See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2018-11-13 07:32:34 -0500 (Tue, 13 Nov 2018).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (31506)
2BiocGenerics (25919)
3IRanges (23107)
4S4Vectors (22271)
5Biobase (21995)
6AnnotationDbi (19080)
7zlibbioc (18140)
8GenomicRanges (17504)
9limma (16678)
10XVector (16091)
11BiocParallel (14766)
12GenomeInfoDb (14738)
13Biostrings (14152)
14SummarizedExperiment (14014)
15DelayedArray (12765)
16annotate (11862)
17biomaRt (10811)
18Rsamtools (10734)
19GenomicAlignments (10675)
20genefilter (10599)
21rtracklayer (10571)
22graph (9784)
23edgeR (9506)
24GenomicFeatures (9115)
25preprocessCore (8216)
26DESeq2 (8136)
27geneplotter (7920)
28affy (6324)
29affyio (6057)
30rhdf5 (5926)
31BSgenome (5861)
32RBGL (5640)
33multtest (5573)
34Rgraphviz (5526)
35impute (5095)
36VariantAnnotation (5004)
37qvalue (4918)
38GEOquery (4580)
39ShortRead (4221)
40ProtGenerics (4053)
41ensembldb (3991)
42AnnotationHub (3783)
43sva (3439)
44biovizBase (3420)
45GSEABase (3401)
46DESeq (3378)
47interactiveDisplayBase (3372)
48AnnotationFilter (3235)
49Rhdf5lib (3216)
50GOSemSim (3155)
51fgsea (3111)
52DOSE (3046)
53KEGGREST (3031)
54clusterProfiler (2932)
55vsn (2858)
56Gviz (2703)
57ComplexHeatmap (2681)
58pcaMethods (2427)
59AnnotationForge (2416)
60phyloseq (2404)
61Category (2401)
62tximport (2331)
63topGO (2308)
64GOstats (2187)
65EBImage (2135)
66OrganismDbi (2132)
67pathview (2101)
68DNAcopy (2084)
69KEGGgraph (2081)
70BiocStyle (2046)
71biomformat (2010)
72HDF5Array (1978)
73aroma.light (1972)
74illuminaio (1914)
75ggbio (1872)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (118)
a4Base (138)
a4Classif (113)
a4Core (160)
a4Preproc (157)
a4Reporting (115)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (104)
ABarray (112)
abseqR (1)
ABSSeq (114)
acde (102)
ACE (3)
aCGH (176)
ACME (122)
ADaCGH2 (97)
adaptest (33)
adSplit (100)
AffiXcan (1)
affxparser (1538)
affy (6324)
affycomp (162)
AffyCompatible (107)
affyContam (100)
affycoretools (457)
affydata (0)
AffyExpress (104)
affyILM (95)
affyio (6057)
affylmGUI (160)
affyPara (104)
affypdnn (127)
affyPLM (1228)
affyqcreport (0)
affyQCReport (304)
AffyRNADegradation (97)
AffyTiling (11)
AGDEX (94)
Agi4x44PreProcess (6)
agilp (163)
AgiMicroRna (136)
agimicrorna (0)
AIMS (241)
ALDEx2 (192)
AllelicImbalance (105)
alpine (100)
alsace (100)
altcdfenvs (107)
AMOUNTAIN (88)
amplican (81)
ampliQueso (88)
AnalysisPageServer (86)
anamiR (94)
Anaquin (88)
AneuFinder (108)
ANF (73)
annaffy (499)
AnnBuilder (0)
annmap (82)
annotate (11862)
AnnotationDbi (19080)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (3235)
AnnotationForge (2416)
AnnotationFuncs (132)
AnnotationHub (3783)
AnnotationHubData (128)
annotationTools (143)
annotatr (198)
anota (102)
anota2seq (78)
antiProfiles (92)
apcluster (0)
apComplex (109)
apcomplex (0)
apeglm (580)
applera (0)
appreci8R (3)
aroma.light (1972)
ArrayExpress (438)
ArrayExpressHTS (58)
arrayMagic (0)
arraymvout (0)
arrayMvout (89)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (125)
arrayQualityMetrics (453)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (143)
ArrayTV (98)
ARRmNormalization (92)
artMS (0)
ASAFE (77)
ASEB (92)
ASGSCA (93)
ASICS (33)
asmn (1)
ASpli (117)
AssessORF (1)
ASSET (102)
ASSIGN (91)
ATACseqQC (210)
AtlasRDF (40)
attract (89)
AUCell (206)

