See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2019-03-15 08:39:26 -0400 (Fri, 15 Mar 2019).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (29432)
2BiocGenerics (27314)
3IRanges (24280)
4Biobase (23848)
5S4Vectors (23562)
6AnnotationDbi (20096)
7zlibbioc (19476)
8GenomicRanges (17891)
9XVector (17511)
10BiocParallel (17410)
11limma (17377)
12GenomeInfoDb (16160)
13Biostrings (15702)
14SummarizedExperiment (14850)
15DelayedArray (14695)
16annotate (12933)
17Rsamtools (11929)
18genefilter (11727)
19GenomicAlignments (11689)
20biomaRt (11080)
21rtracklayer (10949)
22graph (10614)
23edgeR (10344)
24GenomicFeatures (9724)
25DESeq2 (9137)
26preprocessCore (8922)
27geneplotter (8729)
28BiocVersion (7772)
29rhdf5 (6791)
30affy (6649)
31affyio (6511)
32RBGL (6156)
33BSgenome (6129)
34multtest (6034)
35Rgraphviz (5951)
36qvalue (5797)
37VariantAnnotation (5570)
38Rhdf5lib (5541)
39impute (5477)
40GEOquery (4943)
41ProtGenerics (4523)
42ShortRead (4506)
43ensembldb (4505)
44sva (4018)
45DOSE (3785)
46biovizBase (3771)
47DESeq (3733)
48AnnotationFilter (3710)
49fgsea (3676)
50GOSemSim (3656)
51GSEABase (3635)
52clusterProfiler (3616)
53AnnotationHub (3491)
54KEGGREST (3295)
55ComplexHeatmap (3155)
56vsn (3046)
57interactiveDisplayBase (3015)
58Gviz (2877)
59phyloseq (2757)
60HDF5Array (2677)
61AnnotationForge (2577)
62Category (2568)
63pcaMethods (2555)
64tximport (2512)
65pathview (2447)
66topGO (2431)
67KEGGgraph (2420)
68biomformat (2385)
69GOstats (2358)
70enrichplot (2305)
71aroma.light (2203)
72OrganismDbi (2160)
73EBImage (2137)
74illuminaio (2125)
75EDASeq (2102)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (114)
a4Base (132)
a4Classif (110)
a4Core (159)
a4Preproc (155)
a4Reporting (111)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (101)
ABarray (107)
abseqR (13)
ABSSeq (106)
acde (100)
ACE (16)
aCGH (175)
ACME (121)
ADaCGH2 (95)
ADAM (4)
adaptest (55)
adductomicsR (2)
adSplit (95)
AffiXcan (11)
affxparser (1681)
affy (6649)
affycomp (152)
AffyCompatible (103)
affyContam (94)
affycoretools (439)
affydata (0)
AffyExpress (100)
affyILM (91)
affyio (6511)
affylmGUI (156)
affyPara (97)
affypdnn (119)
affyPLM (1296)
affyqcreport (0)
affyQCReport (303)
AffyRNADegradation (90)
AffyTiling (8)
AGDEX (91)
Agi4x44PreProcess (6)
agilp (169)
AgiMicroRna (131)
agimicrorna (0)
AIMS (270)
ALDEx2 (230)
alevinQC (0)
AllelicImbalance (100)
alpine (100)
alsace (98)
altcdfenvs (101)
AMOUNTAIN (94)
amplican (99)
ampliQueso (84)
AnalysisPageServer (83)
anamiR (94)
Anaquin (97)
AneuFinder (120)
ANF (78)
annaffy (517)
AnnBuilder (0)
annmap (81)
annotate (12933)
AnnotationDbi (20096)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (3710)
AnnotationForge (2577)
AnnotationFuncs (129)
AnnotationHub (3491)
AnnotationHubData (127)
annotationTools (141)
annotatr (225)
anota (98)
anota2seq (93)
antiProfiles (88)
apcluster (0)
apComplex (119)
apcomplex (0)
apeglm (968)
applera (0)
appreci8R (15)
aroma.light (2203)
ArrayExpress (471)
ArrayExpressHTS (59)
arrayMagic (0)
arraymvout (0)
arrayMvout (84)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (126)
arrayQualityMetrics (471)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (137)
ArrayTV (97)
ARRmNormalization (86)
artMS (25)
ASAFE (77)
ASEB (89)
ASGSCA (90)
ASICS (61)
asmn (1)
ASpli (129)
AssessORF (12)
ASSET (99)
ASSIGN (90)
ATACseqQC (237)
AtlasRDF (24)
atSNP (1)
attract (94)
AUCell (301)

