpreg (1)
grr (1)
GRridge (45)
GSA (1)
gsalib (1)
GSALightning (48)
GSAR (101)
GSCA (42)
gscreend (48)
gsDesign (1)
GSEABase (6879)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (53)
GSEAlm (64)
GSEAmining (45)
gsean (43)
GSgalgoR (36)
gsmoothr (2)
gsrc (1)
GSReg (40)
GSRI (41)
GSVA (4183)
gsw (1)
gt (1)
gtable (1)
gtools (2)
gtrellis (107)
gtsummary (1)
gtx (1)
GUIDEseq (53)
Guitar (100)
gUtils (1)
GUTS (1)
Gviz (3027)
GWAS.BAYES (37)
gwascat (380)
GWASExactHW (2)
GWASTools (494)
gwasurvivr (68)
GWENA (81)
gWidgets2tcltk (1)

H

h2o (1)
h5vc (58)
HandTill2001 (1)
hapFabia (38)
hardhat (1)
Harman (129)
Harshlight (39)
harshlight (0)
haven (2)
hca (55)
HCABrowser (2)
HCAExplorer (2)
HCAMatrixBrowser (3)
HCsnip (1)
HDF5Array (9622)
hdf5r (1)
HDInterval (1)
hdm (1)
hdrcde (2)
HDTD (43)
heatmap.plus (1)
heatmap3 (1)
heatmaply (3)
heatmaps (224)
Heatplus (341)
HelloRanges (80)
HELP (39)
helperMut (1)
HEM (45)
here (1)
hermes (39)
Herper (67)
hexbin (6)
HGC (48)
hgu133plus2.db (2)
hgug4112a.db (1)
hiAnnotator (58)
HIBAG (82)
HiCBricks (44)
hicbricks (0)
HiCcompare (134)
HiCDCPlus (62)
HiCDOC (10)
HiContacts (8)
hicrep (9)
hierfstat (1)
hierGWAS (42)
hierinf (32)
highr (1)
HilbertCurve (64)
HilbertVis (140)
HilbertVisGUI (24)
HiLDA (38)
hipathia (59)
HIPPO (38)
hiReadsProcessor (47)
HIREewas (38)
HiTC (111)
hmdbQuery (64)
Hmisc (1)
HMMcopy (213)
hms (2)
Homo.sapiens (2)
hopach (188)
HPAanalyze (76)
hpar (217)
HPAStainR (36)
HPiP (33)
htmlTable (1)
htmltools (2)
htmlwidgets (1)
HTqPCR (138)
HTSanalyzeR (6)
HTSeqGenie (25)
htSeqTools (4)
htseqtools (0)
HTSFilter (165)
httpcode (1)
httpgd (1)
httptest (1)
httpuv (2)
httr (3)
httr2 (1)
HubPub (70)
huge (1)
HumanTranscriptomeCompendium (38)
hummingbird (35)
hunspell (1)
huxtable (1)
hwriter (1)
HWxtest (1)
HybridMTest (67)
hypeR (88)
hyperdraw (53)
hypergeo (1)
hypergraph (75)

I

iASeq (37)
iasva (39)
iBBiG (78)
ibh (40)
iBMQ (29)
ica (1)
iCARE (87)
Icens (258)
icetea (39)
iCheck (34)
iChip (38)
ichorCNA (0)
iClusterPlus (271)
iCNV (43)
iCOBRA (125)
ideal (77)
ideogram (0)
IdeoViz (57)
idiogram (45)
IdMappingAnalysis (2)
IdMappingRetrieval (2)
IDPmisc (1)
idpr (46)
idr (1)
idr2d (44)
ids (1)
ieugwasr (1)
IFAA (1)
iFlow (1)
iGC (40)
IgGeneUsage (33)
igraph (2)
igvR (79)
IHW (564)
Illumina450ProbeVariants.db (1)
IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19 (2)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (2)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (2)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19 (2)
IlluminaHumanMethylationEPICmanifest (2)
illuminaio (2382)
ILoReg (40)
imageHTS (44)
imager (1)
imagerExtra (1)
IMAS (41)
imcRtools (83)
Imetagene (3)
iml (1)
IMMAN (43)
ImmuneSpaceR (55)
immunoClust (42)
immunotation (34)
IMPCdata (36)
ImpulseDE (3)
ImpulseDE2 (15)
impute (8526)
INDEED (34)
ineq (1)
infer (1)
infercnv (751)
infinityFlow (40)
influenceR (1)
Informeasure (36)
INLA (1)
inline (1)
InPAS (44)
INPower (39)
insight (1)
inSilicoDb (5)
inSilicoMerging (8)
insilicomerging (0)
INSPEcT (47)
InTAD (39)
intansv (48)
interacCircos (49)
InteractionSet (1103)
InteractiveComplexHeatmap (197)
interactiveDisplay (70)
interactiveDisplayBase (7548)
InterCellar (63)
IntEREst (44)
InterMineR (52)
interp (1)
interpretR (1)
intervals (1)
IntOMICS (0)
IntramiRExploreR (41)
inum (1)
inveRsion (28)
inversion (0)
IONiseR (55)
iontree (2)
iPAC (43)
ipaddress (1)
iPath (32)
ipdDb (37)
ipmisc (1)
IPO (113)
IPPD (7)
ipred (1)
irace (1)
IRanges (48894)
IRdisplay (1)
IRISFGM (40)
IrisSpatialFeatures (1)
IRkernel (1)
irlba (1)
irr (1)
ISAnalytics (47)
iSEE (242)
iSEEhex (21)
iSEEhub (8)
iSEEu (67)
iSeq (41)
ISLET (7)
iSNetwork (2)
Iso (1)
isoband (2)
isobar (81)
ISOcodes (1)
IsoCorrectoR (48)
IsoCorrectoRGUI (35)
IsoformSwitchAnalyzeR (216)
IsoGeneGUI (30)
ISoLDE (40)
isomiRs (50)
iSPlot (2)
isva (2)
ISwR (1)
ITALICS (41)
iterativeBMA (45)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (39)
iterativebmasurv (1)
iterators (2)
iterClust (42)
iteremoval (23)
IVAS (49)
ivpack (1)
ivygapSE (36)
IWTomics (35)

J

JADE (1)
janeaustenr (1)
JASPAR2018 (1)
JASPAR2020 (2)
JBTools (1)
jiebaR (1)
jiebaRD (1)
JM (1)
jmosaics (1)
joda (3)
jomo (1)
jpeg (1)
jquerylib (1)
jsonlite (3)
jsTreeR (1)
juicyjuice (1)
JuliaCall (1)
JunctionSeq (10)

K

kableExtra (1)
karyoploteR (690)
KaryoploteR (0)
katdetectr (12)
KBoost (37)
KCsmart (39)
kebabs (109)
kedd (1)
KEGG.db (1)
KEGGgraph (4530)
kegggraph (1)
KEGGlincs (46)
keggorth (2)
keggorthology (71)
KEGGprofile (20)
KEGGREST (30981)
KEGGSOAP (4)
keras (1)
kernlab (1)
KernSmooth (1)
keyring (1)
kimod (2)
KinSwingR (42)
kissDE (39)
klaR (1)
km.ci (1)
kmknn (0)
knitr (3)
KnowSeq (46)
KODAMA (1)
kohonen (1)
kpmt (1)
ks (1)
kSamples (1)

