See download stats for:     Bioconductor annotation packages     Bioconductor experiment packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor software packages

Data as of Mon. 09 Sep 2024.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).

Top 75

1 BiocVersion (59696) 26 edgeR (23377) 51 genefilter (12657)
2 GenomeInfoDb (58151) 27 DESeq2 (21641) 52 multtest (12571)
3 BiocGenerics (56771) 28 rtracklayer (21535) 53 BiocSingular (12383)
4 S4Vectors (56685) 29 ggtree (20802) 54 VariantAnnotation (12303)
5 zlibbioc (52831) 30 GenomicFeatures (20133) 55 ScaledMatrix (12243)
6 IRanges (52272) 31 rhdf5 (19929) 56 ProtGenerics (11909)
7 XVector (48810) 32 treeio (19911) 57 AnnotationHub (11646)
8 Biobase (48279) 33 BiocIO (19869) 58 UCSC.utils (11494)
9 Biostrings (47143) 34 rhdf5filters (19282) 59 AnnotationFilter (10931)
10 GenomicRanges (43959) 35 graph (18834) 60 BiocNeighbors (10701)
11 DelayedArray (42204) 36 clusterProfiler (18628) 61 impute (10569)
12 BiocParallel (41647) 37 DOSE (18261) 62 ensembldb (10162)
13 MatrixGenerics (39745) 38 annotate (17931) 63 Rgraphviz (9867)
14 SummarizedExperiment (38797) 39 enrichplot (17784) 64 scuttle (9777)
15 S4Arrays (38553) 40 qvalue (17464) 65 RBGL (9452)
16 KEGGREST (36853) 41 GOSemSim (17303) 66 GEOquery (9436)
17 AnnotationDbi (36294) 42 fgsea (17111) 67 interactiveDisplayBase (8934)
18 SparseArray (32933) 43 BSgenome (16634) 68 GSEABase (8923)
19 limma (32245) 44 DelayedMatrixStats (16212) 69 affyio (8308)
20 BiocFileCache (26385) 45 beachmat (15670) 70 affy (8266)
21 Rhtslib (24919) 46 sparseMatrixStats (15522) 71 ExperimentHub (7573)
22 Rhdf5lib (24272) 47 SingleCellExperiment (15274) 72 sva (7362)
23 GenomicAlignments (24262) 48 ComplexHeatmap (14724) 73 scater (7167)
24 Rsamtools (23788) 49 preprocessCore (14168) 74 GSVA (6418)
25 biomaRt (23609) 50 HDF5Array (13745) 75 ShortRead (6296)

All software packages

All software package stats in one file:  bioc_pkg_stats.tab

All software download scores in one file:  bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (96)

a4Base (163)

a4Classif (125)

a4Core (176)

a4Preproc (184)

a4Reporting (124)

ABAEnrichment (15)

ABarray (94)

abseqR (65)

ABSSeq (127)

acde (72)

ACE (96)

aCGH (227)

ACME (99)

ADaCGH2 (86)

ADAM (171)

ADAMgui (101)

adaptest (7)

adductomicsR (63)

ADImpute (77)

adSplit (84)

adverSCarial (41)

AffiXcan (63)

affxparser (1623)

affy (8266)

affycomp (106)

AffyCompatible (33)

affyContam (130)

affycoretools (400)

AffyExpress (23)

affyILM (92)

affyio (8308)

affylmGUI (102)

affyPara (24)

affypdnn (22)

affyPLM (1127)

affyQCReport (28)

AffyRNADegradation (72)

AffyTiling (14)

AGDEX (75)

aggregateBioVar (77)

Agi4x44PreProcess (7)

agilp (100)

AgiMicroRna (144)

AHMassBank (56)

AIMS (420)

airpart (70)

alabaster (52)

alabaster.base (1300)

alabaster.bumpy (92)

alabaster.files (46)

alabaster.mae (96)

alabaster.matrix (1274)

alabaster.ranges (1242)

alabaster.sce (469)

alabaster.schemas (1135)

alabaster.se (1180)

alabaster.spatial (91)

alabaster.string (108)

alabaster.vcf (99)

ALDEx2 (1190)

alevinQC (89)