B

BaalChIP (84)
BAC (90)
bacon (101)
BADER (92)
BadRegionFinder (84)
BAGS (87)
ballgown (852)
bamsignals (183)
banocc (75)
basecallQC (84)
BaseSpaceR (116)
Basic4Cseq (100)
BASiCS (122)
BasicSTARRseq (85)
BatchQC (143)
BayesKnockdown (76)
BayesPeak (137)
bayNorm (1)
baySeq (499)
BBCAnalyzer (84)
BCRANK (111)
bcSeq (39)
BDMMAcorrect (0)
beachmat (1150)
beadarray (627)
beadarraySNP (107)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (602)
BeadExplorer (0)
BEARscc (33)
BEAT (87)
BEclear (90)
betr (18)
bgafun (87)
BgeeDB (123)
BGmix (51)
bgx (86)
BHC (150)
BicARE (140)
BiFET (33)
BiGGR (101)
BigMatrix (0)
bigmelon (85)
bigmemoryExtras (79)
bim (0)
bioassayR (111)
biobase (0)
Biobase (21995)
biobroom (201)
bioCancer (93)
BiocCaseStudies (94)
BiocCheck (394)
biocDatasets (1)
BiocFileCache (403)
BiocGenerics (25919)
biocGraph (233)
biocinstaller (0)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (31506)
biocLite (0)
BiocNeighbors (23)
BiocOncoTK (35)
Bioconductor (0)
BioCor (86)
BiocParallel (14766)
BiocPkgTools (3)
BiocSklearn (69)
BiocStyle (2046)
BiocVersion (652)
biocViews (1239)
BiocWorkflowTools (104)
bioDist (267)
biomaRt (10811)
BioMedR (50)
biomformat (2010)
BioMVCClass (86)
biomvRCNS (85)
BioNet (303)
bionet (0)
BioNetStat (33)
BioQC (93)
BioSeqClass (104)
biosigner (96)
biostrings (0)
Biostrings (14152)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (89)
biotmle (84)
biovizBase (3420)
BiRewire (124)
birta (94)
birte (85)
BiSeq (171)
BitSeq (177)
blima (89)
BLMA (83)
bnbc (71)
BPRMeth (82)
BRAIN (180)
brainImageR (4)
BrainStars (88)
branchpointer (75)
breakpointR (2)
bridge (89)
BridgeDbR (107)
BrowserViz (93)
BrowserVizDemo (54)
BSgenome (5861)
bsseq (756)
BubbleTree (93)
BufferedMatrix (98)
BufferedMatrixMethods (93)
BUMHMM (75)
bumphunter (1678)
BUS (85)
BUScorrect (3)
BuxcoR (0)

C

CAFE (84)
CAGEfightR (33)
CAGEr (128)
CALIB (99)
CAMERA (431)
CAMTHC (7)
canceR (92)
cancerclass (92)
CancerInSilico (79)
CancerMutationAnalysis (97)
CancerSubtypes (139)
CAnD (82)
caOmicsV (83)
Cardinal (133)
casper (88)
CATALYST (112)
Category (2401)
categoryCompare (87)
CausalR (94)
cbaf (68)
ccfindR (29)
ccmap (98)
CCPROMISE (79)
ccrepe (101)
celaref (3)
cellbaseR (77)
cellGrowth (92)
cellHTS (10)
cellHTS2 (219)
cellity (94)
CellMapper (76)
CellNOptR (133)
cellscape (90)
CellScore (30)
CellTrails (6)
cellTree (114)
CEMiTool (126)
CexoR (85)
CFAssay (90)
CGEN (104)
CGHbase (219)
CGHcall (198)
cghMCR (133)
CGHnormaliter (86)
CGHregions (102)
ChAMP (424)
CHARGE (31)
charm (101)
ChemmineOB (198)
ChemmineR (429)
chemminer (0)
ChIC (24)
Chicago (103)
chimera (118)
chimeraviz (120)
ChIPanalyser (68)
ChIPComp (96)
chipenrich (115)
ChIPexoQual (80)
ChIPpeakAnno (791)
ChIPQC (221)
ChIPseeker (888)
chipseq (415)
ChIPseqR (138)
ChIPSeqSpike (37)
ChIPsim (132)
ChIPXpress (71)
chopsticks (224)
chroGPS (87)
chromDraw (91)
ChromHeatMap (100)
ChromoViz (0)
chromPlot (114)
chromstaR (93)
chromswitch (70)
chromVAR (107)
CHRONOS (87)
cicero (2)
CINdex (75)
cisPath (92)
ClassifyR (103)
cleanUpdTSeq (91)
cleaver (197)
clippda (95)
clipper (137)
Clomial (87)
Clonality (91)
clonotypeR (90)
clst (93)
clstutils (86)
clustComp (85)
clusterExperiment (239)
ClusterJudge (65)
clusterProfiler (2932)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (78)
ClusterSignificance (90)
clusterStab (135)
CMA (148)
cn.farms (92)
cn.mops (203)
CNAnorm (104)
cnanorm (0)
CNEr (398)
CNORdt (92)
CNORfeeder (89)
CNORfuzzy (89)
CNORode (111)
CNPBayes (82)
CNTools (240)
cnvGSA (87)
CNVPanelizer (101)
CNVrd2 (92)
CNVtools (105)
cnvtools (0)
cobindR (86)
CoCiteStats (93)
COCOA (1)
codelink (104)
CODEX (141)
coexnet (78)
CoGAPS (102)
cogena (125)
coGPS (85)
COHCAP (104)
coMET (117)
compartmap (0)
COMPASS (106)
compcodeR (103)
compEpiTools (104)
CompGO (102)
ComplexHeatmap (2681)
condcomp (4)
CONFESS (76)
consensus (3)
ConsensusClusterPlus (1567)
consensusDE (1)
consensusOV (76)
consensusSeekeR (84)
contiBAIT (76)
conumee (117)
convert (197)
copa (92)
COPDSexualDimorphism (1)
copynumber (246)
CopyNumber450k (6)
CopywriteR (122)
coRdon (3)
CoRegNet (106)
Cormotif (86)
CorMut (89)
coRNAi (34)
CORREP (87)
coseq (92)
cosmiq (94)
cosmo (4)
cosmoGUI (1)
COSNet (86)
CountClust (110)
countsimQC (2)
covEB (74)
CoverageView (109)
covRNA (76)
cpvSNP (86)
cqn (191)
CRImage (116)
CRISPRseek (130)
crisprseekplus (82)
CrispRVariants (111)
crlmm (190)
crossmeta (97)
CSAR (137)
csaw (247)
CSSP (87)
ctc (332)
CTDquerier (31)
cTRAP (1)
ctsGE (92)
cummeRbund (944)
cummerbund (0)
customProDB (129)
CVE (84)
cycle (93)
cydar (93)
CytoDx (30)
cytofkit (334)
cytolib (371)
CytoML (104)