L

labdsv (1)
labeling (1)
labelled (1)
LACE (36)
Lahman (1)
lambda.r (1)
lambdr (1)
languageserver (1)
LaplacesDemon (1)
lapmix (38)
later (1)
latex2exp (1)
lattice (2)
latticeExtra (2)
lava (1)
lavaan (1)
lazy (1)
lazyeval (1)
LBE (264)
lbfgs (1)
lda (1)
ldblock (46)
LEA (391)
leafcutter (1)
leaps (1)
LearnBayes (1)
learnr (1)
LedPred (34)
lefser (179)
leiden (1)
leidenAlg (1)
leidenbase (1)
les (43)
levi (32)
lfa (318)
lgr (1)
lhs (1)
libcoin (1)
LiblineaR (1)
lifecycle (3)
limma (34276)
limmaGUI (54)
LINC (2)
LineagePulse (38)
lineagespot (25)
LinkHD (33)
Linnorm (134)
LinTInd (26)
lintr (1)
lionessR (46)
lipidr (99)
LiquidAssociation (40)
liquidSVM (1)
lisaClust (54)
listenv (1)
lixoftConnectors (1)
lixoftConnectors.1 (1)
lixoftConnectors.2 (1)
lle (1)
lmdme (53)
lme4 (1)
lmerTest (1)
LMGene (7)
lmomco (1)
Lmoments (1)
lmtest (1)
LOBSTAHS (47)
lobstr (1)
locfdr (1)
locfit (2)
loci2path (36)
log4r (1)
logcondens (1)
logicFS (67)
logistf (1)
logitT (41)
logitt (1)
Logolas (5)
logspline (1)
lol (3)
LOLA (148)
longitudinal (1)
longmemo (1)
loo (1)
LoomExperiment (304)
lotri (1)
LowMACA (34)
LPE (49)
LPEadj (36)
lpNet (35)
lpSolve (1)
lpSolveAPI (1)
lpsymphony (956)
lqa (1)
LRBaseDbi (45)
LRcell (37)
lsa (2)
lsei (1)
lubridate (1)
lumi (1056)
LVSmiRNA (3)
LymphoSeq (59)

M

M3C (1012)
M3D (4)
M3Drop (375)
m6Aboost (31)
maanova (56)
Maaslin2 (395)
Macarron (20)
macat (41)
maCorrPlot (40)
MACPET (30)
MACSQuantifyR (32)
MACSr (57)
maDB (5)
madb (0)
made4 (225)
MADSEQ (39)
maftools (2411)
MAGAR (38)
MAGeCKFlute (276)
magic (1)
magick (1)
magrene (8)
magrittr (2)
MAI (37)
maigesPack (48)
mailR (1)
MAIT (59)
makecdfenv (102)
makePlatformDesign (2)
MALDIquant (1)
MANOR (41)
manta (3)
MantelCorr (38)
mantelcorr (1)
mapbayr (1)
mapdata (1)
mAPKL (40)
mapproj (1)
maPredictDSC (40)
maps (1)
mapscape (37)
maptools (1)
Markdown (1)
markdown (1)
marr (34)
marray (1591)
martini (43)
maser (90)
maSigPro (245)
maskBAD (37)
MASS (4)
MassArray (42)
massarray (0)
massiR (42)
MassSpecWavelet (1291)
MAST (1445)
matchBox (36)
Matching (1)
MatchIt (1)
matchprobes (3)
mathjaxr (2)
Matrix (3)
Matrix.utils (1)
matrixcalc (1)
MatrixGenerics (34813)
MatrixModels (1)
MatrixQCvis (44)
MatrixRider (35)
matrixStats (2)
matter (104)
MaxContrastProjection (3)
MBAmethyl (32)
MBASED (44)
MBCB (41)
MBECS (23)
mbkmeans (362)
mbOmic (21)
mboost (1)
mBPCR (37)
MBQN (39)
MBttest (34)
mc2d (1)
mcaGUI (4)
MCbiclust (40)
mclogit (1)
mclust (1)
MCMCglmm (1)
MCMCpack (1)
MCPcounter (1)
MCRestimate (4)
mCSEA (55)
mda (1)
mdgsa (9)
mdp (42)
mdqc (42)
MDTS (38)
MEAL (61)
MeasurementError.cor (37)
MEAT (38)
MEB (34)
medflex (1)
mediation (1)
MEDIPS (99)
MEDME (40)
megadepth (87)
MEIGOR (55)
Melissa (35)
memes (138)
memisc (1)
memoise (2)
MergeMaid (9)
mergemaid (0)
Mergeomics (49)
MeSHDbi (176)
meshes (111)
meshr (75)
MeSHSim (1)
MesKit (64)
messina (37)
meta (1)
metaArray (6)
metaarray (0)
Metab (43)
metabCombiner (38)
metabinR (6)
metaBMA (1)
MetaboAnnotation (86)
MetaboCoreUtils (140)
metabolomicsWorkbenchR (50)
metabomxtr (41)
MetaboSignal (85)
metaCCA (49)
MetaCyto (48)
metadat (1)
metafor (1)
metagene (59)
metagene2 (52)
metagenomeFeatures (3)
metagenomeSeq (901)
MetaGxOvarian (1)
metahdep (39)
metaMA (2)
metaMS (92)
MetaNeighbor (60)
metap (2)
MetaPhOR (6)
metaplus (1)
metapod (2985)
metapone (41)
metaR (0)
metaSeq (52)
metaseqR (14)
metaseqR2 (57)
MetaSKAT (1)
metavizr (35)
MetaVolcanoR (66)
metaX (3)
MetCirc (39)