B

BaalChIP (84)
BAC (88)
bacon (115)
BADER (90)
BadRegionFinder (82)
BAGS (84)
ballgown (918)
bamsignals (250)
banocc (78)
basecallQC (86)
BaseSpaceR (110)
Basic4Cseq (109)
BASiCS (142)
BasicSTARRseq (85)
BatchQC (142)
BayesKnockdown (76)
BayesPeak (134)
bayNorm (24)
baySeq (529)
BBCAnalyzer (82)
BCRANK (112)
bcSeq (71)
BDMMAcorrect (21)
beachmat (1500)
beadarray (659)
beadarraySNP (104)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (637)
BeadExplorer (0)
BEARscc (64)
BEAT (95)
BEclear (91)
betr (13)
bgafun (84)
BgeeDB (125)
BGmix (54)
bgx (89)
BHC (163)
BicARE (134)
BiFET (63)
BiGGR (97)
BigMatrix (0)
bigmelon (87)
bigmemoryExtras (81)
bigPint (1)
bim (0)
bioassayR (118)
biobase (0)
Biobase (23848)
biobroom (203)
bioCancer (94)
BiocCaseStudies (92)
BiocCheck (317)
biocDatasets (1)
BiocFileCache (609)
BiocGenerics (27314)
biocGraph (250)
biocinstaller (0)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (29432)
biocLite (0)
BiocNeighbors (320)
BiocOncoTK (70)
Bioconductor (0)
BioCor (96)
BiocParallel (17410)
BiocPkgTools (29)
BiocSingular (0)
BiocSklearn (78)
BiocStyle (2063)
BiocVersion (7772)
biocViews (1553)
BiocWorkflowTools (106)
bioDist (259)
biomaRt (11080)
BioMedR (27)
biomformat (2385)
BioMM (1)
BioMVCClass (84)
biomvRCNS (82)
BioNet (300)
bionet (0)
BioNetStat (61)
BioQC (96)
BioSeqClass (107)
biosigner (98)
biostrings (0)
Biostrings (15702)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (86)
biotmle (84)
biovizBase (3771)
BiRewire (118)
birta (90)
birte (81)
BiSeq (167)
BitSeq (168)
blima (87)
BLMA (85)
bnbc (75)
BPRMeth (87)
BRAIN (197)
brainImageR (16)
BrainStars (84)
branchpointer (76)
breakpointR (13)
bridge (85)
BridgeDbR (106)
BrowserViz (106)
BrowserVizDemo (44)
BSgenome (6129)
bsseq (832)
BubbleTree (87)
BufferedMatrix (95)
BufferedMatrixMethods (89)
BUMHMM (87)
bumphunter (1835)
BUS (84)
BUScorrect (15)
BuxcoR (0)

C

CAFE (79)
CAGEfightR (57)
CAGEr (127)
CALIB (98)
CAMERA (470)
CAMTHC (23)
canceR (93)
cancerclass (89)
CancerInSilico (81)
CancerMutationAnalysis (97)
CancerSubtypes (141)
CAnD (80)
caOmicsV (82)
Cardinal (146)
casper (96)
CATALYST (148)
Category (2568)
categoryCompare (86)
CausalR (94)
cbaf (73)
ccfindR (68)
ccmap (102)
CCPROMISE (79)
ccrepe (100)
celaref (25)
cellbaseR (78)
cellGrowth (92)
cellHTS (7)
cellHTS2 (239)
cellity (102)
CellMapper (77)
CellNOptR (144)
cellscape (91)
CellScore (51)
CellTrails (27)
cellTree (124)
CEMiTool (161)
CexoR (81)
CFAssay (89)
CGEN (106)
CGHbase (234)
CGHcall (214)
cghMCR (119)
CGHnormaliter (82)
CGHregions (98)
ChAMP (482)
CHARGE (50)
charm (97)
ChemmineOB (205)
ChemmineR (428)
chemminer (0)
ChIC (44)
Chicago (106)
chimera (111)
chimeraviz (131)
ChIPanalyser (71)
ChIPComp (92)
chipenrich (124)
ChIPexoQual (81)
ChIPpeakAnno (826)
ChIPQC (242)
ChIPseeker (986)
chipseq (445)
ChIPseqR (146)
ChIPSeqSpike (70)
ChIPsim (144)
ChIPXpress (67)
chopsticks (178)
chroGPS (85)
chromDraw (88)
ChromHeatMap (99)
ChromoViz (0)
chromPlot (120)
chromstaR (107)
chromswitch (83)
chromVAR (135)
CHRONOS (88)
cicero (34)
CINdex (80)
cisPath (89)
ClassifyR (116)
cleanUpdTSeq (89)
cleaver (203)
clippda (92)
clipper (131)
Clomial (85)
Clonality (86)
clonotypeR (85)
clst (90)
clstutils (83)
CluMSID (4)
clustComp (83)
clusterExperiment (284)
ClusterJudge (70)
clusterProfiler (3616)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (78)
ClusterSignificance (87)
clusterStab (145)
CMA (147)
cn.farms (89)
cn.mops (202)
CNAnorm (100)
cnanorm (0)
CNEr (451)
CNORdt (100)
CNORfeeder (97)
CNORfuzzy (88)
CNORode (120)
CNPBayes (81)
CNTools (220)
cnvGSA (84)
CNVPanelizer (99)
CNVRanger (0)
CNVrd2 (88)
CNVtools (103)
cnvtools (0)
cobindR (84)
CoCiteStats (90)
COCOA (13)
codelink (100)
CODEX (151)
coexnet (82)
CoGAPS (114)
cogena (114)
coGPS (83)
COHCAP (103)
cola (1)
coMET (115)
compartmap (22)
COMPASS (115)
compcodeR (113)
compEpiTools (102)
CompGO (101)
ComplexHeatmap (3155)
condcomp (14)
CONFESS (75)
consensus (12)
ConsensusClusterPlus (1802)
consensusDE (23)
consensusOV (81)
consensusSeekeR (84)
contiBAIT (85)
conumee (123)
convert (188)
copa (90)
COPDSexualDimorphism (1)
copynumber (262)
CopyNumber450k (4)
CopywriteR (130)
coRdon (26)
CoRegNet (103)
Cormotif (83)
CorMut (89)
coRNAi (21)
CORREP (82)
coseq (110)
cosmiq (91)
cosmo (3)
cosmoGUI (1)
COSNet (82)
CountClust (123)
countsimQC (23)
covEB (83)
CoverageView (117)
covRNA (77)
cpvSNP (85)
cqn (213)
CRImage (115)
CRISPRseek (141)
crisprseekplus (79)
CrispRVariants (123)
crlmm (186)
crossmeta (99)
CSAR (148)
csaw (276)
CSSP (81)
ctc (331)
CTDquerier (52)
cTRAP (13)
ctsGE (103)
cummeRbund (869)
cummerbund (0)
customProDB (138)
CVE (85)
cycle (91)
cydar (107)
CytoDx (52)
cytofast (2)
cytofkit (300)
cytolib (448)
CytoML (107)