D

dada2 (877)
dagLogo (83)
daMA (86)
DaMiRseq (88)
DAPAR (127)
DART (95)
DASC (34)
DASiR (5)
DAVIDQuery (6)
DBChIP (126)
dcGSA (75)
DChIPRep (86)
ddCt (147)
ddgraph (50)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (33)
debrowser (132)
DECIPHER (608)
DEComplexDisease (33)
DeconRNASeq (126)
decontam (39)
DEDS (119)
DeepBlueR (96)
deepSNV (121)
DEFormats (208)
DEGraph (87)
DEGreport (176)
DEGseq (307)
DelayedArray (12765)
DelayedMatrixStats (1003)
deltaGseg (81)
DeMAND (91)
DEP (131)
DEqMS (4)
derfinder (333)
derfinderHelper (301)
derfinderPlot (127)
DEScan2 (29)
deseq (0)
DESeq (3378)
DESeq2 (8136)
DEsingle (42)
destiny (783)
DEsubs (91)
DEXSeq (667)
dexus (91)
DFP (87)
DiffBind (602)
diffcoexp (33)
diffcyt (44)
diffgeneanalysis (0)
diffGeneAnalysis (82)
diffHic (117)
DiffLogo (88)
diffloop (110)
diffuStats (75)
diggit (87)
Director (80)
DirichletMultinomial (423)
discordant (80)
dks (81)
DMCHMM (70)
DMRcaller (102)
DMRcate (490)
DMRforPairs (88)
DMRScan (75)
dmrseq (52)
DNABarcodes (119)
DNAcopy (2084)
DNaseR (1)
DNAshapeR (105)
domainsignatures (77)
DominoEffect (33)
doppelgangR (78)
DOQTL (110)
Doscheda (65)
DOSE (3046)
drawProteins (51)
DRIMSeq (149)
DriverNet (101)
DropletUtils (182)
DrugVsDisease (83)
dSimer (76)
DSS (564)
DTA (83)
dualKS (84)
DupChecker (81)
dupRadar (900)
dyebias (89)
DynDoc (607)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (144)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (175)
EBarrays (160)
EBcoexpress (92)
EBImage (2135)
EBSEA (76)
EBSeq (521)
EBSeqHMM (108)
ecolitk (89)
EDASeq (1727)
edd (1)
EDDA (90)
edge (143)
edger (0)
edgeR (9506)
eegc (77)
EGAD (90)
EGSEA (194)
eiR (67)
eisa (107)
ELBOW (83)
ELMER (294)
EMDomics (83)
EmpiricalBrownsMethod (103)
ENCODExplorer (107)
EnhancedVolcano (6)
ENmix (123)
EnrichedHeatmap (162)
EnrichmentBrowser (271)
enrichplot (1113)
ensembldb (3991)
ensemblVEP (142)
ENVISIONQuery (80)
EpiCluster (0)
EpiDISH (86)
epigenomix (96)
epiNEM (71)
epivizr (116)
epivizrChart (65)
epivizrData (113)
epivizrServer (109)
epivizrStandalone (89)
erccdashboard (113)
erma (228)
ERSSA (2)
esATAC (166)
esetVis (90)
eudysbiome (74)
EventPointer (83)
EWCE (13)
ExCluster (1)
ExiMiR (90)
exomeCopy (256)
exomecopy (0)
exomePeak (125)
exonfindR (0)
exonmap (1)
ExperimentHub (313)
ExperimentHubData (84)
explorase (71)
ExpressionAtlas (98)
ExpressionView (83)
exprExternal (0)
externalVector (1)

F

fabia (171)
facopy (78)
factDesign (93)
FamAgg (92)
farms (104)
fastLiquidAssociation (82)
FastqCleaner (6)
fastseg (365)
fbat (0)
FCBF (1)
fCCAC (75)
fCI (81)
fdrame (86)
FELLA (31)
FEM (350)
ffpe (97)
FGNet (150)
fgsea (3111)
FindMyFriends (111)
FISHalyseR (84)
FitHiC (102)
flagme (89)
flipflop (98)
flowAI (144)
flowBeads (82)
flowBin (82)
flowcatchR (83)
flowCHIC (83)
flowCL (135)
flowClean (130)
flowClust (304)
flowCore (1357)
flowCyBar (85)
flowDensity (148)
flowFit (83)
flowFlowJo (3)
flowFP (110)
flowMap (87)
flowMatch (85)
flowMeans (194)
flowMerge (124)
flowPeaks (135)
flowPhyto (3)
flowPloidy (86)
flowPlots (84)
flowq (0)
flowQ (97)
flowQB (85)
FlowRepositoryR (91)
FlowSOM (457)
flowStats (315)
flowTime (69)
flowTrans (105)
flowType (107)
flowUtils (487)
flowViz (612)
flowVS (85)
flowworkspace (0)
flowWorkspace (553)
fmcsR (174)
focalCall (83)
FoldGO (2)
FourCSeq (103)
FRGEpistasis (89)
frma (223)
frmaTools (101)
FunChIP (73)
FunciSNP (95)
funtooNorm (68)