MethCP (15)
methimpute (47)
methInheritSim (40)
methods (1)
MethPed (36)
MethReg (50)
methrix (58)
MethTargetedNGS (35)
methVisual (4)
methyAnalysis (13)
MethylAid (49)
methylCC (51)
methylclock (86)
methylGSA (97)
methylInheritance (46)
methylKit (483)
MethylMix (108)
methylMnM (37)
methylPipe (50)
methylscaper (32)
MethylSeekR (128)
methylSig (51)
methylumi (1277)
methyvim (3)
MetID (41)
MetNet (50)
mets (1)
mfa (74)
Mfuzz (735)
mfuzz (1)
mg14 (1)
mgcv (3)
MGFM (40)
MGFR (44)
mgsa (84)
mi (1)
mia (506)
miaSim (39)
miaViz (125)
mice (1)
MiChip (35)
microbenchmark (1)
microbiome (1435)
microbiomeDASim (36)
microbiomeExplorer (54)
microbiomeMarker (180)
MicrobiomeProfiler (55)
MicrobiotaProcess (284)
microRNA (115)
microSTASIS (2)
midasHLA (41)
MIGSA (40)
MIIVsem (1)
miloR (128)
mimager (39)
mime (2)
MIMOSA (44)
mina (35)
MineICA (53)
minerva (1)
minet (531)
minfi (1831)
MinimumDistance (39)
minpack.lm (1)
minqa (1)
MiPP (40)
miQC (81)
MIRA (51)
MiRaGE (40)
miRBaseConverter (116)
miRcomp (34)
mirIntegrator (37)
miRLAB (47)
miRmine (34)
miRNAmeConverter (47)
miRNApath (46)
miRNAtap (104)
miRSM (38)
miRsponge (1)
miRspongeR (50)
Mirsynergy (2)
mirTarRnaSeq (36)
misc3d (1)
missMethyl (831)
missRows (34)
mistyR (48)
mitch (50)
mitml (1)
mitoClone2 (33)
mitoODE (2)
mitools (1)
mixOmics (2342)
mixsqp (1)
mixtools (1)
mlbench (1)
mlegp (1)
MLInterfaces (271)
mlm4omics (1)
mlmm.gwas (1)
mlogit (1)
MLP (63)
mlr (1)
mlr3 (1)
mlr3measures (1)
mlr3misc (1)
MLSeq (118)
mltools (1)
MMAPPR2 (26)
MMDiff (1)
MMDiff2 (38)
mmgmos (2)
mmnet (1)
MmPalateMiRNA (3)
MMUPHin (75)
mnem (66)
mnormt (1)
MNP (1)
moanin (50)
MobilityTransformR (21)
mobster (1)
mockery (1)
MODA (46)
ModCon (30)
modeldata (1)
modelenv (1)
ModelMetrics (1)
modelr (2)
modeltools (1)
Modstrings (93)
MOFA (13)
MOFA2 (278)
MOGAMUN (40)
mogsa (108)
MOMA (48)
monaLisa (63)
monocle (2315)
MoonlightR (50)
MoPS (3)
morpheus (1)
mosaics (89)
mosbi (37)
MOSim (38)
Motif2Site (25)
motifbreakR (83)
motifcounter (42)
MotifDb (452)
motifmatchr (918)
motifRG (7)
motifStack (550)
MotIV (48)
mouse4302.db (1)
MouseFM (34)
mpath (1)
MPFE (33)
mpra (40)
MPRAnalyze (42)
MQmetrics (30)
mQTL.NMR (1)
mrgda (1)
mrgmisc (1)
mrgsolve (1)
mrgvalidate (1)
mrgvalprep (1)
msa (1100)
MSA2dist (35)
MsBackendMassbank (55)
MsBackendMgf (160)
MsBackendMsp (39)
MsBackendRawFileReader (34)
msbase (0)
mscalib (0)
MsCoreUtils (2311)
MSEADbi (2)
MsExperiment (11)
MsFeatures (965)
msgbsR (38)
MSGFgui (16)
MSGFplus (34)
msigdbr (1)
msImpute (51)
mslp (12)
msm (1)
msmsEDA (147)
msmsTests (141)
MSnbase (2634)
msnbase (1)
MSnID (130)
MSPrep (46)
msPurity (62)
msQC (0)
msqrob2 (75)
MsQuality (1)
MSstats (347)
MSstatsConvert (285)
MSstatsLiP (31)
MSstatsLOBD (31)
MSstatsPTM (65)
MSstatsQC (42)
MSstatsQCgui (37)
MSstatsSampleSize (37)
MSstatsShiny (9)
MSstatsTMT (161)
MSstatsTMTPTM (6)
mtbls2 (0)
MTseeker (1)
MuData (25)
Mulcom (78)
mulcom (0)
multcomp (1)
multcompView (1)
MultiAssayExperiment (2361)
MultiBaC (46)
multiClust (58)
multicrispr (40)
MultiDataSet (668)
multidplyr (1)
multiGSEA (67)
multiHiCcompare (65)
MultiMed (42)
multiMiR (190)
multiOmicsViz (47)
multiscan (36)
multiSight (33)
multtest (9587)
mumosa (50)
MungeSumstats (175)
muscat (187)
muscle (180)
musicatk (50)
MutationalPatterns (365)
MutationTimeR (1)
mutoss (2)
mutSigExtractor (1)
mvabund (1)
MVCClass (44)
mvGST (1)
mvnfast (1)
mvtnorm (1)
MWASTools (85)
mygene (305)
myvariant (63)
mzID (2254)
mzR (2445)

