See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2021-08-03 07:24:16 -0400 (Tue, 03 Aug 2021).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1BiocGenerics (44087)
2BiocVersion (42553)
3S4Vectors (38784)
4IRanges (37684)
5Biobase (36981)
6zlibbioc (33100)
7GenomeInfoDb (32911)
8XVector (31699)
9DelayedArray (30836)
10GenomicRanges (28415)
11BiocParallel (28395)
12AnnotationDbi (28203)
13SummarizedExperiment (27909)
14limma (25542)
15Biostrings (24284)
16MatrixGenerics (19210)
17biomaRt (18720)
18annotate (17971)
19genefilter (17660)
20BiocFileCache (16716)
21rtracklayer (16534)
22graph (16489)
23Rsamtools (16433)
24edgeR (15783)
25GenomicAlignments (15759)
26Rhdf5lib (15426)
27Rhtslib (15413)
28DESeq2 (14704)
29GenomicFeatures (13898)
30geneplotter (13441)
31rhdf5 (13303)
32preprocessCore (11669)
33qvalue (10408)
34Rgraphviz (9733)
35RBGL (9380)
36clusterProfiler (9220)
37fgsea (9102)
38rhdf5filters (8838)
39KEGGREST (8832)
40GOSemSim (8829)
41multtest (8748)
42enrichplot (8729)
43DOSE (8482)
44BSgenome (8302)
45DelayedMatrixStats (8028)
46HDF5Array (7996)
47ProtGenerics (7850)
48affyio (7449)
49impute (7445)
50affy (7348)
51SingleCellExperiment (7128)
52GEOquery (7110)
53ComplexHeatmap (7010)
54ensembldb (6978)
55beachmat (6789)
56AnnotationHub (6750)
57AnnotationFilter (6489)
58VariantAnnotation (6261)
59GSEABase (5942)
60interactiveDisplayBase (5745)
61BiocSingular (5405)
62sparseMatrixStats (5226)
63sva (5137)
64BiocStyle (5120)
65ShortRead (5013)
66BiocNeighbors (4997)
67scater (4329)
68ggtree (4310)
69biovizBase (4191)
70KEGGgraph (4117)
71pathview (4013)
72treeio (3993)
73vsn (3983)
74pcaMethods (3837)
75ExperimentHub (3762)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (78)
a4Base (102)
a4Classif (76)
a4Core (114)
a4Preproc (114)
a4Reporting (79)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (70)
ABarray (60)
abseqR (60)
ABSSeq (74)
acde (72)
ACE (67)
aCGH (132)
ACME (77)
ADaCGH2 (56)
ADAM (51)
ADAMgui (50)
adaptest (11)
adductomicsR (48)
ADImpute (34)
adSplit (59)
AffiXcan (52)
affxparser (1536)
affy (7348)
affycomp (86)
AffyCompatible (84)
affyContam (68)
affycoretools (344)
affydata (0)
AffyExpress (46)
affyILM (53)
affyio (7449)
affylmGUI (86)
affyPara (58)
affypdnn (10)
affyPLM (1222)
affyQCReport (143)
affyqcreport (0)
AffyRNADegradation (59)
AffyTiling (1)
AGDEX (56)
aggregateBioVar (37)
Agi4x44PreProcess (0)
agilp (144)
AgiMicroRna (141)
agimicrorna (0)
AIMS (378)
airpart (12)
ALDEx2 (412)
alevinQC (74)
AllelicImbalance (79)
AlphaBeta (51)
alpine (85)
ALPS (57)
AlpsNMR (37)
alsace (69)
altcdfenvs (62)
AMARETTO (57)
AMOUNTAIN (70)
amplican (70)
ampliQueso (3)
AnalysisPageServer (14)
anamiR (8)
Anaquin (56)
ANCOMBC (167)
AneuFinder (82)
ANF (56)
animalcules (65)
annaffy (299)
AnnBuilder (0)
annmap (49)
annotate (17971)
AnnotationDbi (28203)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (6489)
AnnotationForge (2850)
AnnotationFuncs (71)
AnnotationHub (6750)
AnnotationHubData (142)
annotationTools (97)
annotatr (336)
anota (68)
anota2seq (64)
antiProfiles (59)
AnVIL (232)
AnVILBilling (31)
AnVILPublish (37)
APAlyzer (60)
apcluster (0)
apComplex (66)
apcomplex (0)
apeglm (2452)
applera (0)
appreci8R (51)
aroma.light (1968)
ArrayExpress (569)
ArrayExpressHTS (41)
arrayMagic (0)
arrayMvout (51)
arraymvout (0)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (69)
arrayQualityMetrics (510)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (83)
ArrayTV (15)
ARRmNormalization (58)
artMS (86)
ASAFE (55)
ASEB (56)
ASGSCA (56)
ASICS (68)
asmn (1)
ASpediaFI (48)
ASpli (89)
AssessORF (49)
ASSET (69)
ASSIGN (66)
ATACseqQC (276)
AtlasRDF (2)
atSNP (37)
attract (59)
AUCell (840)
autonomics (13)
Autotuner (66)
AWFisher (52)
awst (10)

B

BaalChIP (58)
BAC (56)
bacon (104)
BADER (60)
BadRegionFinder (53)
BAGS (55)
ballgown (654)
bambu (44)
bamsignals (750)
BANDITS (54)
banocc (49)
barcodetrackR (11)
basecallQC (67)
BaseSpaceR (62)
Basic4Cseq (60)
BASiCS (109)
BasicSTARRseq (57)
basilisk (436)
basilisk.utils (446)
batchelor (1991)
BatchQC (143)
BayesKnockdown (50)
BayesPeak (22)
BayesSpace (92)
bayNorm (80)
baySeq (536)
BBCAnalyzer (54)
BCRANK (71)
bcSeq (55)
BDMMAcorrect (53)
beachmat (6789)
beadarray (659)
beadarraySNP (61)
BeadDataPackR (636)
beaddatapackr (0)
BeadExplorer (0)
BEARscc (52)
BEAT (54)
BEclear (67)
betr (2)
bgafun (12)
BgeeCall (49)
BgeeDB (89)
BGmix (52)
bgx (68)
BHC (153)
BicARE (100)
BiFET (62)
BiGGR (61)
BigMatrix (0)
bigmelon (70)
bigmemoryExtras (56)
bigPint (89)
bim (0)
BindingSiteFinder (1)
bioassayR (73)
Biobase (36981)
biobase (0)
biobroom (170)
biobtreeR (53)
bioCancer (62)
BiocCaseStudies (46)
BiocCheck (2228)
biocDatasets (0)
BiocDockerManager (54)
BiocFileCache (16716)
BiocGenerics (44087)
biocGraph (187)
BiocInstaller (2331)
Biocinstaller (0)
biocinstaller (0)
BiocIO (1996)
biocLite (0)
BiocNeighbors (4997)
BiocOncoTK (64)
Bioconductor (0)
BioCor (67)
BiocParallel (28395)
BiocPkgTools (93)
BiocSet (76)
BiocSingular (5405)
BiocSklearn (62)
BiocStyle (5120)
biocthis (73)
BiocVersion (42553)
biocViews (3646)
BiocWorkflowTools (136)
biodb (10)
bioDist (223)
biomaRt (18720)
BioMedR (1)
biomformat (3549)
BioMM (54)
BioMVCClass (53)
biomvRCNS (53)
BioNERO (17)
BioNet (181)
bionet (0)
BioNetStat (57)
BioQC (126)
BioSeqClass (21)
biosigner (76)
Biostrings (24284)
biostrings (0)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (13)
BioTIP (49)
biotmle (60)
biovizBase (4191)
BiRewire (80)
birta (19)
birte (3)
biscuiteer (52)
BiSeq (92)
BitSeq (69)
blacksheepr (50)
blima (59)
BLMA (70)
BloodGen3Module (10)
bluster (1805)
bnbc (54)
bnem (17)
BPRMeth (66)
BRAIN (141)
brainflowprobes (44)
brainImageR (2)
BrainSABER (39)
BrainStars (42)
branchpointer (64)
breakpointR (53)
brendaDb (53)
BRGenomics (74)
bridge (55)
BridgeDbR (73)
BrowserViz (96)
BrowserVizDemo (2)
BSgenome (8302)
bsseq (1045)
BubbleTree (59)
BufferedMatrix (62)
BufferedMatrixMethods (58)
BUMHMM (52)
bumphunter (2069)
BumpyMatrix (60)
BUS (55)
BUScorrect (51)
BUSpaRse (192)
BUSseq (2)
BuxcoR (0)