G

GA4GHclient (76)
GA4GHshiny (74)
gaga (92)
gage (886)
gaggle (84)
gaia (185)
GAprediction (70)
garfield (74)
GARS (29)
GateFinder (32)
gaucho (73)
gcapc (79)
gcatest (79)
gCMAP (69)
gCMAPWeb (50)
gCrisprTools (79)
gcrma (1665)
GDCRNATools (101)
GDSArray (29)
gdsfmt (898)
geecc (77)
GEM (79)
genArise (91)
genbankr (149)
GENE.E (18)
gene2pathway (2)
GeneAccord (3)
GeneAnswers (146)
geneAttribution (74)
GeneBreak (80)
geneClassifiers (69)
GeneExpressionSignature (94)
genefilter (10599)
genefu (258)
GeneGA (71)
GeneGeneInteR (83)
GeneGroupAnalysis (1)
GeneMeta (117)
GeneNetworkBuilder (96)
GeneOverlap (169)
geneplast (77)
geneplotter (7920)
GeneR (1)
geneRecommender (87)
GeneRegionScan (83)
GeneRfold (1)
geneRxCluster (77)
GeneSelectMMD (90)
GeneSelector (118)
GENESIS (159)
GeneSpring (1)
GeneStructureTools (29)
geNetClassifier (118)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (106)
GeneticsPed (143)
GeneTraffic (0)
GeneTS (0)
geneXtendeR (76)
GENIE3 (236)
genoCN (86)
GenoGAM (84)
genomation (319)
GenomeBase (0)
GenomeGraphs (234)
GenomeInfoDb (14738)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (270)
genomeintervals (0)
genomes (102)
GenomicAlignments (10675)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (304)
GenomicFeatures (9115)
GenomicFiles (656)
GenomicInteractions (149)
GenomicRanges (17504)
GenomicScores (248)
GenomicTuples (84)
Genominator (97)
genoset (203)
genotypeeval (81)
GenoView (5)
genphen (70)
GenRank (80)
GenVisR (288)
GEOmetadb (250)
GEOquery (4580)
GEOsearch (42)
GEOsubmission (86)
gep2pep (33)
gespeR (100)
GEWIST (76)
gff3Plotter (0)
GGBase (138)
ggbio (1872)
ggcyto (326)
GGtools (130)
ggtree (1376)
GIGSEA (4)
girafe (134)
GISPA (71)
GLAD (205)
Glimma (669)
glmSparseNet (1)
GlobalAncova (241)
globalSeq (79)
globaltest (694)
gmapR (89)
GMRP (64)
goCluster (0)
GOexpress (151)
GOfuncR (41)
GOFunction (101)
GoogleGenomics (89)
GOpro (84)
goProfiles (138)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (3155)
goseq (983)
GOSim (134)
goSTAG (75)
gostats (0)
GOstats (2187)
GOsummaries (143)
GOTHiC (108)
goTools (120)
gotools (0)
gpart (1)
gpls (162)
gprege (80)
gQTLBase (215)
gQTLstats (217)
graph (9784)
GraphAlignment (89)
GraphAT (85)
graphite (961)
GraphPAC (89)
GRENITS (84)
GreyListChIP (87)
GRmetrics (117)
groHMM (101)
GRridge (74)
GSALightning (73)
GSAR (149)
GSCA (81)
GSEABase (3401)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (54)
GSEAlm (141)
gsean (31)
GSReg (82)
GSRI (83)
GSVA (646)
gtrellis (137)
GUIDEseq (89)
Guitar (98)
Gviz (2703)
gwascat (211)
GWASTools (326)
gwasurvivr (7)

H

h5vc (90)
hapFabia (89)
Harman (95)
Harshlight (84)
harshlight (0)
HCsnip (50)
HDF5Array (1978)
HDTD (79)
heatmaps (149)
Heatplus (614)
HelloRanges (100)
HELP (85)
HEM (85)
hexbin (2)
hiAnnotator (97)
HIBAG (106)
HiCBricks (1)
HiCcompare (85)
hicrep (88)
hierGWAS (82)
hierinf (2)
HilbertCurve (124)
HilbertVis (268)
HilbertVisGUI (70)
hipathia (30)
hiReadsProcessor (67)
HIREewas (1)
HiTC (218)
hmdbQuery (38)
HMMcopy (158)
hopach (231)
HPAanalyze (3)
hpar (227)
HTqPCR (210)
HTSanalyzeR (152)
HTSeqGenie (55)
htseqtools (0)
htSeqTools (148)
HTSFilter (170)
HybridMTest (91)
hyperdraw (112)
hypergraph (146)