D

dada2 (1078)
dagLogo (80)
daMA (81)
DaMiRseq (92)
DAPAR (132)
DART (92)
DASC (21)
DASiR (3)
DAVIDQuery (5)
DBChIP (123)
dcGSA (84)
DChIPRep (82)
ddCt (150)
ddgraph (30)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (53)
debrowser (179)
DECIPHER (801)
deco (4)
DEComplexDisease (53)
decompTumor2Sig (5)
DeconRNASeq (141)
decontam (79)
DEDS (121)
DeepBlueR (98)
deepSNV (124)
DEFormats (221)
DEGraph (85)
DEGreport (216)
DEGseq (338)
DelayedArray (14695)
DelayedDataFrame (4)
DelayedMatrixStats (1935)
deltaGseg (78)
DeMAND (89)
DEP (187)
DEqMS (27)
derfinder (363)
derfinderHelper (349)
derfinderPlot (118)
DEScan2 (59)
deseq (0)
DESeq (3733)
DESeq2 (9137)
DEsingle (74)
destiny (830)
DEsubs (93)
DEXSeq (685)
dexus (97)
DFP (84)
DiffBind (625)
diffcoexp (56)
diffcyt (91)
diffgeneanalysis (0)
diffGeneAnalysis (80)
diffHic (116)
DiffLogo (87)
diffloop (124)
diffuStats (79)
diggit (87)
Director (80)
DirichletMultinomial (523)
discordant (92)
divergence (1)
dks (79)
DMCHMM (76)
DMRcaller (123)
DMRcate (543)
DMRforPairs (85)
DMRScan (77)
dmrseq (99)
DNABarcodeCompatibility (4)
DNABarcodes (126)
DNAcopy (1868)
DNaseR (1)
DNAshapeR (109)
domainsignatures (52)
DominoEffect (55)
doppelgangR (88)
DOQTL (103)
Doscheda (78)
DOSE (3785)
doseR (0)
drawProteins (79)
DRIMSeq (201)
DriverNet (101)
DropletUtils (361)
DrugVsDisease (81)
dSimer (83)
DSS (669)
DTA (82)
dualKS (80)
DupChecker (80)
dupRadar (174)
dyebias (87)
DynDoc (632)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (139)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (175)
EBarrays (165)
EBcoexpress (91)
EBImage (2137)
EBSEA (75)
EBSeq (572)
EBSeqHMM (118)
ecolitk (86)
EDASeq (2102)
edd (1)
EDDA (98)
edge (141)
edger (0)
edgeR (10344)
eegc (76)
EGAD (90)
EGSEA (220)
eiR (77)
eisa (102)
ELBOW (84)
ELMER (324)
EMDomics (83)
EmpiricalBrownsMethod (106)
ENCODExplorer (107)
EnhancedVolcano (104)
ENmix (132)
EnrichedHeatmap (169)
EnrichmentBrowser (292)
enrichplot (2305)
ensembldb (4505)
ensemblVEP (142)
ENVISIONQuery (84)
EpiCluster (0)
EpiDISH (106)
epigenomix (94)
epihet (2)
epiNEM (75)
epivizr (113)
epivizrChart (71)
epivizrData (115)
epivizrServer (110)
epivizrStandalone (89)
erccdashboard (119)
erma (247)
ERSSA (22)
esATAC (212)
esetVis (94)
eudysbiome (75)
EventPointer (86)
EWCE (9)
ExCluster (20)
ExiMiR (87)
exomeCopy (258)
exomecopy (0)
exomePeak (125)
exonfindR (0)
exonmap (1)
ExperimentHub (492)
ExperimentHubData (84)
explorase (66)
ExpressionAtlas (99)
ExpressionView (84)
exprExternal (0)
externalVector (1)

F

fabia (161)
facopy (64)
factDesign (89)
FamAgg (94)
farms (99)
fastLiquidAssociation (81)
FastqCleaner (20)
fastseg (524)
fbat (0)
FCBF (22)
fCCAC (77)
fCI (80)
fdrame (84)
FELLA (57)
FEM (385)
ffpe (95)
FGNet (143)
fgsea (3676)
FindMyFriends (106)
FISHalyseR (81)
fishpond (0)
FitHiC (102)
flagme (89)
flipflop (101)
flowAI (176)
flowBeads (90)
flowBin (92)
flowcatchR (82)
flowCHIC (92)
flowCL (141)
flowClean (140)
flowClust (339)
flowCore (1470)
flowCyBar (84)
flowDensity (167)
flowFit (84)
flowFlowJo (3)
flowFP (127)
flowMap (86)
flowMatch (93)
flowMeans (206)
flowMerge (127)
flowPeaks (145)
flowPhyto (3)
flowPloidy (87)
flowPlots (83)
flowq (0)
flowQ (74)
flowQB (83)
FlowRepositoryR (92)
FlowSOM (561)
flowStats (338)
flowTime (83)
flowTrans (110)
flowType (108)
flowUtils (586)
flowViz (676)
flowVS (86)
flowworkspace (0)
flowWorkspace (591)
fmcsR (173)
focalCall (80)
FoldGO (13)
FourCSeq (101)
FRGEpistasis (88)
frma (227)
frmaTools (95)
FunChIP (80)
FunciSNP (92)
funtooNorm (71)