C

CAEN (15)
CAFE (51)
CAGEfightR (76)
cageminer (1)
CAGEr (102)
CALIB (6)
calm (45)
CAMERA (440)
CAMTHC (12)
canceR (60)
cancerclass (63)
CancerInSilico (57)
CancerMutationAnalysis (50)
CancerSubtypes (160)
CAnD (49)
caOmicsV (55)
Cardinal (110)
CARNIVAL (88)
casper (62)
CATALYST (325)
Category (2702)
categoryCompare (53)
CausalR (63)
cbaf (53)
cBioPortalData (166)
cbpManager (11)
ccfindR (79)
ccmap (79)
CCPROMISE (52)
ccrepe (95)
celaref (86)
celda (176)
CellaRepertorium (35)
cellbaseR (58)
CellBench (70)
cellGrowth (6)
cellHTS (1)
cellHTS2 (128)
CelliD (24)
cellity (55)
CellMapper (56)
cellmigRation (10)
CellMixS (65)
CellNOptR (86)
cellscape (64)
CellScore (55)
CellTrails (53)
cellTree (62)
CEMiTool (189)
censcyt (15)
ceRNAnetsim (47)
CeTF (59)
CexoR (41)
CFAssay (68)
cfDNAPro (27)
CGEN (34)
CGHbase (264)
CGHcall (236)
cghMCR (67)
CGHnormaliter (51)
CGHregions (65)
ChAMP (568)
CHARGE (13)
charm (4)
ChemmineOB (193)
ChemmineR (460)
chemminer (0)
CHETAH (108)
ChIC (55)
Chicago (85)
chimera (42)
chimeraviz (77)
ChIPanalyser (53)
ChIPComp (64)
chipenrich (103)
ChIPexoQual (57)
ChIPpeakAnno (948)
ChIPQC (319)
ChIPseeker (1319)
chipseq (485)
ChIPseqR (120)
ChIPSeqSpike (49)
ChIPsim (123)
ChIPXpress (44)
chopsticks (106)
chroGPS (6)
chromDraw (59)
ChromHeatMap (71)
ChromoViz (0)
chromPlot (96)
ChromSCape (37)
chromstaR (82)
chromswitch (54)
chromVAR (535)
CHRONOS (58)
cicero (186)
CIMICE (12)
CINdex (60)
cindex (0)
circRNAprofiler (65)
cisPath (57)
CiteFuse (65)
ClassifyR (61)
cleanUpdTSeq (56)
cleaver (158)
clippda (57)
clipper (72)
cliqueMS (61)
Clomial (58)
Clonality (65)
clonotypeR (61)
clst (60)
clstutils (59)
CluMSID (56)
clustComp (57)
clusterExperiment (451)
ClusterJudge (52)
clusterProfiler (9220)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (52)
ClusterSignificance (57)
clusterStab (123)
clustifyr (109)
CMA (148)
cmapR (173)
cn.farms (55)
cn.mops (188)
CNAnorm (69)
cnanorm (0)
CNEr (894)
CNORdt (53)
CNORfeeder (55)
CNORfuzzy (53)
CNORode (73)
CNPBayes (3)
CNTools (119)
CNVfilteR (50)
CNVgears (19)
cnvGSA (54)
CNViz (10)
CNVPanelizer (67)
CNVRanger (82)
CNVrd2 (51)
CNVtools (16)
cnvtools (0)
cobindR (15)
CoCiteStats (52)
COCOA (49)
codelink (61)
CODEX (105)
coexnet (68)
CoGAPS (120)
cogena (93)
coGPS (53)
COHCAP (62)
cola (89)
combi (48)
coMET (74)
compartmap (49)
COMPASS (65)
compcodeR (86)
compEpiTools (69)
CompGO (64)
ComplexHeatmap (7010)
ComPrAn (12)
conclus (10)
condcomp (2)
condiments (16)
CONFESS (52)
consensus (48)
ConsensusClusterPlus (2199)
consensusDE (52)
consensusOV (61)
consensusSeekeR (56)
CONSTANd (18)
contiBAIT (51)
conumee (123)
convert (120)
copa (55)
COPDSexualDimorphism (0)
copynumber (369)
CopyNumber450k (1)
CopyNumberPlots (84)
CopywriteR (82)
coRdon (112)
CoRegFlux (35)
CoRegNet (75)
CoreGx (167)
Cormotif (51)
CorMut (15)
coRNAi (2)
corral (64)
CORREP (57)
coseq (91)
cosmiq (53)
cosmo (0)
cosmoGUI (0)
cosmosR (12)
COSNet (56)
CountClust (86)
countsimQC (58)
covEB (47)
CoverageView (83)
covRNA (54)
cpvSNP (53)
cqn (218)
CRImage (78)
CRISPRseek (100)
crisprseekplus (49)
CrispRVariants (86)
crlmm (129)
CrossICC (17)
crossmeta (79)
CSAR (125)
csaw (334)
csawBook (1)
csdR (1)
CSSP (58)
CSSQ (45)
ctc (289)
CTDquerier (17)
ctgGEM (44)
cTRAP (52)
ctsGE (57)
cummeRbund (378)
cummerbund (0)
customCMPdb (31)
customProDB (81)
CVE (6)
cyanoFilter (10)
cycle (55)
cydar (88)
CytoDx (60)
cytofast (50)
cytofkit (39)
CytoGLMM (10)
cytolib (1683)
cytomapper (69)
CytoML (937)
CytoTree (50)