N

n1qn1 (1)
N2R (1)
NADA (2)
NADfinder (38)
NanoMethViz (55)
NanoStringDiff (84)
NanoStringNCTools (182)
NanoStringQCPro (73)
nanostringr (1)
nanotatoR (40)
nanotime (1)
NanoTube (44)
narray (1)
NarrowPeaks (3)
nasapower (1)
natserv (1)
NBAMSeq (35)
NBSplice (37)
ncbit (1)
ncdf4 (1)
ncdf4.1 (1)
ncdfFlow (1417)
ncGTW (35)
NCIgraph (45)
ncRNAtools (38)
ndexr (59)
ndjson (1)
neaGUI (1)
nearBynding (35)
Nebulosa (553)
NeighborNet (35)
nem (11)
NEMO (1)
nempi (36)
NetActivity (7)
netbenchmark (3)
netbiov (57)
netboost (32)
netboxr (34)
NetCRG (0)
netDx (42)
nethet (45)
netOmics (37)
NetPathMiner (50)
netprioR (35)
netReg (3)
netresponse (54)
NetSAM (41)
netSmooth (45)
network (1)
networkBMA (41)
networkDynamic (1)
netZooR (33)
NeuCA (35)
NeuralNetTools (1)
neuRosim (1)
NewWave (42)
NGScopy (2)
ngsReports (66)
nhanesA (1)
nleqslv (1)
nlme (3)
nlmixr2 (1)
nlmixr2data (1)
nlmixr2est (1)
nlmixr2extra (1)
nlmixr2lib (1)
nlmixr2plot (1)
nloptr (1)
NLP (1)
NMcalc (1)
NMdata (1)
NMF (2)
NMproject (1)
nnet (1)
NNLM (1)
nnls (1)
nnNorm (38)
nnSVG (33)
NoiseFiltersR (1)
NOISeq (505)
NonCompart (1)
nondetects (66)
nonmemica (1)
nor1mix (1)
NoRCE (42)
normalize450K (33)
NormalyzerDE (97)
NormqPCR (190)
normr (118)
np (1)
NPARC (41)
npde (1)
npGSEA (42)
npsurv (1)
NTW (33)
nucleoSim (38)
nucleR (53)
nucler (0)
nuCpos (36)
nudge (4)
nullranges (45)
numDeriv (1)
NuPoP (43)
NxtIRFcore (38)