G

GA4GHclient (77)
GA4GHshiny (76)
gaga (102)
gage (924)
gaggle (87)
gaia (193)
GAPGOM (2)
GAprediction (72)
garfield (76)
GARS (48)
GateFinder (62)
gaucho (60)
gcapc (81)
gcatest (78)
gCMAP (75)
gCMAPWeb (51)
gCrisprTools (95)
gcrma (1750)
GDCRNATools (185)
GDSArray (51)
gdsfmt (1008)
geecc (77)
GEM (80)
genArise (88)
genbankr (153)
GENE.E (12)
gene2pathway (2)
GeneAccord (14)
GeneAnswers (145)
geneAttribution (75)
GeneBreak (80)
geneClassifiers (71)
GeneExpressionSignature (92)
genefilter (11727)
genefu (272)
GeneGA (73)
GeneGeneInteR (80)
GeneGroupAnalysis (2)
GeneMeta (112)
GeneNetworkBuilder (96)
GeneOverlap (201)
geneplast (81)
geneplotter (8729)
GeneR (1)
geneRecommender (86)
GeneRegionScan (83)
GeneRfold (0)
geneRxCluster (77)
GeneSelectMMD (90)
GeneSelector (110)
GENESIS (191)
GeneSpring (1)
GeneStructureTools (58)
geNetClassifier (120)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (101)
GeneticsPed (146)
GeneTraffic (0)
GeneTS (0)
geneXtendeR (79)
GENIE3 (295)
genoCN (84)
GenoGAM (87)
genomation (322)
GenomeBase (0)
GenomeGraphs (235)
GenomeInfoDb (16160)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (250)
genomeintervals (0)
genomes (100)
GenomicAlignments (11689)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (469)
GenomicFeatures (9724)
GenomicFiles (703)
GenomicInteractions (147)
GenomicRanges (17891)
GenomicScores (269)
GenomicTuples (83)
Genominator (96)
genoset (187)
genotypeeval (79)
GenoView (3)
genphen (70)
GenRank (81)
GenVisR (293)
GEOmetadb (261)
GEOquery (4943)
GEOsearch (25)
GEOsubmission (84)
gep2pep (51)
gespeR (112)
GEWIST (76)
gff3Plotter (0)
GGBase (138)
ggbio (1962)
ggcyto (361)
GGtools (127)
ggtree (1580)
GIGSEA (14)
girafe (147)
GISPA (75)
GLAD (234)
Glimma (795)
glmSparseNet (18)
GlobalAncova (276)
globalSeq (79)
globaltest (827)
gmapR (97)
GMRP (69)
goCluster (0)
GOexpress (161)
GOfuncR (81)
GOFunction (101)
GoogleGenomics (86)
GOpro (84)
goProfiles (150)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (3656)
goseq (1037)
GOSim (136)
goSTAG (82)
gostats (0)
GOstats (2358)
GOsummaries (142)
GOTHiC (117)
goTools (117)
gotools (0)
gpart (13)
gpls (156)
gprege (80)
gQTLBase (225)
gQTLstats (224)
graper (3)
graph (10614)
GraphAlignment (88)
GraphAT (83)
graphite (1176)
GraphPAC (87)
GRENITS (84)
GreyListChIP (88)
GRmetrics (129)
groHMM (98)
GRridge (77)
GSALightning (75)
GSAR (158)
GSCA (80)
GSEABase (3635)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (84)
GSEAlm (145)
gsean (53)
GSReg (80)
GSRI (83)
GSVA (766)
gtrellis (135)
GUIDEseq (99)
Guitar (112)
Gviz (2877)
gwascat (222)
GWASTools (361)
gwasurvivr (20)

H

h5vc (88)
hapFabia (86)
Harman (139)
Harshlight (83)
harshlight (0)
HCsnip (30)
HDF5Array (2677)
HDTD (79)
heatmaps (169)
Heatplus (624)
HelloRanges (106)
HELP (84)
HEM (83)
hexbin (3)
hiAnnotator (102)
HIBAG (106)
HiCBricks (11)
HiCcompare (100)
hicrep (93)
hierGWAS (82)
hierinf (12)
HilbertCurve (127)
HilbertVis (259)
HilbertVisGUI (71)
hipathia (63)
hiReadsProcessor (68)
HIREewas (12)
HiTC (213)
hmdbQuery (62)
HMMcopy (169)
hopach (242)
HPAanalyze (15)
hpar (248)
HTqPCR (200)
HTSanalyzeR (168)
HTSeqGenie (53)
htseqtools (0)
htSeqTools (158)
HTSFilter (193)
HybridMTest (94)
hyperdraw (108)
hypergraph (143)