AllelicImbalance (110)

AlphaBeta (60)

AlphaMissenseR (29)

alpine (37)

ALPS (5)

AlpsNMR (71)

alsace (18)

altcdfenvs (130)

AMARETTO (172)

AMOUNTAIN (101)

amplican (90)

ampliQueso (14)

AnalysisPageServer (10)

anamiR (9)

Anaquin (63)

ANCOMBC (1237)

AneuFinder (95)

ANF (59)

animalcules (174)

annaffy (277)

AnnBuilder (4)

annmap (121)

annotate (17931)

AnnotationDbi (36294)

AnnotationFilter (10931)

AnnotationForge (2311)

AnnotationFuncs (24)

AnnotationHub (11646)

AnnotationHubData (371)

annotationTools (138)

annotatr (479)

anota (95)

anota2seq (85)

antiProfiles (72)

AnVIL (564)

AnVILBilling (54)

AnVILPublish (64)

AnVILWorkflow (47)

APAlyzer (77)

apComplex (79)

apeglm (3545)

APL (172)

applera (1)

appreci8R (98)

aroma.light (1993)

ArrayExpress (442)

ArrayExpressHTS (23)

arrayMagic (3)

arrayMvout (75)

arrayQCplot (1)

arrayQuality (140)

arrayQualityMetrics (483)

ArrayTools (25)

ArrayTV (20)

ARRmNormalization (73)

artMS (85)

ASAFE (60)

ASEB (73)

ASGSCA (67)

ASICS (95)

asmn (4)

ASpediaFI (9)

ASpli (109)

AssessORF (115)

ASSET (115)

ASSIGN (124)

ASURAT (67)

ATACCoGAPS (50)

ATACseqQC (377)

ATACseqTFEA (66)

atena (114)

AtlasRDF (10)

atSNP (83)

attract (87)

AUCell (2336)

autonomics (57)

Autotuner (7)

AWFisher (67)

awst (56)

B

BaalChIP (68)

BAC (21)

bacon (111)

BADER (72)

BadRegionFinder (65)

BAGS (77)

ballgown (660)

bambu (281)

bamsignals (1074)

BANDITS (118)

bandle (62)

Banksy (60)

banocc (87)

barcodetrackR (60)

basecallQC (73)

BaseSpaceR (74)

Basic4Cseq (76)

BASiCS (166)

BASiCStan (88)

BasicSTARRseq (64)

basilisk (4215)

basilisk.utils (3874)

batchelor (3936)

BatchQC (110)

BayesKnockdown (62)

BayesPeak (22)

BayesSpace (241)

bayNorm (88)

baySeq (466)

BBCAnalyzer (66)

BCRANK (82)

bcSeq (66)

BDMMAcorrect (31)

beachmat (15670)

beachmat.hdf5 (79)

beadarray (730)

beadarraySNP (53)

BeadDataPackR (639)

BeadExplorer (2)

BEARscc (61)

BEAT (70)

BEclear (78)

beer (60)

benchdamic (85)

BERT (23)

betaHMM (22)

betr (15)

bettr (21)

BG2 (54)

bgafun (19)

BgeeCall (51)

BgeeDB (136)

BGmix (22)

bgx (78)

BHC (86)

BicARE (144)

BiFET (64)

BiGGR (76)

bigmelon (72)

bigmemoryExtras (19)

bigPint (24)

bim (2)

BindingSiteFinder (64)

bioassayR (83)

Biobase (48279)

biobroom (211)

biobtreeR (55)

bioCancer (80)

BioCartaImage (43)

BiocBaseUtils (6168)

BiocBook (53)

BiocCaseStudies (23)

BiocCheck (1639)

biocDatasets (3)

BiocDockerManager (13)

BiocFHIR (52)

BiocFileCache (26385)

BiocGenerics (56771)

biocGraph (219)

BiocHail (39)

BiocHubsShiny (84)

BiocInstaller (384)

BiocIO (19869)

BiocNeighbors (10701)

BiocOncoTK (81)

BioCor (85)

BiocParallel (41647)

BiocPkgTools (155)

biocroxytest (31)

BiocSet (291)

BiocSingular (12383)

BiocSklearn (76)