D

dada2 (1666)
dagLogo (58)
daMA (52)
DAMEfinder (53)
DaMiRseq (84)
DAPAR (77)
DART (56)
DASC (1)
DASiR (1)
dasper (38)
DAVIDQuery (1)
DBChIP (64)
dcanr (64)
dce (19)
dcGSA (51)
DChIPRep (15)
ddCt (107)
ddgraph (2)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (51)
dearseq (52)
debCAM (48)
debrowser (197)
DECIPHER (1346)
deco (53)
DEComplexDisease (52)
decompTumor2Sig (68)
DeconRNASeq (194)
decontam (282)
decoupleR (11)
DEDS (7)
DeepBlueR (68)
DeepPINCS (9)
deepSNV (96)
DEFormats (227)
DegNorm (39)
DEGraph (56)
DEGreport (438)
DEGseq (246)
DelayedArray (30836)
DelayedDataFrame (50)
DelayedMatrixStats (8028)
DelayedRandomArray (10)
DelayedTensor (2)
deltaCaptureC (45)
deltaGseg (51)
DeMAND (55)
DeMixT (65)
densvis (44)
DEP (321)
DepecheR (53)
DEqMS (109)
derfinder (520)
derfinderHelper (516)
derfinderPlot (95)
DEScan2 (52)
DESeq (1672)
deseq (0)
DESeq2 (14704)
DEsingle (231)
destiny (611)
DEsubs (50)
DEWSeq (49)
DExMA (10)
DEXSeq (698)
dexus (44)
DFP (53)
DIAlignR (47)
DiffBind (1039)
diffcoexp (67)
diffcyt (210)
diffGeneAnalysis (53)
diffgeneanalysis (0)
diffHic (100)
DiffLogo (67)
diffloop (118)
diffuStats (67)
diffUTR (10)
diggit (53)
Dino (1)
dir.expiry (103)
Director (46)
DirichletMultinomial (1068)
discordant (79)
DiscoRhythm (58)
distinct (52)
dittoSeq (350)
divergence (46)
dks (54)
DMCFB (47)
DMCHMM (52)
DMRcaller (88)
DMRcate (777)
DMRforPairs (54)
DMRScan (50)
dmrseq (110)
DNABarcodeCompatibility (47)
DNABarcodes (120)
DNAcopy (2009)
DNaseR (0)
DNAshapeR (82)
domainsignatures (2)
DominoEffect (49)
doppelgangR (60)
DOQTL (7)
Doscheda (53)
DOSE (8482)
doseR (49)
dpeak (51)
drawProteins (109)
DRIMSeq (323)
DriverNet (59)
DropletUtils (1238)
drugTargetInteractions (11)
DrugVsDisease (59)
dSimer (4)
DSS (859)
dStruct (2)
DTA (53)
dualKS (53)
Dune (53)
DupChecker (12)
dupRadar (96)
dyebias (56)
DynDoc (548)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (94)
easyreporting (47)
easyRNASeq (57)
easyrnaseq (0)
EBarrays (119)
EBcoexpress (62)
EBImage (2240)
EBSEA (50)
EBSeq (380)
EBSeqHMM (71)
ecolitk (54)
EDASeq (1818)
edd (0)
EDDA (43)
edge (110)
edgeR (15783)
edger (0)
eegc (50)
EGAD (68)
EGSEA (191)
eiR (50)
eisa (50)
eisaR (80)
ELBOW (41)
ELMER (254)
EMDomics (60)
EmpiricalBrownsMethod (81)
ENCODExplorer (65)
EnhancedVolcano (2325)
EnMCB (50)
ENmix (148)
EnrichedHeatmap (220)
EnrichmentBrowser (302)
enrichplot (8729)
enrichTF (60)
ensembldb (6978)
ensemblVEP (123)
ENVISIONQuery (29)
epialleleR (9)
EpiCluster (0)
epidecodeR (10)
EpiDISH (150)
epigenomix (56)
epigraHMM (8)
epihet (47)
epiNEM (78)
EpiTxDb (51)
epivizr (74)
epivizrChart (48)
epivizrData (72)
epivizrServer (79)
epivizrStandalone (64)
erccdashboard (70)
erma (102)
ERSSA (46)
esATAC (100)
escape (92)
esetVis (72)
eudysbiome (49)
evaluomeR (47)
EventPointer (62)
EWCE (17)
ExCluster (47)
ExiMiR (55)
exomeCopy (246)
exomecopy (0)
exomePeak (16)
exomePeak2 (74)
exonfindR (0)
exonmap (0)
ExperimentHub (3762)
ExperimentHubData (100)
ExperimentSubset (32)
explorase (25)
ExploreModelMatrix (75)
ExpressionAtlas (100)
ExpressionView (41)
exprExternal (0)
externalVector (0)

F

fabia (114)
facopy (2)
factDesign (53)
FamAgg (71)
famat (35)
farms (63)
fastLiquidAssociation (51)
FastqCleaner (102)
fastseg (602)
fbat (0)
FCBF (79)
fCCAC (53)
fCI (52)
fcoex (56)
fcScan (45)
fdrame (60)
FEAST (12)
fedup (12)
FELLA (145)
FEM (179)
ffpe (68)
fgga (10)
FGNet (88)
fgsea (9102)
FilterFFPE (35)
FindIT2 (1)
FindMyFriends (82)
FISHalyseR (51)
fishpond (141)
FitHiC (70)
flagme (53)
FLAMES (1)
flipflop (2)
flowAI (374)
flowBeads (53)
flowBin (50)
flowcatchR (59)
flowCHIC (57)
flowCL (70)
flowClean (188)
flowClust (1013)
flowCore (1834)
flowCut (49)
flowCyBar (58)
flowDensity (144)
flowFit (17)
flowFlowJo (0)
flowFP (77)
flowGraph (17)
flowMap (56)
flowMatch (58)
flowMeans (143)
flowMerge (69)
flowPeaks (101)
flowPhyto (0)
flowPloidy (56)
flowPlots (59)
flowQ (2)
flowq (0)
flowQB (3)
FlowRepositoryR (62)
FlowSOM (861)
flowSpecs (50)
flowSpy (43)
flowStats (998)
flowTime (56)
flowTrans (73)
flowType (18)
flowUtils (204)
flowViz (1173)
flowVS (45)
flowWorkspace (1183)
flowworkspace (0)
fmcsR (186)
fmrs (40)
fobitools (13)
focalCall (12)
FoldGO (53)
FourCSeq (50)
FRASER (66)
frenchFISH (43)
FRGEpistasis (57)
frma (110)
frmaTools (60)
FScanR (33)
FunChIP (51)
FunciSNP (29)
funtooNorm (52)