I

iASeq (75)
iasva (25)
iBBiG (128)
ibh (77)
iBMQ (72)
iCARE (84)
Icens (304)
icetea (25)
iCheck (82)
iChip (79)
iClusterPlus (162)
iCNV (63)
iCOBRA (113)
ideal (98)
ideogram (0)
IdeoViz (127)
idiogram (82)
IdMappingAnalysis (76)
IdMappingRetrieval (76)
iFlow (2)
iGC (77)
igvR (54)
IHW (551)
illuminaio (2125)
imageHTS (97)
IMAS (84)
Imetagene (73)
IMMAN (51)
ImmuneSpaceR (102)
immunoClust (85)
IMPCdata (73)
ImpulseDE (80)
ImpulseDE2 (117)
impute (5477)
INDEED (15)
InPAS (78)
INPower (75)
inSilicoDb (23)
inSilicoMerging (25)
insilicomerging (0)
INSPEcT (96)
InTAD (50)
intansv (90)
InteractionSet (263)
interactiveDisplay (242)
interactiveDisplayBase (3015)
IntEREst (89)
InterMineR (95)
IntramiRExploreR (70)
inversion (0)
inveRsion (78)
IONiseR (103)
iontree (48)
iPAC (94)
ipdDb (14)
IPO (152)
IPPD (154)
IRanges (24280)
IrisSpatialFeatures (50)
iSEE (104)
iSeq (83)
iSNetwork (0)
isobar (198)
IsoCorrectoR (14)
IsoCorrectoRGUI (4)
IsoformSwitchAnalyzeR (153)
IsoGeneGUI (86)
ISoLDE (76)
isomiRs (92)
iSPlot (0)
ITALICS (82)
iterativeBMA (96)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (84)
iterClust (74)
iteremoval (53)
IVAS (92)
ivygapSE (65)
IWTomics (77)

J

JASPAR2018 (64)
jmosaics (4)
joda (80)
JunctionSeq (148)

K

karyoploteR (331)
KCsmart (76)
kebabs (142)
KEGGgraph (2420)
KEGGlincs (84)
keggorth (0)
keggorthology (106)
KEGGprofile (215)
KEGGREST (3295)
KEGGSOAP (3)
kimod (74)
KinSwingR (12)
kissDE (55)
kmknn (34)

L

lapmix (80)
LBE (118)
ldblock (150)
LEA (275)
LedPred (77)
les (83)
levi (12)
lfa (196)
limma (17377)
limmaGUI (130)
LINC (79)
LineagePulse (60)
Linnorm (144)
LiquidAssociation (84)
lmdme (88)
LMGene (99)
LOBSTAHS (87)
loci2path (54)
logicFS (220)
logitT (80)
Logolas (107)
lol (77)
LOLA (134)
LoomExperiment (23)
LowMACA (72)
LPE (99)
LPEadj (80)
lpNet (76)
lpsymphony (557)
LRBaseDbi (14)
lumi (956)
LVSmiRNA (83)
LymphoSeq (92)

M

M3C (81)
M3D (79)
M3Drop (200)
maanova (109)
macat (79)
maCorrPlot (82)
MACPET (48)
maDB (1)
madb (0)
made4 (374)
MADSEQ (79)
maftools (882)
MAGeCKFlute (72)
maigesPack (91)
MAIT (122)
makecdfenv (180)
makePlatformDesign (1)
MANOR (79)
manta (95)
MantelCorr (77)
mAPKL (75)
maPredictDSC (83)
mapscape (74)
marray (1370)
martini (57)
maser (25)
maSigPro (283)
maskBAD (79)
MassArray (83)
massarray (0)
massiR (81)
MassSpecWavelet (922)
MAST (498)
matchBox (75)
matchprobes (0)
Matrix (0)
MatrixRider (77)
matter (133)
MaxContrastProjection (80)
MBAmethyl (69)
MBASED (86)
MBCB (85)
mBPCR (82)
MBttest (66)
mcaGUI (78)
MCbiclust (91)
MCRestimate (85)
mCSEA (62)
mdgsa (98)
mdp (61)
mdqc (83)
MDTS (48)
MEAL (77)
MeasurementError.cor (76)
MEDIPS (143)
MEDME (75)
MEIGOR (101)
Melissa (1)
mergemaid (0)
MergeMaid (117)
Mergeomics (86)
MeSHDbi (186)
meshes (100)
meshr (116)
MeSHSim (9)
messina (74)
metaArray (105)
metaarray (0)
Metab (96)
metabomxtr (98)
MetaboSignal (85)
metaCCA (82)
MetaCyto (89)
metagene (103)
metagenomeFeatures (97)
metagenomeSeq (550)
MetaGxOvarian (12)
metahdep (76)
metaMS (114)
MetaNeighbor (68)
metaR (0)
metaSeq (90)
metaseqR (117)
metavizr (83)
metaX (4)
MetCirc (81)
methimpute (76)
methInheritSim (74)
MethPed (80)
MethTargetedNGS (74)
methVisual (86)
methyAnalysis (153)
MethylAid (91)
methylGSA (20)
methylInheritance (77)
methylKit (521)
MethylMix (132)
methylMnM (77)
methylPipe (116)
MethylSeekR (100)
methylumi (1097)
methyvim (73)
MetID (12)
MetNet (23)
mfa (90)
Mfuzz (290)
mfuzz (0)
MGFM (79)
MGFR (91)
mgsa (107)
MiChip (77)
microbiome (420)
microRNA (162)
MIGSA (81)
mimager (70)
MIMOSA (95)
MineICA (92)
minet (680)
minfi (1798)
MinimumDistance (77)
MiPP (82)
MIRA (89)
MiRaGE (91)
miRBaseConverter (85)
miRcomp (74)
mirIntegrator (83)
miRLAB (92)
miRmine (66)
miRNAmeConverter (82)
miRNApath (91)
miRNAtap (133)
miRSM (13)
miRsponge (73)
miRspongeR (0)
Mirsynergy (83)
missMethyl (599)
missRows (45)
mitoODE (73)
mixOmics (371)
MLInterfaces (378)
mlm4omics (10)
MLP (107)
MLSeq (150)
MMDiff (4)
MMDiff2 (77)
mmgmos (0)
mmnet (10)
MmPalateMiRNA (80)
MODA (82)
mogsa (87)
monocle (1348)
MoonlightR (91)
MoPS (75)
mosaics (141)
motifbreakR (103)
motifcounter (87)
MotifDb (325)
motifmatchr (194)
motifRG (121)
motifStack (467)
MotIV (445)
MPFE (71)
mpra (77)
MPRAnalyze (20)
mQTL.NMR (75)
msa (756)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (80)
MSGFgui (155)
MSGFplus (225)
msmsEDA (190)
msmsTests (175)
MSnbase (1439)
MSnID (214)
msPurity (95)
msQC (0)
MSstats (302)
MSstatsQC (76)
MSstatsQCgui (48)
MSstatsTMT (26)
mtbls2 (0)
MTseeker (9)
Mulcom (139)
MultiAssayExperiment (740)
multiClust (131)
MultiDataSet (109)
multiHiCcompare (14)
MultiMed (76)
multiMiR (111)
multiOmicsViz (74)
multiscan (76)
multtest (6034)
muscle (178)
MutationalPatterns (213)
MVCClass (82)
mvGST (30)
MWASTools (99)
mygene (364)
myvariant (103)
mzID (1237)
mzR (1416)