I

iASeq (76)
iasva (5)
iBBiG (130)
ibh (80)
iBMQ (71)
iCARE (81)
Icens (313)
icetea (5)
iCheck (84)
iChip (81)
iClusterPlus (152)
iCNV (31)
iCOBRA (98)
ideal (87)
ideogram (0)
IdeoViz (124)
idiogram (82)
IdMappingAnalysis (75)
IdMappingRetrieval (76)
iFlow (2)
iGC (77)
igvR (31)
IHW (474)
illuminaio (1914)
imageHTS (90)
IMAS (72)
Imetagene (75)
IMMAN (28)
ImmuneSpaceR (89)
immunoClust (84)
IMPCdata (73)
ImpulseDE (80)
ImpulseDE2 (92)
impute (5095)
INDEED (3)
InPAS (78)
INPower (75)
inSilicoDb (27)
inSilicoMerging (28)
insilicomerging (0)
INSPEcT (85)
InTAD (27)
intansv (97)
InteractionSet (218)
interactiveDisplay (260)
interactiveDisplayBase (3372)
IntEREst (79)
InterMineR (80)
IntramiRExploreR (63)
inversion (0)
inveRsion (78)
IONiseR (105)
iontree (70)
iPAC (96)
ipdDb (4)
IPO (150)
IPPD (149)
IRanges (23107)
IrisSpatialFeatures (56)
iSEE (52)
iSeq (84)
iSNetwork (0)
isobar (180)
IsoCorrectoR (1)
IsoformSwitchAnalyzeR (125)
IsoGeneGUI (85)
ISoLDE (73)
isomiRs (82)
iSPlot (0)
ITALICS (84)
iterativeBMA (91)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (85)
iterClust (68)
iteremoval (33)
IVAS (81)
ivygapSE (59)
IWTomics (68)

J

JASPAR2018 (86)
jmosaics (7)
joda (82)
JunctionSeq (133)

K

karyoploteR (281)
KCsmart (77)
kebabs (149)
KEGGgraph (2081)
KEGGlincs (84)
keggorth (0)
keggorthology (110)
KEGGprofile (204)
KEGGREST (3031)
KEGGSOAP (3)
kimod (75)
KinSwingR (1)
kissDE (34)
kmknn (34)

L

lapmix (81)
LBE (124)
ldblock (181)
LEA (269)
LedPred (76)
les (85)
levi (0)
lfa (200)
limma (16678)
limmaGUI (134)
LINC (79)
LineagePulse (34)
Linnorm (126)
LiquidAssociation (84)
lmdme (90)
LMGene (100)
LOBSTAHS (86)
loci2path (37)
logicFS (219)
logitT (82)
Logolas (117)
lol (77)
LOLA (142)
LoomExperiment (0)
LowMACA (77)
LPE (101)
LPEadj (80)
lpNet (77)
lpsymphony (533)
LRBaseDbi (3)
lumi (899)
LVSmiRNA (84)
LymphoSeq (90)

M

M3C (69)
M3D (76)
M3Drop (175)
maanova (111)
macat (81)
maCorrPlot (85)
MACPET (28)
maDB (1)
madb (0)
made4 (355)
MADSEQ (79)
maftools (773)
MAGeCKFlute (38)
maigesPack (92)
MAIT (120)
makecdfenv (200)
makePlatformDesign (1)
MANOR (81)
manta (85)
MantelCorr (79)
mAPKL (78)
maPredictDSC (84)
mapscape (72)
marray (1261)
martini (26)
maser (9)
maSigPro (265)
maskBAD (81)
MassArray (85)
massarray (0)
massiR (80)
MassSpecWavelet (819)
MAST (442)
matchBox (77)
matchprobes (0)
Matrix (0)
MatrixRider (78)
matter (116)
MaxContrastProjection (68)
MBAmethyl (69)
MBASED (86)
MBCB (86)
mBPCR (84)
MBttest (63)
mcaGUI (82)
MCbiclust (78)
MCRestimate (86)
mCSEA (32)
mdgsa (96)
mdp (29)
mdqc (83)
MDTS (28)
MEAL (76)
MeasurementError.cor (79)
MEDIPS (142)
MEDME (77)
MEIGOR (101)
mergemaid (0)
MergeMaid (124)
Mergeomics (84)
MeSHDbi (175)
meshes (93)
meshr (116)
MeSHSim (15)
messina (76)
metaArray (110)
metaarray (0)
Metab (96)
metabomxtr (89)
MetaboSignal (82)
metaCCA (84)
MetaCyto (71)
metagene (110)
metagenomeFeatures (85)
metagenomeSeq (551)
MetaGxOvarian (11)
metahdep (76)
metaMS (109)
MetaNeighbor (32)
metaR (0)
metaSeq (91)
metaseqR (106)
metavizr (81)
metaX (7)
MetCirc (79)
methimpute (63)
methInheritSim (68)
MethPed (70)
MethTargetedNGS (74)
methVisual (87)
methyAnalysis (160)
MethylAid (92)
methylGSA (4)
methylInheritance (74)
methylKit (401)
MethylMix (119)
methylMnM (77)
methylPipe (118)
MethylSeekR (99)
methylumi (1019)
methyvim (67)
MetID (3)
MetNet (3)
mfa (75)
Mfuzz (288)
mfuzz (0)
MGFM (79)
MGFR (77)
mgsa (105)
MiChip (78)
microbiome (304)
microRNA (163)
MIGSA (78)
mimager (67)
MIMOSA (84)
MineICA (92)
minet (712)
minfi (1623)
MinimumDistance (79)
MiPP (83)
MIRA (70)
MiRaGE (83)
miRBaseConverter (76)
miRcomp (74)
mirIntegrator (82)
miRLAB (95)
miRmine (60)
miRNAmeConverter (82)
miRNApath (95)
miRNAtap (131)
miRSM (3)
miRsponge (67)
Mirsynergy (84)
missMethyl (537)
missRows (26)
mitoODE (74)
mixOmics (4)
MLInterfaces (361)
mlm4omics (5)
MLP (104)
MLSeq (127)
MMDiff (7)
MMDiff2 (77)
mmgmos (0)
mmnet (15)
MmPalateMiRNA (82)
MODA (81)
mogsa (88)
monocle (1116)
MoonlightR (87)
MoPS (76)
mosaics (138)
motifbreakR (102)
motifcounter (74)
MotifDb (320)
motifmatchr (133)
motifRG (119)
motifStack (452)
MotIV (414)
MPFE (72)
mpra (70)
MPRAnalyze (1)
mQTL.NMR (91)
msa (727)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (69)
MSGFgui (148)
MSGFplus (193)
msmsEDA (173)
msmsTests (167)
MSnbase (1316)
MSnID (190)
msPurity (81)
msQC (0)
MSstats (284)
MSstatsQC (71)
MSstatsQCgui (28)
MSstatsTMT (1)
mtbls2 (0)
MTseeker (0)
Mulcom (124)
MultiAssayExperiment (591)
multiClust (131)
MultiDataSet (105)
multiHiCcompare (2)
MultiMed (75)
multiMiR (102)
multiOmicsViz (70)
multiscan (77)
multtest (5573)
muscle (178)
MutationalPatterns (182)
MVCClass (83)
mvGST (53)
MWASTools (93)
mygene (354)
myvariant (102)
mzID (1096)
mzR (1303)