G

GA4GHclient (54)
ga4ghclient (0)
GA4GHshiny (49)
gaga (65)
gage (970)
gaggle (54)
gaia (157)
GAPGOM (49)
GAprediction (64)
garfield (60)
GARS (49)
GateFinder (46)
gaucho (2)
gcapc (54)
gcatest (57)
gCMAP (19)
gCMAPWeb (7)
gCrisprTools (57)
gcrma (1663)
GCSConnection (46)
GCSFilesystem (33)
GCSscore (47)
GDCRNATools (443)
GDSArray (90)
gdsfmt (1475)
geecc (11)
GEM (52)
gemini (45)
genArise (55)
genbankr (199)
GENE.E (1)
gene2pathway (0)
GeneAccord (46)
GeneAnswers (81)
geneAttribution (51)
GeneBreak (53)
geneClassifiers (52)
GeneExpressionSignature (59)
genefilter (17660)
genefu (419)
GeneGA (53)
GeneGeneInteR (56)
GeneGroupAnalysis (0)
GeneMeta (76)
GeneNetworkBuilder (72)
GeneOverlap (224)
geneplast (51)
geneplotter (13441)
GeneR (0)
geneRecommender (55)
GeneRegionScan (56)
GeneRfold (0)
geneRxCluster (50)
GeneSelectMMD (56)
GeneSelector (3)
GENESIS (258)
GeneSpring (0)
GeneStructureTools (66)
geNetClassifier (85)
genetics (0)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (17)
GeneticsPed (107)
GeneTonic (67)
GeneTraffic (0)
GeneTS (0)
geneXtendeR (56)
GENIE3 (593)
genoCN (61)
GenoGAM (56)
genomation (447)
GenomeBase (0)
GenomeGraphs (35)
GenomeInfoDb (32911)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (174)
genomeintervals (0)
genomes (68)
GenomicAlignments (15759)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (912)
GenomicDistributions (19)
GenomicFeatures (13898)
GenomicFiles (868)
GenomicInteractions (173)
GenomicOZone (45)
GenomicRanges (28415)
GenomicScores (341)
GenomicSuperSignature (10)
GenomicTuples (48)
Genominator (7)
genoset (109)
genotypeeval (48)
GenoView (1)
genphen (42)
GenRank (11)
GenVisR (382)
GEOfastq (16)
GEOmetadb (213)
GeomxTools (25)
GEOquery (7110)
GEOsearch (1)
GEOsubmission (53)
gep2pep (50)
gespeR (64)
getDEE2 (37)
geva (12)
GEWIST (50)
gff3Plotter (0)
GGBase (76)
ggbio (2075)
ggcyto (1037)
GGPA (44)
GGtools (70)
ggtree (4310)
ggtreeExtra (143)
GIGSEA (47)
girafe (126)
GISPA (59)
GLAD (287)
GladiaTOX (46)
Glimma (1257)
glmGamPoi (408)
glmSparseNet (71)
GlobalAncova (430)
globalSeq (54)
globaltest (1092)
gmapR (85)
GmicR (51)
gmoviz (43)
GMRP (53)
GNET2 (54)
goCluster (0)
GOexpress (113)
GOfuncR (133)
GOFunction (21)
GoogleGenomics (2)
GOpro (56)
goProfiles (96)
goprofiles (0)
GOSemSim (8829)
gosemsim (0)
goseq (1252)
GOSim (140)
goSTAG (61)
GOstats (2590)
gostats (0)
GOsummaries (86)
GOTHiC (61)
goTools (65)
gotools (0)
GPA (46)
gpart (61)
gpls (90)
gprege (65)
gpuMagic (47)
gQTLBase (70)
gQTLstats (62)
gramm4R (35)
granulator (11)
graper (50)
graph (16489)
GraphAlignment (60)
GraphAT (53)
graphite (1638)
GraphPAC (53)
GRENITS (58)
GreyListChIP (472)
GRmetrics (112)
groHMM (77)
GRridge (64)
GSALightning (57)
GSAR (143)
GSCA (54)
gscreend (49)
GSEABase (5942)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (59)
GSEAlm (86)
GSEAmining (39)
gsean (52)
GSgalgoR (37)
GSReg (54)
GSRI (51)
GSVA (2698)
gtrellis (124)
GUIDEseq (62)
Guitar (105)
Gviz (3010)
GWAS.BAYES (31)
gwascat (405)
GWASTools (446)
gwasurvivr (76)
GWENA (59)

H

h5vc (66)
hapFabia (53)
Harman (178)
Harshlight (48)
harshlight (0)
hca (13)
HCABrowser (37)
HCAExplorer (35)
HCAMatrixBrowser (34)
HCsnip (2)
HDF5Array (7996)
HDTD (54)
heatmaps (253)
Heatplus (481)
HelloRanges (92)
HELP (57)
HEM (50)
Herper (66)
hexbin (0)
HGC (10)
hiAnnotator (69)
HIBAG (98)
HiCBricks (53)
hicbricks (0)
HiCcompare (130)
HiCDCPlus (18)
hicrep (28)
hierGWAS (57)
hierinf (47)
HilbertCurve (77)
HilbertVis (174)
HilbertVisGUI (36)
HiLDA (48)
hipathia (67)
HIPPO (47)
hiReadsProcessor (55)
HIREewas (47)
HiTC (138)
hmdbQuery (68)
HMMcopy (213)
hopach (198)
HPAanalyze (75)
hpar (247)
HPAStainR (36)
HTqPCR (229)
HTSanalyzeR (18)
HTSeqGenie (39)
htSeqTools (6)
htseqtools (0)
HTSFilter (189)
HubPub (9)
HumanTranscriptomeCompendium (49)
hummingbird (35)
HybridMTest (75)
hypeR (87)
hyperdraw (77)
hypergraph (103)

I

iASeq (50)
iasva (53)
iBBiG (88)
ibh (47)
iBMQ (37)
iCARE (86)
Icens (287)
icetea (48)
iCheck (48)
iChip (49)
iClusterPlus (244)
iCNV (56)
iCOBRA (115)
ideal (87)
ideogram (0)
IdeoViz (81)
idiogram (50)
IdMappingAnalysis (4)
IdMappingRetrieval (4)
idpr (39)
idr2d (53)
iFlow (0)
iGC (50)
IgGeneUsage (40)
igvR (88)
IHW (701)
illuminaio (2292)
ILoReg (38)
imageHTS (57)
IMAS (48)
Imetagene (35)
IMMAN (48)
ImmuneSpaceR (57)
immunoClust (55)
immunotation (9)
IMPCdata (47)
ImpulseDE (13)
ImpulseDE2 (43)
impute (7445)
INDEED (45)
infercnv (445)
infinityFlow (44)
Informeasure (36)
InPAS (56)
INPower (52)
inSilicoDb (5)
inSilicoMerging (2)
insilicomerging (0)
INSPEcT (61)
InTAD (50)
intansv (67)
interacCircos (12)
InteractionSet (556)
InteractiveComplexHeatmap (38)
interactiveDisplay (76)
interactiveDisplayBase (5745)
InterCellar (14)
IntEREst (59)
InterMineR (72)
IntramiRExploreR (40)
inveRsion (50)
inversion (0)
IONiseR (70)
iontree (1)
iPAC (56)
iPath (1)
ipdDb (49)
IPO (121)
IPPD (49)
IRanges (37684)
IRISFGM (13)
IrisSpatialFeatures (1)
ISAnalytics (33)
iSEE (326)
iSEEu (58)
iSeq (51)
iSNetwork (0)
isobar (125)
IsoCorrectoR (62)
IsoCorrectoRGUI (49)
IsoformSwitchAnalyzeR (216)
IsoGeneGUI (48)
ISoLDE (40)
isomiRs (69)
iSPlot (0)
ITALICS (49)
iterativeBMA (54)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (53)
iterClust (56)
iteremoval (48)
IVAS (54)
ivygapSE (49)
IWTomics (50)

J

JASPAR2018 (2)
jmosaics (1)
joda (10)
JunctionSeq (37)