N

NADfinder (71)
NanoStringDiff (121)
NanoStringQCPro (126)
NarrowPeaks (88)
NBSplice (25)
ncdfFlow (507)
NCIgraph (85)
ndexr (91)
neaGUI (7)
NeighborNet (11)
nem (141)
netbenchmark (86)
netbiov (116)
NetCRG (0)
nethet (86)
NetPathMiner (105)
netprioR (73)
netReg (73)
netresponse (89)
NetSAM (79)
netSmooth (57)
networkBMA (87)
NGScopy (79)
nnNorm (82)
NOISeq (580)
nondetects (89)
normalize450K (71)
NormalyzerDE (21)
NormqPCR (287)
normr (88)
npGSEA (87)
NTW (74)
nucleoSim (76)
nucleR (101)
nucler (0)
nuCpos (12)
nudge (60)
NuPoP (82)

O

occugene (75)
OCplus (146)
odseq (71)
OGSA (77)
oligo (1710)
oligoClasses (1826)
OLIN (84)
OLINgui (81)
OmaDB (54)
omicade4 (104)
omiccircos (0)
OmicCircos (255)
omicplotR (60)
omicRexposome (74)
OmicsMarkeR (103)
OMICsPCA (12)
omicsPrint (59)
Onassis (75)
oncomix (66)
OncoScore (86)
OncoSimulR (93)
oneChannelGUI (31)
oneSENSE (70)
onlineFDR (13)
ontoCAT (41)
ontoProc (71)
ontoTools (0)
openCyto (258)
openPrimeR (93)
openPrimeRui (68)
OperaMate (25)
oposSOM (105)
oppar (73)
OPWeight (90)
OrderedList (212)
ORFik (71)
Organism.dplyr (224)
OrganismDbi (2160)
OSAT (96)
Oscope (97)
OTUbase (83)
OutlierD (102)
OUTRIDER (21)
OVESEG (2)

P

PAA (99)
PADOG (212)
PAIRADISE (2)
paircompviz (82)
pairseqsim (0)
pamr (3)
PAN (0)
pandaR (99)
panelcn.mops (76)
PAnnBuilder (71)
panp (96)
PANR (89)
PanVizGenerator (82)
PAPi (97)
parglms (73)
parody (133)
Path2PPI (89)
pathifier (227)
PathNet (91)
PathoStat (94)
pathprint (69)
pathRender (84)
pathVar (77)
pathview (2447)
PathwaySplice (84)
PatientGeneSets (1)
paxtoolsr (135)
Pbase (93)
pbcmc (64)
pcaExplorer (288)
pcaGoPromoter (134)
pcaMethods (2555)
PCAN (74)
PCAtools (2)
pcot2 (131)
PCpheno (78)
pcxn (68)
pdInfoBuilder (151)
pdmclass (23)
PECA (88)
PepsNMR (13)
pepStat (84)
pepXMLTab (85)
perturbatr (50)
PGA (88)
pgca (69)
PGSEA (235)
pgUtils (1)
phantasus (51)
PharmacoGx (151)
phemd (1)
phenoDist (61)
phenopath (82)
phenoTest (127)
PhenStat (86)
philr (116)
phosphonormalizer (68)
phyloseq (2757)
Pi (81)
piano (335)
pickgene (78)
PICS (148)
Pigengene (96)
PING (79)
pint (81)
pkgDepTools (100)
plateCore (90)
plethy (76)
plgem (108)
plier (220)
plotGrouper (17)
PLPE (83)
plrs (76)
plw (77)
plyranges (101)
pmm (71)
podkat (82)
pogos (58)
polyester (156)
Polyfit (88)
POST (69)
PowerExplorer (54)
powerTCR (49)
PPInfer (85)
ppiStats (93)
pqsfinder (87)
prada (267)
prebs (87)
PrecisionTrialDrawer (4)
PREDA (93)
predictionet (55)
preprocessCore (8922)
primirTSS (12)
Prize (78)
proBAMr (97)
PROcess (165)
procoil (83)
ProCoNA (65)
proFIA (84)
profileScoreDist (69)
progeny (97)
pRoloc (273)
pRolocGUI (94)
PROMISE (81)
PROPER (108)
PROPS (68)
Prostar (119)
prot2D (81)
proteinProfiles (74)
ProteomicsAnnotationHubData (80)
ProteoMM (21)
proteoQC (86)
ProtGenerics (4523)
PSEA (81)
psichomics (110)
PSICQUIC (105)
psygenet2r (90)
puma (149)
PureCN (147)
pvac (82)
pvca (161)
Pviz (94)
PWMEnrich (142)
pwOmics (83)
pxr (0)