N

NADfinder (69)
NanoStringDiff (119)
NanoStringQCPro (119)
NarrowPeaks (82)
NBSplice (4)
ncdfFlow (463)
NCIgraph (88)
ndexr (74)
neaGUI (12)
NeighborNet (1)
nem (142)
netbenchmark (88)
netbiov (110)
NetCRG (0)
nethet (82)
NetPathMiner (105)
netprioR (71)
netReg (70)
netresponse (89)
NetSAM (79)
netSmooth (33)
networkBMA (90)
NGScopy (78)
nnNorm (85)
NOISeq (531)
nondetects (90)
normalize450K (71)
NormalyzerDE (3)
NormqPCR (281)
normr (79)
npGSEA (89)
NTW (77)
nucleoSim (77)
nucleR (99)
nucler (0)
nuCpos (2)
nudge (76)
NuPoP (84)

O

occugene (75)
OCplus (139)
odseq (72)
OGSA (76)
oligo (1586)
oligoClasses (1688)
OLIN (88)
OLINgui (83)
OmaDB (23)
omicade4 (105)
omiccircos (0)
OmicCircos (263)
omicplotR (29)
omicRexposome (50)
OmicsMarkeR (101)
OMICsPCA (1)
omicsPrint (31)
Onassis (57)
oncomix (61)
OncoScore (88)
OncoSimulR (92)
oneChannelGUI (53)
oneSENSE (57)
onlineFDR (4)
ontoCAT (67)
ontoProc (63)
ontoTools (0)
openCyto (229)
openPrimeR (80)
openPrimeRui (60)
OperaMate (43)
oposSOM (103)
oppar (71)
OPWeight (73)
OrderedList (238)
ORFik (38)
Organism.dplyr (174)
OrganismDbi (2132)
OSAT (95)
Oscope (84)
OTUbase (85)
OutlierD (101)
OUTRIDER (4)

P

PAA (100)
PADOG (195)
paircompviz (83)
pairseqsim (0)
pamr (3)
PAN (0)
pandaR (100)
panelcn.mops (69)
PAnnBuilder (91)
panp (101)
PANR (81)
PanVizGenerator (81)
PAPi (90)
parglms (72)
parody (141)
Path2PPI (91)
pathifier (236)
PathNet (95)
PathoStat (97)
pathprint (66)
pathRender (85)
pathVar (77)
pathview (2101)
PathwaySplice (67)
PatientGeneSets (1)
paxtoolsr (134)
Pbase (94)
pbcmc (77)
pcaExplorer (249)
pcaGoPromoter (135)
pcaMethods (2427)
PCAN (73)
pcot2 (119)
PCpheno (80)
pcxn (64)
pdInfoBuilder (164)
pdmclass (38)
PECA (89)
PepsNMR (0)
pepStat (84)
pepXMLTab (86)
perturbatr (29)
PGA (89)
pgca (66)
PGSEA (213)
pgUtils (1)
phantasus (29)
PharmacoGx (142)
phenoDist (77)
phenopath (76)
phenoTest (122)
PhenStat (83)
philr (100)
phosphonormalizer (67)
phyloseq (2404)
Pi (83)
piano (338)
pickgene (81)
PICS (136)
Pigengene (81)
PING (80)
pint (84)
pkgDepTools (104)
plateCore (89)
plethy (76)
plgem (96)
plier (208)
plotGrouper (3)
PLPE (86)
plrs (77)
plw (78)
plyranges (55)
pmm (71)
podkat (81)
pogos (30)
polyester (154)
Polyfit (78)
POST (64)
PowerExplorer (33)
powerTCR (28)
PPInfer (81)
ppiStats (92)
pqsfinder (86)
prada (246)
prebs (77)
PREDA (89)
predictionet (52)
preprocessCore (8216)
primirTSS (2)
Prize (76)
proBAMr (89)
PROcess (165)
procoil (85)
ProCoNA (78)
proFIA (81)
profileScoreDist (68)
progeny (75)
pRoloc (247)
pRolocGUI (97)
PROMISE (81)
PROPER (100)
PROPS (61)
Prostar (113)
prot2D (83)
proteinProfiles (75)
ProteomicsAnnotationHubData (82)
ProteoMM (1)
proteoQC (88)
ProtGenerics (4053)
PSEA (79)
psichomics (102)
PSICQUIC (103)
psygenet2r (89)
puma (136)
PureCN (139)
pvac (83)
pvca (150)
Pviz (94)
PWMEnrich (139)
pwOmics (83)
pxr (0)