K

karyoploteR (649)
KBoost (10)
KCsmart (51)
kebabs (112)
KEGGgraph (4117)
KEGGlincs (61)
keggorth (0)
keggorthology (67)
KEGGprofile (185)
KEGGREST (8832)
KEGGSOAP (0)
kimod (11)
KinSwingR (54)
kissDE (55)
kmknn (0)
KnowSeq (52)

L

LACE (43)
lapmix (48)
LBE (247)
ldblock (71)
LEA (322)
LedPred (48)
lefser (83)
les (54)
levi (47)
lfa (224)
limma (25542)
limmaGUI (79)
LINC (11)
LineagePulse (51)
LinkHD (43)
Linnorm (145)
lionessR (54)
lipidr (84)
LiquidAssociation (52)
lisaClust (11)
lmdme (61)
LMGene (17)
LOBSTAHS (49)
loci2path (46)
logicFS (93)
logitT (52)
Logolas (21)
lol (5)
LOLA (156)
LoomExperiment (269)
LowMACA (51)
LPE (61)
LPEadj (51)
lpNet (45)
lpsymphony (932)
LRBaseDbi (67)
LRcell (11)
lumi (1092)
LVSmiRNA (5)
LymphoSeq (68)

M

M3C (509)
M3D (17)
M3Drop (261)
m6Aboost (2)
maanova (67)
Maaslin2 (225)
macat (52)
maCorrPlot (58)
MACPET (49)
MACSQuantifyR (44)
MACSr (16)
maDB (0)
madb (0)
made4 (233)
MADSEQ (51)
maftools (1754)
MAGAR (13)
MAGeCKFlute (268)
maigesPack (57)
MAIT (71)
makecdfenv (119)
makePlatformDesign (0)
MANOR (52)
manta (4)
MantelCorr (49)
mAPKL (52)
maPredictDSC (51)
mapscape (56)
marr (31)
marray (1532)
martini (57)
maser (84)
maSigPro (272)
maskBAD (52)
MassArray (57)
massarray (0)
massiR (56)
MassSpecWavelet (1233)
MAST (1143)
matchBox (53)
matchprobes (0)
Matrix (0)
MatrixGenerics (19210)
MatrixQCvis (10)
MatrixRider (47)
matter (109)
MaxContrastProjection (11)
MBAmethyl (48)
MBASED (57)
MBCB (56)
mbkmeans (330)
mBPCR (52)
MBQN (46)
MBttest (49)
mcaGUI (34)
MCbiclust (53)
MCRestimate (6)
mCSEA (64)
mdgsa (66)
mdp (53)
mdqc (64)
MDTS (46)
MEAL (72)
MeasurementError.cor (50)
MEAT (50)
MEB (43)
MEDIPS (110)
MEDME (51)
megadepth (46)
MEIGOR (70)
Melissa (46)
memes (19)
MergeMaid (27)
mergemaid (0)
Mergeomics (64)
MeSHDbi (219)
meshes (130)
meshr (94)
MeSHSim (2)
MesKit (46)
messina (47)
metaArray (17)
metaarray (0)
Metab (54)
metabCombiner (31)
MetaboCoreUtils (18)
metabolomicsWorkbenchR (41)
metabomxtr (53)
MetaboSignal (69)
metaCCA (65)
MetaCyto (60)
metagene (64)
metagene2 (61)
metagenomeFeatures (56)
metagenomeSeq (732)
MetaGxOvarian (1)
metahdep (51)
metaMS (87)
MetaNeighbor (68)
metapod (428)
metaR (0)
metaSeq (69)
metaseqR (74)
metaseqR2 (52)
metavizr (52)
MetaVolcanoR (74)
metaX (3)
MetCirc (55)
MethCP (40)
methimpute (60)
methInheritSim (49)
MethPed (50)
MethReg (35)
methrix (55)
MethTargetedNGS (47)
methVisual (12)
methyAnalysis (91)
MethylAid (68)
methylCC (48)
methylGSA (89)
methylInheritance (47)
methylKit (495)
MethylMix (132)
methylMnM (53)
methylPipe (75)
methylscaper (11)
MethylSeekR (174)
methylSig (53)
methylumi (1289)
methyvim (34)
MetID (46)
MetNet (51)
mfa (66)
Mfuzz (375)
mfuzz (0)
MGFM (52)
MGFR (55)
mgsa (81)
mia (41)
miaViz (18)
MiChip (50)
microbiome (980)
microbiomeDASim (47)
microbiomeExplorer (47)
MicrobiotaProcess (122)
microRNA (134)
midasHLA (12)
MIGSA (55)
miloR (14)
mimager (51)
MIMOSA (52)
mina (16)
MineICA (66)
minet (490)
minfi (1776)
MinimumDistance (49)
MiPP (48)
miQC (13)
MIRA (58)
MiRaGE (56)
miRBaseConverter (115)
miRcomp (48)
mirIntegrator (50)
miRLAB (56)
miRmine (58)
miRNAmeConverter (72)
miRNApath (68)
miRNAtap (109)
miRSM (45)
miRsponge (2)
miRspongeR (56)
Mirsynergy (10)
mirTarRnaSeq (10)
missMethyl (833)
missRows (46)
mistyR (11)
mitch (64)
mitoClone2 (1)
mitoODE (11)
mixOmics (2053)
MLInterfaces (308)
mlm4omics (3)
MLP (78)
MLSeq (195)
MMAPPR2 (35)
MMDiff (1)
MMDiff2 (50)
mmgmos (0)
mmnet (1)
MmPalateMiRNA (11)
MMUPHin (55)
mnem (77)
moanin (18)
MODA (61)
ModCon (11)
Modstrings (74)
MOFA (118)
MOFA2 (122)
MOGAMUN (34)
mogsa (91)
MOMA (51)
monocle (1985)
MoonlightR (69)
MoPS (11)
mosaics (100)
MOSim (47)
motifbreakR (95)
motifcounter (57)
MotifDb (434)
motifmatchr (605)
motifRG (33)
motifStack (525)
MotIV (249)
MouseFM (27)
MPFE (45)
mpra (56)
MPRAnalyze (52)
MQmetrics (8)
mQTL.NMR (2)
msa (1049)
MsBackendMassbank (14)
MsBackendMgf (22)
msbase (0)
mscalib (0)
MsCoreUtils (1010)
MSEADbi (30)
MsFeatures (19)
msgbsR (49)
MSGFgui (61)
MSGFplus (159)
msImpute (37)
msmsEDA (189)
msmsTests (183)
MSnbase (2246)
MSnID (190)
MSPrep (36)
msPurity (70)
msQC (0)
msqrob2 (14)
MSstats (353)
MSstatsConvert (73)
MSstatsLOBD (9)
MSstatsPTM (38)
MSstatsQC (50)
MSstatsQCgui (43)
MSstatsSampleSize (43)
MSstatsTMT (106)
MSstatsTMTPTM (31)
mtbls2 (0)
MTseeker (3)
Mulcom (114)
MultiAssayExperiment (1302)
MultiBaC (40)
multiClust (79)
multicrispr (40)
MultiDataSet (586)
multiGSEA (56)
multiHiCcompare (63)
MultiMed (53)
multiMiR (182)
multiOmicsViz (64)
multiscan (47)
multiSight (8)
multtest (8748)
mumosa (22)
MungeSumstats (11)
muscat (124)
muscle (180)
musicatk (35)
MutationalPatterns (318)
MVCClass (51)
mvGST (2)
MWASTools (77)
mygene (348)
myvariant (76)
mzID (1958)
mzR (2223)