O

occugene (35)
OceanView (1)
OCplus (85)
octad (7)
odbc (1)
oddsratio (1)
ODER (30)
odseq (49)
officer (1)
OGRE (24)
OGSA (2)
oligo (1385)
oligoClasses (1492)
OLIN (46)
OLINgui (39)
omada (7)
OmaDB (72)
omicade4 (94)
OmicCircos (194)
omiccircos (0)
omicplotR (42)
omicRexposome (38)
OmicsLonDA (38)
OmicsMarkeR (3)
omicsmarker (0)
OMICsPCA (39)
omicsPrint (40)
omicsViewer (23)
Omixer (36)
OmnipathR (290)
ompBAM (35)
Onassis (7)
OncoBayes2 (1)
oncomix (37)
oncoscanR (9)
OncoScore (42)
OncoSimulR (51)
oneChannelGUI (5)
onechannelgui (1)
oneSENSE (33)
onlineFDR (40)
ontoCAT (3)
ontologyIndex (2)
ontoProc (99)
ontoTools (3)
oompaBase (1)
oompaData (1)
openCyto (1073)
openPrimeR (83)
openPrimeRui (46)
openssl (3)
OpenStats (41)
openxlsx (1)
OperaMate (1)
operator.tools (1)
oposSOM (60)
oppar (40)
oppti (33)
optimalFlow (32)
optmatch (1)
optparse (1)
OPWeight (34)
OrderedList (83)
ordinal (1)
ORFhunteR (36)
ORFik (125)
org.At.tair.db (1)
org.Bt.eg.db (1)
org.Ce.eg.db (1)
org.Cf.eg.db (1)
org.Dm.eg.db (1)
org.Dr.eg.db (1)
org.Gg.eg.db (1)
org.Hs.eg.db (3)
org.Mm.eg.db (3)
org.Rn.eg.db (2)
org.Sc.sgd.db (1)
org.Ss.eg.db (1)
Organism.dplyr (347)
OrganismDbi (2654)
orthogene (138)
OSAT (49)
OSCA (6)
OSCA.advanced (12)
OSCA.basic (14)
OSCA.intro (41)
OSCA.multisample (11)
OSCA.workflows (25)
Oscope (48)
osqp (1)
OTUbase (37)
OutlierD (5)
OUTRIDER (141)
OVESEG (31)

P

PAA (48)
packFinder (40)
packrat (1)
padma (35)
PADOG (170)
padr (1)
pagedown (1)
pageRank (40)
PAIRADISE (64)
paircompviz (41)
pairkat (29)
pairseqsim (1)
pairwiseComparisons (1)
pak (1)
paletteer (1)
Palimpsest (1)
palmerpenguins (1)
pamr (6)
PAN (0)
pan (1)
pandaR (93)
pander (1)
panelcn.mops (58)
PAnnBuilder (4)
PanomiR (26)
panp (43)
PANR (37)
PanViz (9)
PanVizGenerator (15)
PAPi (4)
paradox (1)
parallel (1)
parallelly (1)
parameters (1)
ParamHelpers (1)
pareg (23)
parglms (37)
parody (47)
parsedate (1)
parsnip (1)
partitions (1)
party (1)
partykit (1)
PAST (38)
pastecs (1)
patchwork (1)
Path2PPI (46)
pathifier (154)
PathNet (45)
PathoStat (45)
pathprint (2)
pathRender (43)
pathVar (32)
pathview (4067)
pathwayPCA (83)
PathwaySplice (3)
PatientGeneSets (1)
paws (1)
paws.analytics (1)
paws.application.integration (1)
paws.common (1)
paws.compute (1)
paws.cost.management (1)
paws.customer.engagement (1)
paws.database (1)
paws.machine.learning (1)
paws.management (1)
paws.networking (1)
paws.security.identity (1)
paws.storage (1)
paxtoolsr (89)
pbapply (1)
Pbase (2)
pbcmc (1)
pbdZMQ (1)
pbivnorm (1)
pbkrtest (1)
pbmcapply (1)
pcaExplorer (372)
pcaGoPromoter (5)
pcaMethods (4201)
PCAN (47)
pcaPP (1)
PCAtools (941)
pcot2 (11)
PCpheno (5)
pctGCdata (1)
pcxn (36)
pd.atdschip.tiling (1)
pd.hg.u133.plus.2 (1)
pd.mouse430.2 (1)
PDATK (35)
pdftools (1)
pdInfoBuilder (94)
pdmclass (3)
pdp (1)
PeacoQC (82)
peakPantheR (47)
peakPick (1)
PECA (49)
peco (34)
pegas (1)
penalized (1)
pengls (30)
peperr (1)
PepsNMR (59)
pepStat (39)
pepXMLTab (42)
PERFect (52)
performance (1)
PerformanceAnalytics (1)
periodicDNA (38)
perm (2)
perturbatr (8)
PFAM.db (3)
PFP (33)
PGA (4)
pga (0)
pgca (36)
PGSEA (25)
pgUtils (3)
phangorn (1)
phantasus (64)
PharmacoGx (147)
pheatmap (1)
phemd (19)
phenoDist (2)
PhenoGeneRanker (31)
phenomis (8)
phenopath (79)
phenoTest (68)
PhenStat (42)
PheWAS (1)
philr (170)
PhIPData (43)
phosphonormalizer (31)
PhosR (73)
phyclust (1)
phylobase (1)
PhyloProfile (52)
phyloseq (4234)
phytools (1)
Pi (68)
piano (323)
pickgene (37)
PICS (83)
Pigengene (66)
pillar (4)
pim (1)
PING (40)
pingr (1)
pins (1)
pint (4)
pio (1)
pipeComp (40)
pipeFrame (111)
pkgbuild (2)
pkgcache (1)
pkgconfig (1)
pkgdepends (1)
pkgDepTools (49)
pkgdown (1)
pkgload (2)
PKI (1)
PKNCA (1)
planet (80)
planttfhunter (1)
plateCore (2)
plethy (42)
plgem (59)
plier (120)
plm (1)
PloGO2 (51)
plot3D (1)
plot3Drgl (1)
plotgardener (123)
plotGrouper (40)
plotly (2)
plotmo (1)
plotrix (1)
PLPE (39)
plrs (3)
pls (1)
plumber (1)
plw (4)
plyr (2)
plyranges (780)
PMCMRplus (1)
pmforest (1)
pmm (36)
pmp (77)
pmtables (1)
png (1)
PoDCall (32)
podkat (45)
pogos (36)
pointblank (1)
PoissonSeq (1)
polspline (1)
polyclip (1)
polyester (104)
Polyfit (3)
polynom (1)
polysat (1)
POMA (56)
poppr (1)
POST (3)
posterior (1)
PoTRA (31)
PowerExplorer (2)
poweRlaw (2)
powerTCR (271)
POWSC (36)
ppcseq (32)
PPInfer (63)
ppiStats (30)
pqsfinder (60)
pracma (1)
prada (25)
praise (0)
pram (36)
prebs (38)
PreciseSums (1)
preciseTAD (34)
PrecisionTrialDrawer (25)
precommit (1)
PREDA (66)
predictionet (12)
preprocessCore (12709)
preprocesscore (1)
PresenceAbsence (1)
preseqR (1)
prettydoc (1)
prettyunits (1)
primirTSS (35)
PrInCE (41)
prismatic (1)
Prize (2)
proActiv (46)
proBAMr (37)
proBatch (80)
pROC (1)
PROcess (81)
processCore (0)
processx (3)
procoil (36)
ProCoNA (2)
proDA (131)
prodlim (1)
proFIA (39)
profile (1)
profileModel (1)
profileplyr (148)
profileScoreDist (35)
progeny (305)
progress (1)
progressr (1)
proj4 (1)
projectR (54)
projpred (1)
pRoloc (213)
pRolocdata (2)
pRolocGUI (63)
PROMISE (36)
promises (1)
PROPER (74)
PROPS (37)
Prostar (68)
prostar (0)
prot2D (3)
proteasy (11)
proteinProfiles (35)
ProteoDisco (35)
ProteomicsAnnotationHubData (12)
ProteoMM (53)
proteoQC (3)
protGear (22)
ProtGenerics (8991)
proto (1)
protolite (1)
proxy (1)
PRROC (2)
pryr (1)
ps (3)
PSCBS (2)
pscl (1)
PSEA (40)
psichomics (70)
PSICQUIC (42)
PSMatch (47)
PsNR (1)
pspline (1)
psych (1)
psygenet2r (43)
ptairMS (39)
PubScore (27)
pulsar (1)
pulsedSilac (24)
puma (90)
PureCN (147)
purr (1)
purrr (1)
pvac (39)
pvca (216)
Pviz (48)
PWMEnrich (80)
pwOmics (45)
pwr (1)
pwrEWAS (51)
pxr (0)