Q

qcmetrics (91)
QDNAseq (180)
qpcrNorm (93)
qpgraph (191)
qPLEXanalyzer (6)
qrqc (157)
qsea (75)
QSutils (1)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (90)
quantro (115)
quantsmooth (354)
QuartPAC (79)
QuasR (283)
QuaternaryProd (78)
QUBIC (118)
qusage (197)
qvalue (4918)

R

R3CPET (75)
r3Cseq (130)
R453Plus1Toolbox (86)
R4RNA (83)
RaggedExperiment (430)
rain (98)
rama (86)
ramigo (0)
RamiGO (110)
ramwas (75)
RandomWalkRestartMH (29)
randPack (82)
RankProd (385)
RareVariantVis (79)
Rariant (84)
RbcBook1 (97)
RBGL (5640)
RBioinf (89)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (152)
RBM (74)
Rbowtie (290)
Rbowtie2 (156)
rbsurv (113)
Rcade (94)
RCAS (84)
RCASPAR (77)
rcellminer (96)
rCGH (104)
Rchemcpp (91)
RchyOptimyx (90)
RcisTarget (108)
RConferoMapping (0)
Rcpi (128)
RCy3 (277)
RCyjs (87)
RCytoscape (181)
RDAVIDWebService (383)
Rdbi (1)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (86)
Rdisop (273)
RDRToolbox (172)
ReactomePA (780)
readat (100)
ReadqPCR (292)
reb (75)
REBET (3)
recount (270)
recoup (76)
RedeR (164)
REDseq (119)
RefNet (76)
RefPlus (86)
regioneR (855)
regionReport (159)
regsplice (77)
REMP (88)
Repitools (251)
ReportingTools (873)
reposTools (0)
ReQON (77)
Resourcerer (1)
restfulSE (85)
rexposome (63)
rfcdmin (0)
rflowcyt (1)
rfPred (84)
rGADEM (482)
RGalaxy (89)
Rgin (27)
RGMQL (34)
RGraph2js (71)
Rgraphviz (5526)
rGREAT (132)
RGSEA (116)
rgsepd (78)
rhdf5 (5926)
rhdf5client (91)
Rhdf5lib (3216)
Rhtslib (623)
rHVDM (76)
RiboProfiling (108)
riboSeq (0)
riboSeqR (98)
RImmPort (81)
Ringo (296)
Rintact (0)
RIPSeeker (145)
Risa (91)
RITAN (71)
RIVER (77)
RJMCMCNucleosomes (74)
RLMM (79)
RMAGEML (1)
Rmagpie (83)
RMAPPER (1)
RMassBank (107)
rMAT (73)
RmiR (79)
rmir (0)
Rmmquant (5)
RNAdecay (26)
RNAinteract (78)
RNAither (84)
rnaither (0)
RNAprobR (75)
rnaseqcomp (81)
RnaSeqGeneEdgeRQL (65)
rnaSeqMap (86)
RNASeqPower (160)
RNASeqR (1)
RnaSeqSampleSize (109)
RnBeads (251)
Rnits (80)
roar (97)
ROC (813)
Roleswitch (104)
Rolexa (6)
rols (238)
roma (4)
ROntoTools (101)
ropls (340)
ROTS (157)
RPA (117)
RProtoBufLib (397)
RpsiXML (107)
rpx (288)
Rqc (123)
rqt (71)
rqubic (123)
rRDP (78)
Rredland (1)
RRHO (101)
Rsamtools (10734)
rsbml (131)
RSeqAn (25)
rSFFreader (53)
RSNPper (0)
Rsubread (1766)
RSVSim (88)
rTANDEM (186)
RTCA (89)
RTCGA (437)
RTCGAToolbox (491)
RTN (127)
RTNduals (77)
RTNsurvival (68)
RTools4TB (1)
RTopper (82)
rtracklayer (10571)
Rtreemix (84)
rTRM (91)
rTRMui (79)
runibic (75)
Ruuid (1)
RUVcorr (89)
RUVnormalize (98)
RUVSeq (603)
RVS (62)
RWebServices (4)
rWikiPathways (38)