N

NADfinder (52)
NanoMethViz (35)
NanoStringDiff (90)
NanoStringNCTools (23)
NanoStringQCPro (82)
nanotatoR (50)
NanoTube (2)
NarrowPeaks (12)
NBAMSeq (46)
NBSplice (50)
ncdfFlow (1152)
ncGTW (46)
NCIgraph (59)
ncRNAtools (33)
ndexr (63)
neaGUI (1)
nearBynding (34)
Nebulosa (134)
NeighborNet (47)
nem (13)
nempi (15)
netbenchmark (18)
netbiov (79)
netboost (41)
netboxr (46)
NetCRG (0)
netDx (52)
nethet (51)
NetPathMiner (69)
netprioR (49)
netReg (27)
netresponse (65)
NetSAM (53)
netSmooth (62)
networkBMA (59)
NeuCA (1)
NewWave (34)
NGScopy (2)
ngsReports (70)
nnNorm (51)
NOISeq (652)
nondetects (143)
NoRCE (45)
normalize450K (48)
NormalyzerDE (83)
NormqPCR (239)
normr (136)
NPARC (53)
npGSEA (57)
NTW (46)
nucleoSim (52)
nucleR (65)
nucler (0)
nuCpos (46)
nudge (2)
NuPoP (58)

O

occugene (51)
OCplus (122)
odseq (55)
OGSA (10)
oligo (1689)
oligoClasses (1758)
OLIN (55)
OLINgui (49)
OmaDB (64)
omicade4 (86)
OmicCircos (267)
omiccircos (0)
omicplotR (54)
omicRexposome (48)
OmicsLonDA (47)
OmicsMarkeR (23)
omicsmarker (0)
OMICsPCA (57)
omicsPrint (52)
Omixer (39)
OmnipathR (135)
Onassis (47)
oncomix (54)
OncoScore (54)
OncoSimulR (68)
oneChannelGUI (3)
oneSENSE (50)
onlineFDR (56)
ontoCAT (2)
ontoProc (85)
ontoTools (0)
openCyto (975)
openPrimeR (108)
openPrimeRui (64)
OpenStats (46)
OperaMate (1)
oposSOM (66)
oppar (53)
oppti (40)
optimalFlow (41)
OPWeight (54)
OrderedList (87)
ORFhunteR (16)
ORFik (114)
Organism.dplyr (408)
OrganismDbi (2806)
OSAT (62)
OSCA (3)
OSCA.advanced (2)
OSCA.basic (2)
OSCA.intro (4)
OSCA.multisample (1)
OSCA.workflows (6)
Oscope (59)
OTUbase (47)
OutlierD (51)
OUTRIDER (116)
OVESEG (44)

P

PAA (63)
packFinder (43)
padma (35)
PADOG (207)
pageRank (32)
PAIRADISE (69)
paircompviz (57)
pairseqsim (0)
pamr (0)
PAN (0)
pandaR (65)
panelcn.mops (81)
PAnnBuilder (2)
panp (56)
PANR (51)
PanVizGenerator (55)
PAPi (8)
parglms (49)
parody (64)
PAST (55)
Path2PPI (65)
pathifier (212)
PathNet (54)
PathoStat (61)
pathprint (11)
pathRender (51)
pathVar (50)
pathview (4013)
pathwayPCA (80)
PathwaySplice (14)
PatientGeneSets (0)
paxtoolsr (84)
Pbase (5)
pbcmc (2)
pcaExplorer (400)
pcaGoPromoter (12)
pcaMethods (3837)
PCAN (55)
PCAtools (771)
pcot2 (96)
PCpheno (36)
pcxn (51)
PDATK (13)
pdInfoBuilder (103)
pdmclass (1)
PeacoQC (35)
peakPantheR (51)
PECA (64)
peco (47)
PepsNMR (73)
pepStat (53)
pepXMLTab (57)
PERFect (51)
periodicDNA (37)
perturbatr (48)
PFP (15)
PGA (34)
pga (0)
pgca (52)
PGSEA (79)
pgUtils (0)
phantasus (73)
PharmacoGx (168)
phemd (46)
phenoDist (2)
PhenoGeneRanker (11)
phenopath (76)
phenoTest (87)
PhenStat (62)
philr (129)
PhIPData (13)
phosphonormalizer (43)
PhosR (42)
PhyloProfile (53)
phyloseq (3740)
Pi (84)
piano (316)
pickgene (47)
PICS (118)
Pigengene (73)
PING (52)
pint (5)
pipeComp (40)
pipeFrame (91)
pkgDepTools (65)
planet (16)
plateCore (3)
plethy (48)
plgem (74)
plier (169)
PloGO2 (49)
plotGrouper (52)
PLPE (49)
plrs (11)
plw (10)
plyranges (483)
pmm (47)
pmp (84)
PoDCall (14)
podkat (57)
pogos (47)
polyester (126)
Polyfit (35)
POMA (46)
POST (35)
PoTRA (45)
PowerExplorer (9)
powerTCR (190)
POWSC (10)
ppcseq (10)
PPInfer (65)
ppiStats (53)
pqsfinder (73)
prada (112)
pram (48)
prebs (51)
preciseTAD (33)
PrecisionTrialDrawer (42)
PREDA (79)
predictionet (46)
preprocessCore (11669)
primirTSS (46)
PrInCE (46)
Prize (11)
proActiv (40)
proBAMr (50)
proBatch (66)
PROcess (100)
procoil (54)
ProCoNA (2)
proDA (107)
proFIA (48)
profileplyr (79)
profileScoreDist (48)
progeny (202)
projectR (61)
pRoloc (252)
pRolocGUI (80)
PROMISE (49)
PROPER (88)
PROPS (52)
Prostar (68)
prostar (0)
prot2D (3)
proteinProfiles (48)
ProteomicsAnnotationHubData (47)
ProteoMM (62)
proteoQC (7)
ProtGenerics (7850)
PSEA (54)
psichomics (79)
PSICQUIC (65)
psygenet2r (54)
ptairMS (10)
PubScore (45)
pulsedSilac (44)
puma (126)
PureCN (143)
pvac (52)
pvca (217)
Pviz (53)
PWMEnrich (95)
pwOmics (53)
pwrEWAS (60)
pxr (0)

Q

qckitfastq (62)
qcmetrics (63)
QDNAseq (232)
QFeatures (92)
qpcrNorm (57)
qpgraph (115)
qPLEXanalyzer (46)
qrqc (147)
qsea (58)
qsmooth (58)
QSutils (59)
qtbase (0)
Qtlizer (48)
qtpaint (0)
QUALIFIER (5)
quantiseqr (13)
quantro (114)
quantsmooth (471)
QuartPAC (43)
QuasR (344)
QuaternaryProd (74)
QUBIC (90)
qusage (305)
qvalue (10408)