Q

qap (2)
qckitfastq (54)
qcmetrics (49)
qcNvs (1)
QDNAseq (244)
QFeatures (283)
qgam (1)
qgraph (1)
qlcMatrix (2)
qmtools (23)
qpcR (1)
qpcrNorm (43)
qpdf (1)
qpgraph (110)
qPLEXanalyzer (45)
qrnn (1)
qrqc (99)
qs (1)
qsea (55)
qsmooth (50)
QSutils (41)
qsvaR (23)
qtbase (0)
qtl (1)
qtl2 (1)
Qtlizer (37)
qtpaint (0)
quadprog (1)
QUALIFIER (3)
qualifier (1)
quantiseqr (105)
quantreg (1)
quantro (140)
quantsmooth (512)
quarto (1)
QuartPAC (44)
QuasR (296)
QuaternaryProd (57)
QUBIC (90)
questionr (1)
qusage (337)
qvalue (13215)
qvcalc (1)

R

R.cache (1)
R.devices (2)
R.filesets (2)
R.huge (2)
R.matlab (1)
R.methodsS3 (1)
R.oo (1)
R.rsp (1)
R.utils (2)
r2d3 (1)
R3CPET (38)
r3Cseq (89)
R453Plus1Toolbox (47)
R4RNA (424)
R6 (1)
RadioGx (34)
ragg (1)
RaggedExperiment (769)
rain (70)
rainbow (2)
rama (40)
RamiGO (5)
ramigo (0)
ramr (43)
ramwas (62)
randomcoloR (2)
RandomFields (1)
RandomFieldsUtils (1)
randomForest (1)
randomForestSRC (1)
RandomWalkRestartMH (77)
randPack (43)
randRotation (35)
randtoolbox (1)
ranger (1)
RankProd (240)
RApiDatetime (1)
rapidjsonr (1)
RApiSerialize (1)
rappdirs (1)
RAREsim (20)
RareVariantVis (38)
Rariant (3)
rARPACK (2)
raster (1)
ratelimitr (1)
RAthena (1)
rawrr (134)
RbcBook1 (82)
Rbec (38)
RBesT (1)
RBGL (9301)
rbgl (1)
rbibutils (1)
RBioFormats (0)
RBioinf (52)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (128)
RBM (44)
Rbowtie (367)
Rbowtie2 (244)
rbsurv (52)
Rbwa (37)
Rcade (57)
RCAS (58)
RCASPAR (34)
rcdk (1)
rcdklibs (1)
rcellminer (61)
rCGH (65)
Rcgmin (1)
Rchemcpp (2)
RchyOptimyx (4)
RCircos (1)
RcisTarget (808)
rclipboard (1)
RCM (43)
rcmdcheck (1)
RColorBrewer (2)
RConferoMapping (0)
Rcpi (107)
Rcpp (3)
RcppAnnoy (2)
RcppArmadillo (2)
RcppCCTZ (1)
RcppDE (1)
RcppEigen (1)
RcppGSL (1)
RcppHNSW (2)
RcppParallel (1)
RcppProgress (1)
RcppRoll (1)
RcppSpdlog (1)
RcppTOML (1)
RcppZiggurat (2)
Rcsdp (1)
RCSL (36)
RCurl (2)
RCurl.back (1)
Rcwl (40)
RcwlPipelines (33)
RCX (43)
RCy3 (646)
RCyjs (46)
RCytoscape (6)
Rd2roxygen (1)
rda (1)
RDAVIDWebService (44)
Rdbi (3)
RdbiPgSQL (2)
rDGIdb (58)
Rdisop (398)
Rdpack (1)
RDRToolbox (78)
reactable (1)
reactlog (1)
reactome.db (1)
ReactomeContentService4R (57)
ReactomeGraph4R (32)
ReactomeGSA (177)
ReactomePA (1690)
readat (4)
readbitmap (1)
ReadqPCR (206)
readr (2)
readxl (2)
reb (4)
REBET (34)
rebook (88)
receptLoss (31)
recipes (1)
reconsi (33)
recount (342)
recount3 (201)
recountmethylation (41)
recoup (40)
reda (1)
RedeR (198)
RedisParam (9)
REDseq (80)
RefManageR (1)
RefNet (2)
RefPlus (67)
RegEnrich (52)
regioneR (1719)
regioneReloaded (8)
regionReport (94)
registry (1)
regsplice (33)
regutools (39)
reldist (2)
rematch2 (1)
remotes (1)
REMP (50)
rentrez (1)
renv (2)
Repitools (607)
ReportingTools (712)
reposTools (1)
repr (1)
reprex (2)
repurrrsive (1)
RepViz (36)
ReQON (39)
resample (1)
reshape (1)
reshape2 (1)
ResidualMatrix (2562)
RESOLVE (7)
Resourcerer (3)
restfulr (2)
restfulSE (42)
reticulate (2)
rex (1)
rexposome (60)
rfaRm (36)
Rfast (2)
Rfastp (93)
rfcdmin (1)
rflowcyt (3)
rfPred (38)
rGADEM (363)
RGalaxy (19)
RGCCA (1)
rGenomeTracks (28)
rgeos (1)
rgexf (1)
Rgin (40)
rgl (1)
RGMQL (25)
RgnTX (9)
rgoslin (27)
RGraph2js (38)
Rgraphviz (9106)
rgraphviz (1)
rGREAT (380)
RGSEA (65)
rgsepd (40)
rhdf5 (15788)
rhdf5client (48)
rhdf5filters (14383)
Rhdf5lib (17710)
Rhisat2 (167)
RhpcBLASctl (1)
Rhtslib (19678)
rhub (1)
rHVDM (3)
RiboCrypt (32)
RiboDiPA (41)
RiboProfiling (54)
ribor (39)
riboSeq (0)
riboSeqR (51)
ribosomeProfilingQC (54)
RIdeogram (1)
rifi (17)
RImmPort (36)
Ringo (621)
RInside (1)
Rintact (2)
rio (1)
RIPAT (34)
RIPSeeker (16)
Risa (46)
riskRegression (1)
RITAN (44)
ritis (1)
RItools (1)
RIVER (34)
rj (1)
rj.gd (1)
rJava (1)
RJMCMCNucleosomes (36)
rjson (1)
RJSONIO (1)
rlang (4)
RLassoCox (41)
rle (1)
rlecuyer (1)
rlemon (1)
RLMM (39)
RLSeq (36)
rly (1)
RMAGEML (1)
Rmagpie (40)
RMAPPER (3)
RMariaDB (1)
rmarkdown (3)
RMassBank (66)
rMAT (5)
rmelting (50)
rmeta (1)
rmio (1)
RmiR (10)
rmir (0)
Rmmquant (37)
Rmpi (1)
rms (1)
rmspc (37)
RMTstat (1)
rmutil (1)
RMySQL (1)
RNAAgeCalc (59)
RNAdecay (34)
rnaEditr (33)
RNAinteract (40)
RNAither (5)
rnaither (0)
RNAmodR (59)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (41)
RNAmodR.ML (34)
RNAmodR.RiboMethSeq (38)
RNAprobR (3)
RNAsense (34)
rnaseqcomp (47)
RnaSeqGeneEdgeRQL (1)
rnaSeqMap (5)
RNASeqPower (126)
RNASeqR (27)
RnaSeqSampleSize (86)
RnBeads (191)
rncl (1)
RNeXML (1)
rngtools (1)
rngWELL (1)
Rnits (31)
roar (47)
robust (1)
robustbase (1)
ROC (1063)
ROCpAI (31)
ROCR (1)
RODBC (1)
ROI (1)
RolDE (22)
Roleswitch (4)
Rolexa (2)
rols (285)
roma (0)
ROntoTools (78)
Rook (1)
ropls (682)
ROSeq (34)
rotl (1)
ROTS (149)
roxygen2 (1)
RPA (40)
rpart (1)
RPostgres (1)
RPostgreSQL (1)
rprimer (34)
rprojroot (1)
RProtoBufLib (2069)
RpsiXML (38)
rpx (267)
Rqc (178)
rqt (40)
rqubic (54)
rrBLUP (1)
rrcov (1)
rRDP (40)
Rredland (2)
rredlist (1)
RRHO (72)
rrvgo (253)
rsample (1)
Rsamtools (19493)
rsamtools (1)
rsbml (74)
rsconnect (2)
rScudo (38)
RSEIS (1)
rsemmed (32)
RSeqAn (56)
Rserve (1)
rSFFreader (1)
RSiena (1)
Rsmlx (1)
Rsmlx.1 (1)
Rsmlx.2 (1)
RSNNS (1)
RSNPper (3)
Rsolnp (2)
RSpectra (2)
RSQLite (3)
Rssa (1)
RsSimulx (1)
RsSimulx.1 (1)
rstan (1)
rstanarm (1)
rstantools (1)
rstatix (1)
rstpm2 (1)
rstudio (0)
rstudioapi (2)
Rsubread (2019)
rsvd (2)
rsvg (1)
RSVSim (45)
rSWeeP (35)
rTANDEM (8)
RTCA (40)
RTCGA (494)
RTCGAToolbox (480)
rticles (1)
rtkore (1)
RTN (108)
RTNduals (47)
RTNsurvival (49)
RTools4TB (1)
RTopper (41)
Rtpca (33)
rtracklayer (17871)
Rtreemix (44)
rTRM (50)
rTRMui (34)
Rtsne (1)
Rttf2pt1 (1)
runibic (55)
RUnit (1)
Runuran (1)
Ruuid (3)
ruv (1)
RUVcorr (46)
RUVnormalize (43)
RUVSeq (776)
rvcheck (1)
rversions (1)
rvest (2)
rvg (1)
RVS (36)
Rwave (1)
RWebServices (2)
RWiener (1)
rWikiPathways (261)
rxode2 (1)
rxode2et (1)
rxode2ll (1)
rxode2parse (1)
rxode2random (1)
rzmq (1)