S

S4Vectors (22271)
safe (354)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (80)
SAGx (150)
samExploreR (59)
sampleClassifier (72)
SamSPECTRAL (119)
sangerseqR (241)
SANTA (86)
sapFinder (76)
saps (5)
savR (98)
sbgr (4)
SBMLR (98)
SC3 (500)
Scale4C (59)
SCAN.UPC (282)
scater (1564)
SCBN (2)
scDD (127)
scde (358)
scFeatureFilter (29)
scfind (92)
ScISI (95)
scmap (134)
scmeth (28)
SCnorm (151)
scone (164)
Sconify (30)
scoreInvHap (61)
scPipe (94)
scran (1038)
scruff (3)
scsR (74)
SDAMS (27)
segmentSeq (122)
SELEX (81)
SemDist (77)
semisup (72)
SemSim (0)
SEPA (75)
SEPIRA (27)
seq2pathway (88)
SeqArray (233)
seqbias (92)
seqCAT (59)
seqCNA (88)
seqcombo (68)
SeqGSEA (178)
seqLogo (1011)
Seqnames (0)
seqPattern (293)
seqplots (150)
seqsetvis (28)
SeqSQC (62)
seqTools (111)
SeqVarTools (179)
sesame (9)
sevenbridges (107)
sevenC (26)
SGSeq (145)
shinyMethyl (150)
shinyTANDEM (87)
ShortRead (4221)
shortread (0)
SIAMCAT (29)
SICtools (45)
sidap (0)
sigaR (95)
SigCheck (78)
sigFeature (8)
SigFuge (76)
siggenes (1722)
sights (76)
signeR (106)
signet (36)
sigPathway (147)
sigsquared (73)
SIM (82)
SIMAT (85)
SimBindProfiles (74)
SIMD (2)
similaRpeak (81)
SIMLR (182)
simpleaffy (762)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (80)
sincell (108)
SingleCellExperiment (1376)
singleCellTK (40)
singscore (30)
SISPA (72)
sizepower (95)
SJava (4)
skewr (71)
slalom (75)
SLGI (80)
slingshot (22)
slinky (5)
SLqPCR (96)
SMAP (74)
SMITE (85)
SNAData (0)
SNAGEE (79)
snapCGH (96)
snm (157)
snpAssoc (0)
SNPchip (246)
SNPediaR (91)
SNPhood (82)
snpMatrix (6)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (743)
snpStats (1072)
soGGi (91)
SomatiCA (11)
SomaticSignatures (238)
SpacePAC (82)
spade (24)
sparseDOSSA (69)
sparsenetgls (2)
SparseSignatures (32)
specL (87)
SpeCond (119)
SPEM (91)
SPIA (512)
SpidermiR (110)
spikeLI (73)
spkTools (83)
splatter (200)
splicegear (79)
spliceR (140)
spliceSites (81)
SplicingGraphs (127)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (80)
SPLINTER (72)
splots (215)
SPONGE (61)
spotSegmentation (85)
SQUADD (79)
SRAdb (515)
sRAP (80)
SRGnet (68)
srnadiff (29)
sscore (82)
sscu (74)
sSeq (127)
ssize (113)
SSPA (260)
ssviz (79)
stageR (73)
stam (0)
STAN (86)
staRank (76)
StarBioTrek (77)
Starr (83)
STATegRa (90)
statTarget (118)
stepNorm (84)
stepwiseCM (16)
strandCheckR (3)
Streamer (81)
STRINGdb (429)
STROMA4 (70)
subSeq (96)
SummarizedBenchmark (31)
SummarizedExperiment (14014)
supraHex (387)
survcomp (509)
Sushi (271)
sva (3439)
SVAPLSseq (71)
SVM2CRM (72)
SWATH2stats (106)
SwathXtend (72)
swfdr (66)
SwimR (73)
switchBox (90)
switchde (82)
synapter (160)
synergyfinder (121)
synlet (72)
systemPipeR (711)
systemPipeRdata (0)

T

TargetScore (94)
TargetSearch (84)
targetsearch (0)
TarSeqQC (87)
TCC (198)
TCGAbiolinks (1201)
TCGAbiolinksGUI (186)
TCGAutils (56)
TCseq (98)
TDARACNE (86)
tdaracne (0)
tenXplore (58)
TEQC (109)
ternarynet (72)
TFARM (61)
TFBSTools (411)
TFEA.ChIP (32)
TFHAZ (59)
TFutils (36)
tiger (0)
tigre (86)
tilingArray (118)
timecourse (118)
TimerQuant (0)
timescape (76)
TimeSeriesExperiment (0)
TIN (72)
TissueEnrich (38)
TitanCNA (118)
tkWidgets (583)
TMixClust (75)
TnT (69)
tofsims (78)
ToPASeq (68)
topdownr (64)
topGO (2308)
topicmodels (0)
TPP (102)
tracktables (90)
trackViewer (207)
transcriptogramer (64)
transcriptR (78)
transite (1)
tRanslatome (79)
TransView (81)
traseR (79)
treeio (1113)
trena (56)
TReNA (29)
Trendy (36)
triform (74)
trigger (77)
trio (103)
triplex (87)
tRNA (1)
tRNAdbImport (1)
tRNAscanImport (26)
TRONCO (114)
TSCAN (183)
tspair (93)
TSRchitect (81)
TSSi (79)
TTMap (27)
TurboNorm (80)
TVTB (74)
tweeDEseq (110)
twilight (232)
twoddpcr (76)
tximeta (3)
tximport (2331)
TxRegInfra (24)
TypeInfo (76)

U

Ularcirc (5)
UNDO (79)
unifiedWMWqPCR (75)
UniProt.ws (259)
Uniquorn (71)
universalmotif (0)
uSORT (72)

V

VanillaICE (112)
variancePartition (146)
VariantAnnotation (5004)
VariantFiltering (115)
VariantTools (129)
vbmp (130)
Vega (76)
VegaMC (75)
vidger (39)
viper (178)
virtualArray (10)
vsn (2858)
vtpnet (71)
vulcan (61)

W

wateRmelon (546)
wavClusteR (86)
waveTiling (80)
weaver (111)
webbioc (85)
widgetInvoke (0)
widgetTools (598)
wiggleplotr (81)
Wrench (1)

X

XBSeq (89)
xcms (995)
XDE (76)
XINA (3)
xmapbridge (77)
xmapcore (1)
xps (88)
XVector (16091)
xvector (0)

Y

y2hStat (0)
yamss (84)
YAPSA (90)
yaqcaffy (106)
yarn (85)

Z

zFPKM (77)
zinbwave (238)
zlibbioc (18140)