R

R3CPET (49)
r3Cseq (121)
R453Plus1Toolbox (56)
R4RNA (61)
RadioGx (39)
RaggedExperiment (616)
rain (79)
rama (55)
RamiGO (4)
ramigo (0)
ramr (16)
ramwas (75)
RandomWalkRestartMH (65)
randPack (59)
randRotation (43)
RankProd (300)
RareVariantVis (54)
Rariant (38)
rawrr (22)
RbcBook1 (51)
Rbec (9)
RBGL (9380)
RBioinf (73)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (171)
RBM (53)
Rbowtie (381)
Rbowtie2 (212)
rbsurv (77)
Rcade (78)
RCAS (67)
RCASPAR (52)
rcellminer (61)
rCGH (85)
Rchemcpp (3)
RchyOptimyx (38)
RcisTarget (586)
RCM (58)
RConferoMapping (0)
Rcpi (134)
RCSL (11)
Rcwl (49)
RcwlPipelines (39)
RCy3 (618)
RCyjs (63)
RCytoscape (5)
RDAVIDWebService (253)
Rdbi (0)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (76)
Rdisop (288)
RDRToolbox (109)
ReactomeContentService4R (19)
ReactomeGraph4R (9)
ReactomeGSA (150)
ReactomePA (1395)
readat (20)
ReadqPCR (250)
reb (10)
REBET (45)
rebook (60)
receptLoss (42)
reconsi (43)
recount (451)
recount3 (67)
recountmethylation (35)
recoup (50)
RedeR (141)
REDseq (114)
RefNet (14)
RefPlus (56)
RegEnrich (40)
regioneR (1519)
regionReport (123)
regsplice (51)
regutools (44)
REMP (62)
Repitools (234)
ReportingTools (864)
reposTools (0)
RepViz (52)
ReQON (57)
ResidualMatrix (1078)
Resourcerer (0)
restfulSE (53)
rexposome (69)
rfaRm (46)
Rfastp (43)
rfcdmin (0)
rflowcyt (0)
rfPred (48)
rGADEM (492)
RGalaxy (58)
Rgin (52)
RGMQL (37)
RGraph2js (53)
Rgraphviz (9733)
rGREAT (250)
RGSEA (83)
rgsepd (50)
rhdf5 (13303)
rhdf5client (65)
rhdf5filters (8838)
Rhdf5lib (15426)
Rhisat2 (334)
Rhtslib (15413)
rHVDM (2)
RiboDiPA (17)
RiboProfiling (77)
ribor (46)
riboSeq (0)
riboSeqR (75)
ribosomeProfilingQC (50)
RImmPort (52)
Ringo (257)
Rintact (0)
RIPAT (36)
RIPSeeker (21)
Risa (60)
RITAN (61)
RIVER (51)
RJMCMCNucleosomes (50)
RLassoCox (18)
RLMM (54)
RMAGEML (0)
Rmagpie (52)
RMAPPER (0)
RMassBank (84)
rMAT (3)
rmelting (60)
RmiR (54)
rmir (0)
Rmmquant (45)
RNAAgeCalc (53)
RNAdecay (42)
rnaEditr (29)
RNAinteract (45)
RNAither (35)
rnaither (0)
RNAmodR (50)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (43)
RNAmodR.ML (41)
RNAmodR.RiboMethSeq (42)
RNAprobR (38)
RNAsense (43)
rnaseqcomp (54)
RnaSeqGeneEdgeRQL (1)
rnaSeqMap (37)
RNASeqPower (151)
RNASeqR (59)
RnaSeqSampleSize (72)
RnBeads (278)
Rnits (53)
roar (66)
ROC (1068)
ROCpAI (45)
Roleswitch (18)
Rolexa (1)
rols (284)
roma (0)
ROntoTools (95)
ropls (541)
ROSeq (44)
ROTS (135)
RPA (58)
RProtoBufLib (1528)
RpsiXML (66)
rpx (251)
Rqc (189)
rqt (49)
rqubic (69)
rRDP (50)
Rredland (0)
RRHO (93)
rrvgo (115)
Rsamtools (16433)
rsbml (89)
rScudo (48)
rsemmed (36)
RSeqAn (64)
rSFFreader (2)
RSNPper (0)
Rsubread (1784)
RSVSim (58)
rSWeeP (44)
rTANDEM (43)
RTCA (53)
RTCGA (552)
RTCGAToolbox (420)
RTN (114)
RTNduals (64)
RTNsurvival (59)
RTools4TB (0)
RTopper (50)
Rtpca (38)
rtracklayer (16534)
Rtreemix (53)
rTRM (64)
rTRMui (48)
runibic (65)
Ruuid (0)
RUVcorr (57)
RUVnormalize (68)
RUVSeq (819)
RVS (47)
RWebServices (1)
rWikiPathways (251)