S

s2 (1)
S4Vectors (51589)
saemix (1)
safe (384)
safetyexploreR (1)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (35)
SAGx (18)
SAIGEgds (51)
samExploreR (2)
sampleClassifier (37)
sampling (1)
samr (2)
SamSPECTRAL (102)
sandwich (1)
sangeranalyseR (122)
sangerseqR (323)
SANTA (41)
sapFinder (3)
saps (1)
sarks (32)
sass (2)
satuRn (57)
savR (52)
SBGNview (69)
SBGNview.data (1)
sbgr (1)
SBMLR (47)
SC3 (377)
sc3 (1)
Scale4C (35)
ScaledMatrix (8728)
scales (3)
scAlign (38)
scam (1)
SCAN.UPC (66)
scanMiR (37)
scanMiRApp (32)
scAnnotatR (56)
SCANVIS (47)
SCArray (36)
SCATE (35)
scater (4717)
scatterHatch (26)
scattermore (2)
scatterpie (1)
scatterplot3d (1)
scBFA (36)
SCBN (47)
scBubbletree (7)
scCB2 (42)
scClassifR (14)
scClassify (61)
sccomp (26)
sccore (1)
scDataviz (57)
scDblFinder (711)
scDD (133)
scDDboost (10)
scde (294)
scds (453)
SCFA (36)
scFeatureFilter (34)
scfind (2)
scGPS (40)
schex (117)
scHOT (55)
scico (1)
scidb (1)
scifer (6)
ScISI (12)
scMAGeCK (37)
scmap (366)
scMerge (275)
scMET (8)
scmeth (45)
SCnorm (89)
scone (95)
Sconify (33)
SCOPE (41)
scoreInvHap (35)
scp (55)
scPCA (64)
scPipe (70)
scran (3480)
scReClassify (31)
scRecover (42)
ScreenR (10)
scRepertoire (230)
scrime (2)
scRNAseq (1)
scruff (50)
scry (82)
scShapes (30)
scsR (2)
scTensor (49)
scTGIF (40)
scTHI (35)
sctransform (3)
scTreeViz (34)
scuttle (6553)
SDAMS (39)
SDMTools (1)
sechm (72)
seewave (1)
segmented (1)
segmenter (33)
segmentSeq (81)
selectKSigs (32)
selectr (1)
SELEX (38)
sem (1)
SemDist (36)
semisup (33)
SemSim (2)
semsim (1)
sendmailR (1)
sensitivity (1)
sensobol (1)
SEPA (1)
SEPIRA (34)
seq2pathway (41)
seqArchR (27)
seqArchRplus (1)
SeqArray (740)
seqbias (48)
seqCAT (39)
seqCNA (54)
seqcombo (39)
SeqGate (31)
SeqGSEA (57)
seqLogo (1964)
seqminer (1)
Seqnames (0)
seqPattern (494)
seqplots (12)
seqsetvis (52)
SeqSQC (44)
seqTools (101)
SeqVarTools (413)
seriation (3)
servr (1)
sesame (402)
sessioninfo (1)
SEtools (71)
Seurat (3)
seurat (1)
SeuratObject (2)
sevenbridges (56)
sevenC (39)
sf (1)
sfsmisc (1)
SGCP (0)
SGSeq (243)
shadowtext (1)
shape (1)
shapefiles (1)
SharedObject (53)
ShatterSeek (1)
shiny (2)
shiny.router (1)
shinyBS (3)
shinybusy (1)
shinycssloaders (1)
shinydashboard (1)
shinydashboardPlus (2)
shinyepico (46)
shinyFiles (2)
shinyhelper (2)
shinyjqui (1)
shinyjs (1)
shinyMethyl (73)
shinyMobile (1)
shinypanel (2)
shinySelect (1)
shinystan (1)
shinyTANDEM (4)
shinythemes (1)
shinyWidgets (3)
ShortRead (5275)
shortread (0)
SIAMCAT (109)
SICtools (32)
sidap (0)
sigaR (5)
SigCheck (38)
sigFeature (131)
SigFuge (35)
siggenes (2332)
sights (45)
Signac (2)
signal (1)
signature.tools.lib (1)
signature.tools.lib.back (1)
signature.tools.lib.v2.1 (1)
signature.tools.lib.v2.1.2 (1)
signatureSearch (74)
signeR (60)
signet (2)
signifinder (7)
SignifReg (1)
sigPathway (106)
sigpathway (1)
SigsPack (36)
sigsquared (36)
SIM (42)
SIMAT (37)
SimBindProfiles (35)
SimBu (8)
SIMD (34)
SimFFPE (34)
similaRpeak (47)
SIMLR (170)
simpleaffy (170)
simpleSeg (11)
simpleSingleCell (0)
simplifyEnrichment (252)
SimSeq (1)
simulatorAPMS (3)
simulatorZ (3)
sincell (44)
single (21)
SingleCellExperiment (10862)
SingleCelLExperiment (1)
SingleCellSignalR (124)
singleCellTK (140)
SingleMoleculeFootprinting (36)
SingleR (2591)
SingleRBook (4)
singscore (744)
SISPA (37)
sitadela (34)
sitePath (41)
sitmo (2)
sizepower (45)
SJava (2)
sjPlot (1)
sjstats (1)
skewr (35)
slalom (41)
slam (1)
SLGI (14)
slickR (1)
slider (1)
slingshot (1018)
slinky (15)
SLqPCR (45)
sm (1)
SMAD (33)
SMAP (38)
smartdata (1)
SMITE (43)
smoother (1)
smoothHR (1)
SMVar (2)
sn (1)
sna (1)
SNAData (2)
SNAGEE (39)
snapCGH (50)
snapcount (48)
snifter (98)
snm (126)
snow (2)
SnowballC (1)
snpAssoc (0)
SNPchip (19)
SNPediaR (37)
SNPhood (37)
SNPlocs.Hsapiens.dbSNP151.GRCh38 (1)
snpMatrix (4)
snpmatrix (1)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (1231)
snpStats (1650)
SOAR (1)
soGGi (237)
soilDB (1)
sojourner (35)
solrium (1)
som (1)
SomaDataIO (1)
SomatiCA (1)
SomaticSignatures (133)
sommer (1)
SOMNiBUS (32)
sortable (1)
soundecology (1)
sp (1)
SpacePAC (39)
spacetime (1)
SPACox (1)
spade (5)
spam (1)
spaMM (1)
Spaniel (72)
sparklyr (1)
sparrow (65)
sparseDOSSA (37)
SparseM (1)
sparseMatrixStats (11056)
sparsenetgls (32)
SparseSignatures (47)
sparsesvd (2)
spaSim (10)
spatial (1)
SpatialCPie (66)
spatialDE (51)
SpatialDecon (109)
SpatialExperiment (617)
SpatialFeatureExperiment (18)
spatialHeatmap (40)
spatialreg (1)
spatstat (1)
spatstat.core (1)
spatstat.data (1)
spatstat.geom (1)
spatstat.linnet (1)
spatstat.random (1)
spatstat.sparse (1)
spatstat.utils (1)
spatzie (34)
spData (1)
speckle (1)
specL (45)
SpeCond (76)
Spectra (334)
SpectralTAD (51)
speedglm (1)
SPEI (1)
SPEM (56)
spgs (1)
SPIA (409)
SPIAT (13)
spicyR (62)
SpidermiR (56)
spikeLI (34)
spiky (38)
spkTools (36)
splancs (1)
splatter (347)
splicegear (5)
spliceR (9)
spliceSites (3)
SpliceWiz (13)
SplicingFactory (32)
SplicingGraphs (80)
splines (1)
splines2 (1)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (51)
SPLINTER (35)
splots (117)
spls (1)
SPONGE (63)
SpotClean (18)
SPOTlight (65)
spotSegmentation (4)
spqn (36)
SPsimSeq (64)
SQLDataFrame (38)
SQUADD (32)
SQUAREM (1)
sRACIPE (37)
SRAdb (331)
sRAP (4)
SRGnet (3)
srnadiff (38)
sROC (1)
sscore (42)
sscu (38)
sSeq (130)
ssh.utils (1)
ssize (62)
sSNAPPY (25)
SSPA (98)
ssPATHS (31)
ssrch (40)
ssviz (40)
stabledist (1)
stabs (1)
stageR (149)
stam (2)
STAN (42)
standR (27)
StanHeaders (1)
staRank (35)
StarBioTrek (37)
Starr (4)
startupmsg (1)
STATegRa (47)
Statial (6)
statmod (1)
statnet (1)
statnet.common (1)
stats (1)
stats4 (1)
statsExpressions (1)
statTarget (85)
STdeconvolve (36)
stepNorm (39)
stepwiseCM (2)
sticky (1)
stinepack (1)
stJoincount (6)
stopwords (1)
storr (1)
strandCheckR (39)
Streamer (44)
string (0)
STRINGdb (762)
stringdist (1)
stringfish (1)
stringi (2)
stringr (2)
STROMA4 (36)
strucchange (1)
struct (81)
Structstrings (74)
structToolbox (60)
StructuralVariantAnnotation (127)
styler (1)
SubCellBarCode (40)
subplex (1)
subselect (1)
subSeq (54)
SUITOR (10)
SummarizedBenchmark (42)
SummarizedExperiment (34938)
Summix (28)
superheat (1)
SuperLearner (1)
superpc (1)
supersigs (38)
SuppDists (1)
supraHex (304)
surfaltr (31)
survcomp (752)
survey (1)
survival (3)
survivalROC (1)
survminer (1)
survMisc (1)
survtype (45)
Sushi (213)
susieR (2)
sva (5759)
svaNUMT (29)
SVAPLSseq (2)
svaRetro (29)
svd (1)
svglite (1)
SVM2CRM (1)
SWATH2stats (44)
SwathXtend (46)
swfdr (42)
SwimR (5)
switchBox (76)
switchde (41)
synapsis (31)
synapter (32)
synergyfinder (156)
SynExtend (43)
synlet (40)
SynMut (36)
syntenet (22)
sys (1)
systemfit (1)
systemfonts (1)
systemPipeR (1130)
systemPipeRdata (0)
systemPipeShiny (48)
systemPipeTools (35)