BiocStyle (6215)

biocthis (247)

BiocVersion (59696)

biocViews (4314)

BiocWorkflowTools (176)

biodb (193)

biodbChebi (88)

biodbExpasy (53)

biodbHmdb (67)

biodbKegg (71)

biodbLipidmaps (43)

biodbMirbase (27)

biodbNcbi (54)

biodbNci (61)

biodbUniprot (53)

bioDist (262)

biomaRt (23609)

BioMedR (3)

biomformat (5546)

BioMM (14)

BioMVCClass (73)

biomvRCNS (73)

BioNAR (71)

BioNERO (309)

BioNet (284)

BioNetStat (85)

BioQC (126)

BioSeqClass (22)

biosigner (99)

Biostrings (47143)

biosvd (19)

BioTIP (79)

biotmle (66)

biovizBase (5478)

BiRewire (131)

birta (22)

birte (8)

biscuiteer (75)

BiSeq (153)

BitSeq (27)

blacksheepr (72)

blima (64)

BLMA (76)

BloodGen3Module (156)

bluster (5342)

bnbc (174)

bnem (66)

BOBaFIT (62)

borealis (58)

BPRMeth (104)

BRAIN (125)

brainflowprobes (45)

brainImageR (2)

BrainSABER (9)

BrainStars (19)

branchpointer (86)

breakpointR (66)

brendaDb (57)

BREW3R.r (19)

BRGenomics (131)

bridge (23)

BridgeDbR (83)

BrowserViz (174)

BrowserVizDemo (4)

BSgenome (16634)

BSgenomeForge (127)

bsseq (1463)

BubbleTree (79)

BufferedMatrix (100)

BufferedMatrixMethods (72)

bugsigdbr (161)

BUMHMM (87)

bumphunter (2819)

BumpyMatrix (556)

BUS (66)

BUScorrect (58)

BUSpaRse (209)

BUSseq (59)

C

CaDrA (41)

CAEN (48)

CAFE (81)

CAGEfightR (218)

cageminer (66)

CAGEr (186)

CALIB (24)

calm (48)

CAMERA (505)

CAMTHC (5)

CaMutQC (21)

canceR (101)

cancerclass (155)

CancerInSilico (21)

CancerMutationAnalysis (21)

CancerSubtypes (90)

CAnD (13)

caOmicsV (9)

cardelino (67)

Cardinal (191)

CardinalIO (152)

CARNIVAL (147)

casper (70)

CATALYST (558)

Category (1871)

categoryCompare (83)

CausalR (69)

cbaf (69)

CBEA (122)

cBioPortalData (435)

CBNplot (143)

cbpManager (57)

ccfindR (96)

ccImpute (55)

ccmap (85)

CCPlotR (57)

CCPROMISE (69)

ccrepe (108)

CDI (41)

celaref (76)

celda (729)

CellaRepertorium (45)

CellBarcode (69)

cellbaseR (84)

CellBench (132)

cellGrowth (17)

cellHTS (15)

cellHTS2 (228)

CelliD (244)

cellity (69)

CellMapper (70)

cellmigRation (52)

CellMixS (82)

CellNOptR (197)

cellscape (54)

CellScore (60)

CellTrails (62)

cellTree (16)

cellxgenedp (98)

CEMiTool (143)

censcyt (61)

Cepo (200)

ceRNAnetsim (51)

CeTF (87)

CexoR (74)

CFAssay (56)

cfdnakit (54)

cfDNAPro (76)

cfTools (51)

CGEN (70)

CGHbase (436)

CGHcall (399)

cghMCR (80)

CGHnormaliter (78)

CGHregions (94)

ChAMP (612)

CHARGE (8)

charm (23)

ChemmineOB (318)

ChemmineR (825)

CHETAH (98)

ChIC (16)

Chicago (97)

chihaya (70)

chimera (24)

chimeraviz (114)

ChIPanalyser (69)

ChIPComp (71)

chipenrich (165)

ChIPexoQual (75)

ChIPpeakAnno (1038)

ChIPQC (366)

ChIPseeker (1833)

chipseq (638)

ChIPseqR (95)

ChIPSeqSpike (11)

ChIPsim (91)