S

S4Vectors (38784)
safe (400)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (47)
SAGx (132)
SAIGEgds (68)
samExploreR (30)
sampleClassifier (34)
SamSPECTRAL (103)
sangeranalyseR (94)
sangerseqR (277)
SANTA (21)
sapFinder (26)
saps (1)
sarks (45)
satuRn (15)
savR (77)
SBGNview (52)
sbgr (1)
SBMLR (53)
SC3 (415)
Scale4C (48)
ScaledMatrix (1025)
scAlign (48)
SCAN.UPC (114)
scanMiR (2)
SCANVIS (52)
SCArray (16)
SCATE (34)
scater (4329)
scBFA (44)
SCBN (58)
scCB2 (40)
scClassifR (17)
scClassify (50)
scDataviz (46)
scDblFinder (238)
scDD (124)
scde (324)
scds (165)
SCFA (37)
scFeatureFilter (47)
scfind (14)
scGPS (43)
schex (120)
scHOT (52)
ScISI (58)
scMAGeCK (53)
scmap (166)
scMerge (134)
scmeth (54)
SCnorm (137)
scone (132)
Sconify (49)
SCOPE (47)
scoreInvHap (48)
scp (41)
scPCA (75)
scPipe (85)
scran (2927)
scRecover (56)
scRepertoire (101)
scruff (61)
scry (73)
scShapes (1)
scsR (10)
scTensor (63)
scTGIF (42)
scTHI (45)
scuttle (3531)
SDAMS (52)
sechm (9)
segmenter (2)
segmentSeq (114)
selectKSigs (44)
SELEX (53)
SemDist (47)
semisup (50)
SemSim (0)
SEPA (2)
SEPIRA (50)
seq2pathway (56)
SeqArray (585)
seqbias (57)
seqCAT (55)
seqCNA (67)
seqcombo (55)
SeqGate (38)
SeqGSEA (128)
seqLogo (1539)
Seqnames (0)
seqPattern (422)
seqplots (91)
seqsetvis (57)
SeqSQC (51)
seqTools (115)
SeqVarTools (397)
sesame (309)
SEtools (52)
sevenbridges (80)
sevenC (52)
SGSeq (420)
SharedObject (65)
shinyepico (18)
shinyMethyl (98)
shinyTANDEM (31)
ShortRead (5013)
shortread (0)
SIAMCAT (93)
SICtools (43)
sidap (0)
sigaR (22)
SigCheck (50)
sigFeature (100)
SigFuge (48)
siggenes (2106)
sights (55)
signatureSearch (88)
signeR (79)
signet (11)
sigPathway (145)
SigsPack (47)
sigsquared (46)
SIM (49)
SIMAT (54)
SimBindProfiles (50)
SIMD (44)
SimFFPE (45)
similaRpeak (54)
SIMLR (209)
simpleaffy (491)
simpleSingleCell (1)
simplifyEnrichment (101)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (40)
sincell (60)
SingleCellExperiment (7128)
SingleCellSignalR (132)
singleCellTK (97)
SingleMoleculeFootprinting (9)
SingleR (1591)
SingleRBook (1)
singscore (472)
SISPA (51)
sitadela (12)
sitePath (41)
sizepower (57)
SJava (1)
skewr (46)
slalom (53)
SLGI (52)
slingshot (787)
slinky (56)
SLqPCR (63)
SMAD (47)
SMAP (49)
SMITE (55)
SNAData (0)
SNAGEE (47)
snapCGH (57)
snapcount (44)
snifter (55)
snm (142)
snpAssoc (0)
SNPchip (49)
SNPediaR (50)
SNPhood (50)
snpMatrix (0)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (1144)
snpStats (1342)
soGGi (138)
sojourner (37)
SomatiCA (1)
SomaticSignatures (170)
SOMNiBUS (14)
SpacePAC (51)
spade (1)
Spaniel (59)
sparseDOSSA (51)
sparseMatrixStats (5226)
sparsenetgls (41)
SparseSignatures (51)
SpatialCPie (57)
SpatialDecon (38)
SpatialExperiment (169)
spatialHeatmap (30)
spatzie (1)
specL (55)
SpeCond (111)
Spectra (118)
SpectralTAD (60)
SPEM (73)
SPIA (477)
spicyR (40)
SpidermiR (72)
spikeLI (46)
spiky (3)
spkTools (52)
splatter (373)
splicegear (4)
spliceR (5)
spliceSites (3)
SplicingFactory (16)
SplicingGraphs (111)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (77)
SPLINTER (51)
splots (126)
SPONGE (55)
spotSegmentation (10)
spqn (47)
SPsimSeq (39)
SQLDataFrame (45)
SQUADD (44)
sRACIPE (49)
SRAdb (408)
sRAP (10)
SRGnet (40)
srnadiff (37)
sscore (52)
sscu (49)
sSeq (202)
ssize (76)
SSPA (397)
ssPATHS (45)
ssrch (47)
ssviz (53)
stageR (152)
stam (0)
STAN (55)
staRank (47)
StarBioTrek (56)
Starr (11)
STATegRa (58)
statTarget (106)
stepNorm (49)
stepwiseCM (1)
strandCheckR (45)
Streamer (51)
STRINGdb (652)
STROMA4 (52)
struct (89)
Structstrings (61)
structToolbox (68)
StructuralVariantAnnotation (134)
SubCellBarCode (45)
subSeq (68)
SummarizedBenchmark (53)
SummarizedExperiment (27909)
Summix (12)
supersigs (9)
supraHex (269)
survcomp (703)
survtype (49)
Sushi (265)
sva (5137)
svaNUMT (1)
SVAPLSseq (10)
SVM2CRM (2)
SWATH2stats (65)
SwathXtend (57)
swfdr (52)
SwimR (41)
switchBox (87)
switchde (61)
synapter (103)
synergyfinder (153)
SynExtend (41)
synlet (45)
SynMut (45)
systemPipeR (1181)
systemPipeRdata (0)
systemPipeShiny (35)
systemPipeTools (9)

T

TADCompare (46)
TAPseq (52)
target (48)
TargetScore (55)
TargetSearch (61)
targetsearch (0)
TarSeqQC (57)
TBSignatureProfiler (42)
TCC (299)
TCGAbiolinks (2382)
TCGAbiolinksGUI (120)
TCGAutils (590)
TCseq (123)
TDARACNE (51)
tdaracne (0)
tenXplore (48)
TEQC (71)
ternarynet (48)
TFARM (46)
TFBSTools (928)
TFEA.ChIP (69)
TFHAZ (46)
TFutils (45)
tidybulk (129)
tidySingleCellExperiment (55)
tidySummarizedExperiment (73)
tiger (0)
tigre (54)
TileDBArray (39)
tilingArray (80)
timecourse (66)
timeOmics (53)
TimerQuant (0)
timescape (79)
TimeSeriesExperiment (59)
TimiRGeN (33)
TIN (50)
TissueEnrich (97)
TitanCNA (89)
tkWidgets (535)
tLOH (9)
TMixClust (71)
TNBC.CMS (46)
TnT (55)
TOAST (66)
tofsims (59)
tomoda (35)
ToPASeq (47)
topconfects (92)
topdownr (48)
topGO (2850)
topicmodels (0)
ToxicoGx (37)
TPP (87)
TPP2D (49)
tracktables (86)
trackViewer (274)
tradeSeq (267)
TrajectoryGeometry (11)
TrajectoryUtils (146)
transcriptogramer (48)
transcriptR (54)
transite (53)
tRanslatome (47)
transomics2cytoscape (35)
TransView (50)
TraRe (14)
traseR (50)
Travel (10)
TreeAndLeaf (49)
treeio (3993)
treekoR (9)
TreeSummarizedExperiment (178)
TReNA (1)
trena (44)
Trendy (60)
tricycle (13)
triform (8)
trigger (51)
trio (91)
triplex (51)
tRNA (64)
tRNAdbImport (50)
tRNAscanImport (51)
TRONCO (73)
TSCAN (211)
tscR (49)
tspair (54)
TSRchitect (55)
TSSi (2)
ttgsea (16)
TTMap (47)
TurboNorm (49)
TVTB (59)
tweeDEseq (91)
twilight (94)
twoddpcr (54)
tximeta (996)
tximport (2633)
TxRegInfra (34)
TypeInfo (47)

U

Ularcirc (48)
UMI4Cats (38)
uncoverappLib (32)
UNDO (55)
unifiedWMWqPCR (52)
UniProt.ws (266)
Uniquorn (45)
universalmotif (220)
uSORT (48)

V

VAExprs (1)
VanillaICE (65)
VarCon (15)
variancePartition (350)
VariantAnnotation (6261)
VariantExperiment (43)
VariantFiltering (61)
VariantTools (100)
vasp (34)
VaSP (20)
vbmp (66)
VCFArray (45)
Vega (11)
VegaMC (47)
velociraptor (69)
VennDetail (107)
VERSO (33)
vidger (103)
viper (408)
virtualArray (0)
ViSEAGO (166)
vissE (14)
VplotR (38)
vsn (3983)
vtpnet (44)
vulcan (48)

W

waddR (51)
wateRmelon (727)
wavClusteR (58)
waveTiling (4)
weaver (60)
webbioc (57)
weitrix (44)
widgetInvoke (0)
widgetTools (543)
wiggleplotr (96)
wpm (44)
wppi (12)
Wrench (678)

X

XBSeq (45)
XCIR (43)
xcms (1289)
XDE (51)
Xeva (55)
XINA (46)
xmapbridge (47)
xmapcore (0)
XNAString (10)
xps (43)
XVector (31699)
xvector (0)

Y

y2hStat (0)
yamss (52)
YAPSA (88)
yaqcaffy (50)
yarn (66)

Z

zellkonverter (181)
zFPKM (113)
zinbwave (620)
zlibbioc (33100)