Q

qcmetrics (100)
QDNAseq (199)
qpcrNorm (91)
qpgraph (187)
qPLEXanalyzer (17)
qrqc (168)
qsea (78)
QSutils (14)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (100)
quantro (118)
quantsmooth (388)
QuartPAC (79)
QuasR (301)
QuaternaryProd (85)
QUBIC (117)
qusage (239)
qvalue (5797)

R

R3CPET (75)
r3Cseq (140)
R453Plus1Toolbox (86)
R4RNA (82)
RaggedExperiment (496)
rain (99)
rama (84)
ramigo (0)
RamiGO (89)
ramwas (82)
RandomWalkRestartMH (51)
randPack (83)
RankProd (397)
RareVariantVis (79)
Rariant (82)
RbcBook1 (102)
RBGL (6156)
RBioinf (91)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (155)
RBM (75)
Rbowtie (302)
Rbowtie2 (199)
rbsurv (120)
Rcade (99)
RCAS (85)
RCASPAR (77)
rcellminer (97)
rCGH (104)
Rchemcpp (102)
RchyOptimyx (87)
RcisTarget (212)
RCM (2)
RConferoMapping (0)
Rcpi (132)
Rcwl (1)
RCy3 (359)
RCyjs (91)
RCytoscape (116)
RDAVIDWebService (404)
Rdbi (1)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (88)
Rdisop (286)
RDRToolbox (165)
ReactomePA (886)
readat (107)
ReadqPCR (294)
reb (75)
REBET (12)
recount (301)
recoup (86)
RedeR (161)
REDseq (127)
RefNet (75)
RefPlus (83)
regioneR (957)
regionReport (154)
regsplice (87)
REMP (91)
Repitools (249)
ReportingTools (994)
reposTools (0)
ReQON (79)
Resourcerer (1)
restfulSE (105)
rexposome (71)
rfcdmin (0)
rflowcyt (1)
rfPred (84)
rGADEM (531)
RGalaxy (86)
Rgin (50)
RGMQL (55)
RGraph2js (72)
Rgraphviz (5951)
rGREAT (142)
RGSEA (121)
rgsepd (88)
rhdf5 (6791)
rhdf5client (113)
Rhdf5lib (5541)
Rhisat2 (3)
Rhtslib (876)
rHVDM (75)
RiboProfiling (109)
riboSeq (0)
riboSeqR (98)
RImmPort (83)
Ringo (297)
Rintact (0)
RIPSeeker (135)
Risa (87)
RITAN (75)
RIVER (78)
RJMCMCNucleosomes (81)
RLMM (76)
RMAGEML (1)
Rmagpie (81)
RMAPPER (1)
RMassBank (108)
rMAT (82)
rmelting (1)
RmiR (77)
rmir (0)
Rmmquant (23)
RNAdecay (45)
RNAinteract (87)
RNAither (91)
rnaither (0)
RNAprobR (76)
rnaseqcomp (81)
RnaSeqGeneEdgeRQL (36)
rnaSeqMap (97)
RNASeqPower (163)
RNASeqR (12)
RnaSeqSampleSize (117)
RnBeads (259)
Rnits (79)
roar (94)
ROC (887)
Roleswitch (101)
Rolexa (4)
rols (273)
roma (3)
ROntoTools (103)
ropls (395)
ROTS (176)
RPA (115)
RProtoBufLib (446)
RpsiXML (109)
rpx (310)
Rqc (123)
rqt (76)
rqubic (118)
rRDP (88)
Rredland (1)
RRHO (100)
Rsamtools (11929)
rsbml (132)
rScudo (5)
RSeqAn (48)
rSFFreader (56)
RSNPper (0)
Rsubread (1132)
RSVSim (87)
rTANDEM (193)
RTCA (95)
RTCGA (505)
RTCGAToolbox (532)
RTN (135)
RTNduals (79)
RTNsurvival (73)
RTools4TB (1)
RTopper (81)
rtracklayer (10949)
Rtreemix (83)
rTRM (90)
rTRMui (76)
runibic (92)
Ruuid (1)
RUVcorr (88)
RUVnormalize (94)
RUVSeq (748)
RVS (78)
RWebServices (3)
rWikiPathways (75)