T

tables (1)
TADCompare (50)
TailRank (1)
tanggle (42)
TAPseq (46)
tarchetypes (1)
target (37)
TargetDecoy (36)
targets (1)
TargetScore (42)
TargetSearch (48)
targetsearch (0)
TarSeqQC (36)
taxize (1)
TBSignatureProfiler (43)
TCC (263)
TCGAbiolinks (2884)
TCGAbiolinksGUI (97)
TCGAbiolinksGUI.data (1)
TCGAutils (633)
tcltk (1)
tclust (1)
TCseq (109)
TDARACNE (34)
tdaracne (0)
TeachingDemos (1)
TEKRABber (25)
templater (1)
tensor (1)
tensorA (1)
tensorflow (1)
TENxIO (7)
tenXplore (32)
TEQC (51)
tergm (1)
ternarynet (35)
terra (1)
terraTCGAdata (20)
testthat (2)
TFARM (32)
TFBSTools (1408)
TFEA.ChIP (53)
TFHAZ (34)
TFisher (1)
TFMPvalue (2)
tfrmt (1)
tfruns (1)
TFutils (41)
TH.data (1)
threejs (1)
tibble (3)
tictoc (1)
tidybulk (111)
tidygraph (1)
tidyjson (1)
tidymodels (1)
tidyposterior (1)
tidyr (3)
tidyselect (3)
tidySingleCellExperiment (95)
tidySummarizedExperiment (109)
tidytext (1)
tidytree (1)
tidyverse (1)
tidyvpc (1)
tiff (1)
tiger (0)
tigre (40)
TileDBArray (38)
tilingArray (65)
timechange (1)
timecourse (55)
timeDate (1)
timeOmics (51)
timereg (1)
TimerQuant (0)
timescape (59)
TimeSeriesExperiment (39)
TimiRGeN (40)
TIN (38)
TINC (1)
tinytex (3)
TissueEnrich (83)
TitanCNA (61)
tkrgl (1)
tkrplot (1)
tkWidgets (898)
tkwidgets (1)
tLOH (35)
tm (1)
TMB (1)
TMixClust (55)
tmle (1)
tmvtnorm (1)
TNBC.CMS (43)
TnT (40)
TOAST (124)
tofsims (18)
tokenizers (1)
tomoda (30)
tomoseqr (20)
tools (1)
ToPASeq (4)
topconfects (120)
topdownr (41)
topGO (2713)
topicmodels (1)
ToxicoGx (33)
Tplyr (1)
TPP (64)
TPP2D (41)
tracee (1)
tracktables (118)
trackViewer (270)
tradeSeq (331)
TrajectoryGeometry (26)
TrajectoryUtils (1052)
TraMineR (1)
transcriptogramer (46)
transcriptR (45)
transformGamPoi (35)
transformr (1)
transite (43)
tRanslatome (39)
transomics2cytoscape (33)
TransView (39)
TraRe (30)
traseR (36)
Travel (24)
traviz (32)
tree (1)
TreeAndLeaf (86)
treeio (14110)
treekoR (35)
TreeSummarizedExperiment (532)
TREG (21)
TReNA (1)
trena (40)
Trendy (46)
TRESS (35)
tricycle (80)
triform (3)
trigger (38)
trimcluster (1)
trio (74)
tripack (1)
triplex (40)
tripr (32)
tRNA (77)
tRNAdbImport (44)
tRNAscanImport (53)
TRONCO (67)
truncnorm (2)
trust (1)
TSCAN (307)
tscR (45)
tseries (1)
tseriesChaos (1)
tsna (1)
tsne (1)
TSP (3)
tspair (32)
TSRchitect (13)
TSSi (2)
ttgsea (41)
TTMap (34)
tune (1)
tuneR (1)
TurboNorm (38)
TVTB (39)
tweeDEseq (84)
tweedie (1)
tweenr (1)
twilight (90)
twoddpcr (38)
TwoSampleMR (1)
txcutr (31)
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene (2)
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene (1)
TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.ensGene (1)
TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene (2)
tximeta (985)
tximport (2849)
TxRegInfra (3)
TypeInfo (37)
tzdb (1)

U

UCell (295)
ucminf (1)
Ularcirc (39)
umap (1)
UMI4Cats (38)
unbalanced (1)
uncoverappLib (32)
UNDO (41)
unifiedWMWqPCR (37)
UniProt.ws (260)
uniqueAtomMat (1)
Uniquorn (37)
units (1)
universalmotif (375)
updateObject (23)
urca (1)
uroot (1)
usethis (1)
uSORT (40)
UTAR (0)
utf8 (1)
utils (1)
uuid (1)
uwot (3)

V

V8 (1)
VAExprs (34)
VanillaICE (56)
vaplot (1)
vapour (1)
VarCon (34)
variancePartition (433)
VariantAnnotation (6653)
VariantExperiment (40)
VariantFiltering (46)
VariantTools (87)
vasp (2)
VaSP (36)
vaultr (1)
vbmp (54)
VCFArray (37)
vcfR (0)
vcr (1)
vctrs (3)
VDJdive (8)
Vega (3)
VegaMC (36)
vegan (1)
vegawidget (1)
velociraptor (91)
veloviz (38)
venn (2)
VennDetail (148)
VennDiagram (1)
VERSO (30)
VGAM (1)
VIBER (1)
vidger (88)
vioplot (1)
viper (581)
viridis (2)
viridisLite (2)
viridislite (1)
virtualArray (4)
ViSEAGO (122)
visNetwork (1)
vissE (50)
Voyager (10)
VplotR (41)
vroom (1)
vsclust (7)
vsn (4652)
vtpnet (37)
vulcan (38)

W

waddR (48)
waiter (2)
waldo (1)
warp (1)
wateRmelon (718)
wavClusteR (42)
waveslim (1)
waveTiling (3)
weaver (44)
webbioc (43)
webfakes (1)
webmockr (1)
webshot (2)
WeightIt (1)
weights (1)
WeightSVM (1)
weitrix (34)
WGCNA (1)
WGSmapp (1)
whisker (1)
widgetInvoke (2)
widgetTools (908)
widgettools (1)
wiggleplotr (110)
WikidataQueryServiceR (1)
WikidataR (1)
WikipediR (1)
wikitaxa (1)
withr (2)
wk (1)
workflows (1)
workflowsets (1)
worrms (1)
wpm (42)
wppi (36)
Wrench (904)
writexl (1)
WriteXLS (1)
WRS2 (1)

X

xaringan (1)
xaringanExtra (1)
xaringanthemer (1)
XBSeq (4)
XCIR (7)
xcms (1209)
xcore (23)
XDE (45)
Xeva (41)
xfun (4)
xgboost (1)
XINA (41)
XLConnect (1)
xlsx (1)
xlsxjars (1)
xmapbridge (36)
xmapcore (1)
XML (2)
xml2 (1)
xmlparsedata (1)
XNAString (40)
xpose (1)
xps (8)
xtable (1)
xts (1)
XVector (44459)
xvector (0)
XVectorb (1)

Y

y2hStat (1)
yaImpute (1)
yaml (2)
yamss (43)
YAPSA (74)
yaqcaffy (7)
yardstick (1)
yarn (92)
ymlthis (1)
yulab.utils (1)

Z

zCompositions (2)
zellkonverter (488)
zenith (8)
zFPKM (90)
zinbwave (596)
zip (2)
zlibbioc (45945)
zoo (1)