ChIPXpress (95)

chopsticks (100)

chroGPS (19)

chromDraw (63)

ChromHeatMap (132)

ChromoViz (3)

chromPlot (193)

ChromSCape (67)

chromstaR (94)

chromswitch (21)

chromVAR (1145)

CHRONOS (68)

cicero (218)

CIMICE (55)

CINdex (74)

circRNAprofiler (80)

CircSeqAlignTk (59)

cisPath (62)

CiteFuse (89)

ClassifyR (345)

cleanUpdTSeq (113)

cleaver (210)

clevRvis (61)

clippda (75)

clipper (104)

cliProfiler (53)

cliqueMS (128)

Clomial (62)

Clonality (28)

clonotypeR (24)

clst (99)

clstutils (66)

CluMSID (71)

ClustAll (27)

clustComp (68)

clusterExperiment (345)

ClusterFoldSimilarity (22)

ClusterJudge (63)

clusterProfiler (18628)

clusterSeq (62)

ClusterSignificance (63)

clusterStab (90)

clustifyr (147)

ClustIRR (52)

CMA (125)

cmapR (404)

cn.farms (72)

cn.mops (265)

CNAnorm (72)

CNEr (3406)

CNORdt (73)

CNORfeeder (80)

CNORfuzzy (78)

CNORode (96)

CNPBayes (9)

CNTools (142)

CNVfilteR (65)

CNVgears (31)

cnvGSA (76)

CNViz (59)

CNVMetrics (55)

CNVPanelizer (69)

CNVRanger (123)

CNVrd2 (72)

CNVtools (17)

cobindR (18)

CoCiteStats (67)

COCOA (81)

codelink (87)

CODEX (115)

coexnet (15)

CoGAPS (314)

cogena (91)

cogeqc (72)

Cogito (51)

coGPS (67)

COHCAP (54)

cola (129)

comapr (62)

combi (92)

coMET (86)

coMethDMR (67)

compartmap (34)

COMPASS (87)

compcodeR (90)

compEpiTools (78)

CompGO (16)

ComplexHeatmap (14724)

CompoundDb (265)

ComPrAn (57)

compSPOT (36)

conclus (7)

concordexR (73)

condcomp (3)

condiments (95)

CONFESS (80)

consensus (54)

ConsensusClusterPlus (3041)

consensusDE (72)

consensusOV (124)

consensusSeekeR (103)

consICA (159)

CONSTANd (53)

contiBAIT (48)

conumee (165)

convert (154)

copa (68)

COPDSexualDimorphism (3)

copynumber (133)

CopyNumber450k (8)

CopyNumberPlots (161)

CopywriteR (30)

coRdon (183)

CoRegFlux (3)

CoRegNet (40)

CoreGx (370)

Cormotif (75)

CorMut (18)

coRNAi (16)

corral (81)

CORREP (49)

coseq (147)

CoSIA (54)

cosmiq (113)

cosmo (4)

cosmoGUI (5)

cosmosR (77)

COSNet (58)

COTAN (85)

CountClust (14)

countsimQC (240)

covEB (57)

CoverageView (75)

covRNA (64)

cpvSNP (66)

cqn (300)

CRImage (90)

CRISPRball (37)

crisprBase (163)

crisprBowtie (157)

crisprBwa (60)

crisprDesign (141)

crisprScore (168)

CRISPRseek (168)

crisprseekplus (30)

crisprShiny (24)

CrispRVariants (141)

crisprVerse (83)

crisprViz (122)

crlmm (287)

CrossICC (3)

crossmeta (179)

CSAR (86)

csaw (592)

csdR (49)

CSSP (23)

CSSQ (53)

ctc (285)

CTdata (48)

CTDquerier (60)

CTexploreR (24)

ctgGEM (6)

cTRAP (74)

ctsGE (65)

CTSV (60)

cummeRbund (238)

CuratedAtlasQueryR (63)

customCMPdb (70)

customProDB (97)

CVE (8)

cyanoFilter (56)

cycle (72)

cydar (96)

cypress (20)

CytoDx (80)

cytofast (5)

cytofkit (24)

CyTOFpower (55)

cytofQC (65)