S

S4Vectors (23562)
safe (392)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (80)
SAGx (162)
samExploreR (68)
sampleClassifier (85)
SamSPECTRAL (129)
sangerseqR (251)
SANTA (87)
sapFinder (75)
saps (3)
savR (104)
sbgr (2)
SBMLR (95)
SC3 (504)
Scale4C (65)
SCAN.UPC (295)
scater (1690)
SCBN (12)
scDD (146)
scde (382)
scFeatureFilter (47)
scfind (106)
ScISI (96)
scmap (169)
scmeth (58)
SCnorm (184)
scone (193)
Sconify (63)
scoreInvHap (67)
scPipe (120)
scran (1155)
scruff (11)
scsR (75)
scTensor (4)
SDAMS (59)
segmentSeq (133)
SELEX (84)
SemDist (77)
semisup (72)
SemSim (0)
SEPA (74)
SEPIRA (47)
seq2pathway (88)
SeqArray (289)
seqbias (90)
seqCAT (77)
seqCNA (87)
seqcombo (83)
SeqGSEA (203)
seqLogo (1122)
Seqnames (0)
seqPattern (303)
seqplots (163)
seqsetvis (52)
SeqSQC (68)
seqTools (121)
SeqVarTools (230)
sesame (92)
sevenbridges (108)
sevenC (47)
SGSeq (158)
shinyMethyl (151)
shinyTANDEM (88)
ShortRead (4506)
shortread (0)
SIAMCAT (61)
SICtools (51)
sidap (0)
sigaR (91)
SigCheck (78)
sigFeature (23)
SigFuge (75)
siggenes (1860)
sights (90)
signeR (111)
signet (53)
sigPathway (158)
sigsquared (71)
SIM (81)
SIMAT (94)
SimBindProfiles (74)
SIMD (11)
similaRpeak (80)
SIMLR (173)
simpleaffy (765)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (79)
sincell (107)
SingleCellExperiment (1818)
singleCellTK (74)
singscore (54)
SISPA (72)
sizepower (90)
SJava (3)
skewr (69)
slalom (89)
SLGI (80)
slingshot (69)
slinky (17)
SLqPCR (94)
SMAD (1)
SMAP (73)
SMITE (94)
SNAData (0)
SNAGEE (76)
snapCGH (99)
snm (160)
snpAssoc (0)
SNPchip (256)
SNPediaR (92)
SNPhood (80)
snpMatrix (6)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (816)
snpStats (1218)
soGGi (97)
SomatiCA (7)
SomaticSignatures (237)
SpacePAC (82)
spade (20)
sparseDOSSA (72)
sparsenetgls (15)
SparseSignatures (54)
SpatialCPie (1)
specL (88)
SpeCond (130)
SpectralTAD (0)
SPEM (92)
SPIA (560)
SpidermiR (115)
spikeLI (72)
spkTools (81)
splatter (230)
splicegear (77)
spliceR (111)
spliceSites (82)
SplicingGraphs (143)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (81)
SPLINTER (87)
splots (221)
SPONGE (68)
spotSegmentation (80)
SQUADD (76)
SRAdb (510)
sRAP (81)
SRGnet (70)
srnadiff (57)
sscore (81)
sscu (75)
sSeq (169)
ssize (109)
SSPA (305)
ssviz (88)
stageR (91)
stam (0)
STAN (95)
staRank (85)
StarBioTrek (79)
Starr (82)
STATegRa (90)
statTarget (127)
stepNorm (80)
stepwiseCM (10)
strandCheckR (12)
Streamer (80)
STRINGdb (449)
STROMA4 (81)
subSeq (110)
SummarizedBenchmark (62)
SummarizedExperiment (14850)
supraHex (349)
survcomp (542)
Sushi (307)
sva (4018)
SVAPLSseq (82)
SVM2CRM (71)
SWATH2stats (109)
SwathXtend (74)
swfdr (70)
SwimR (73)
switchBox (92)
switchde (97)
synapter (166)
synergyfinder (128)
synlet (83)
systemPipeR (825)
systemPipeRdata (0)

T

TargetScore (96)
TargetSearch (85)
targetsearch (0)
TarSeqQC (86)
TCC (225)
TCGAbiolinks (1370)
TCGAbiolinksGUI (214)
TCGAutils (200)
TCseq (122)
TDARACNE (84)
tdaracne (0)
tenXplore (74)
TEQC (107)
ternarynet (72)
TFARM (66)
TFBSTools (463)
TFEA.ChIP (61)
TFHAZ (64)
TFutils (59)
tiger (0)
tigre (84)
tilingArray (119)
timecourse (113)
TimerQuant (0)
timescape (83)
TimeSeriesExperiment (23)
TIN (73)
TissueEnrich (72)
TitanCNA (130)
tkWidgets (610)
TMixClust (82)
TnT (74)
tofsims (90)
ToPASeq (88)
topconfects (1)
topdownr (69)
topGO (2431)
topicmodels (0)
TPP (116)
tracktables (92)
trackViewer (209)
transcriptogramer (73)
transcriptR (92)
transite (12)
tRanslatome (79)
TransView (92)
traseR (77)
treeio (1372)
trena (61)
TReNA (18)
Trendy (62)
triform (73)
trigger (77)
trio (105)
triplex (85)
tRNA (14)
tRNAdbImport (10)
tRNAscanImport (45)
TRONCO (116)
TSCAN (184)
tspair (92)
TSRchitect (84)
TSSi (78)
TTMap (47)
TurboNorm (80)
TVTB (75)
tweeDEseq (121)
twilight (211)
twoddpcr (78)
tximeta (36)
tximport (2512)
TxRegInfra (44)
TypeInfo (75)

U

Ularcirc (16)
UNDO (79)
unifiedWMWqPCR (74)
UniProt.ws (275)
Uniquorn (80)
universalmotif (21)
uSORT (83)

V

VanillaICE (110)
variancePartition (167)
VariantAnnotation (5570)
VariantFiltering (107)
VariantTools (129)
vbmp (122)
VCFArray (3)
Vega (75)
VegaMC (75)
vidger (84)
viper (210)
virtualArray (11)
vsn (3046)
vtpnet (70)
vulcan (65)

W

wateRmelon (585)
wavClusteR (94)
waveTiling (78)
weaver (106)
webbioc (83)
widgetInvoke (0)
widgetTools (625)
wiggleplotr (97)
Wrench (13)

X

XBSeq (98)
xcms (1078)
XDE (75)
XINA (22)
xmapbridge (75)
xmapcore (1)
xps (87)
XVector (17511)
xvector (0)

Y

y2hStat (0)
yamss (84)
YAPSA (96)
yaqcaffy (103)
yarn (87)

Z

zFPKM (101)
zinbwave (359)
zlibbioc (19476)