CytoGLMM (99)

cytoKernel (66)

cytolib (2764)

cytomapper (330)

CytoMDS (20)

cytoMEM (98)

CytoML (459)

CytoPipeline (100)

CytoPipelineGUI (40)

CytoTree (14)

cytoviewer (103)

D

dada2 (2250)

dagLogo (93)

daMA (68)

DAMEfinder (64)

DaMiRseq (127)

DAPAR (143)

dar (22)

DART (72)

DASC (1)

DASiR (11)

dasper (13)

DAVIDQuery (9)

DBChIP (22)

dcanr (146)

DCATS (63)

dce (71)

dcGSA (58)

DChIPRep (12)

ddCt (100)

ddgraph (14)

ddPCRclust (79)

dearseq (210)

debCAM (65)

debrowser (176)

DECIPHER (2876)

deco (11)

DEComplexDisease (12)

decompTumor2Sig (138)

DeconRNASeq (244)

decontam (1696)

decontX (140)

deconvR (71)

decoupleR (1055)

DEDS (20)

DeepBlueR (39)

DeepPINCS (84)

deepSNV (167)

DEFormats (253)

DegCre (21)

DegNorm (59)

DEGraph (73)

DEGreport (610)

DEGseq (163)

DelayedArray (42204)

DelayedDataFrame (68)

DelayedMatrixStats (16212)

DelayedRandomArray (92)

DelayedTensor (54)

DELocal (78)

deltaCaptureC (57)

deltaGseg (63)

DeMAND (55)

DeMixT (99)

demuxmix (244)

demuxSNP (48)

densvis (2414)

DEP (510)

DepecheR (72)

DepInfeR (49)

DeProViR (24)

DEqMS (231)

derfinder (578)

derfinderHelper (575)

derfinderPlot (153)

DEScan2 (74)

DESeq (205)

DESeq2 (21641)

DEsingle (249)

DESpace (62)

destiny (680)

DEsubs (64)

DEWSeq (64)

DExMA (66)

DEXSeq (1510)

dexus (23)

DFP (73)

DIAlignR (57)

DiffBind (1080)

diffcoexp (211)

diffcyt (422)

DifferentialRegulation (60)

diffGeneAnalysis (66)

diffHic (113)

DiffLogo (71)

diffloop (29)

diffuStats (77)

diffUTR (59)

diggit (61)

Dino (60)

dinoR (19)

dir.expiry (3882)

Director (49)

DirichletMultinomial (4765)

discordant (87)

DiscoRhythm (69)

distinct (265)

dittoSeq (1450)

divergence (49)

dks (58)

DMCFB (57)

DMCHMM (59)

DMRcaller (89)

DMRcate (928)

DMRforPairs (27)

DMRScan (52)

dmrseq (213)

DNABarcodeCompatibility (49)

DNABarcodes (170)

DNAcopy (5233)

DNAfusion (54)

DNaseR (5)

DNAshapeR (83)

domainsignatures (17)

DominoEffect (65)

doppelgangR (180)

DOQTL (12)

Doscheda (68)

DOSE (18261)

doseR (55)

doubletrouble (69)

dpeak (20)

drawProteins (211)

dreamlet (67)

DRIMSeq (309)

DriverNet (65)

DropletUtils (2602)

drugTargetInteractions (63)

DrugVsDisease (143)

dSimer (8)

DSS (873)

dStruct (52)

DTA (90)

dualKS (23)

Dune (49)

DupChecker (7)

dupRadar (119)

dyebias (72)

DynDoc (1299)

E

easier (139)

EasyCellType (64)

easylift (47)

EasyqpcR (19)

easyreporting (57)

easyRNASeq (194)

EBarrays (227)

EBcoexpress (83)

EBImage (2702)

EBSEA (57)

EBSeq (394)

EBSeqHMM (43)

ecolitk (77)

EDASeq (1797)

edd (7)

EDDA (19)

edge (106)

edgeR (23377)

EDIRquery (43)

eds (383)

eegc (86)

EGAD (70)

EGSEA (188)

eiR (73)

eisa (21)

eisaR (117)

ELBOW (18)

ELMER (180)

EMDomics (78)

EmpiricalBrownsMethod (137)

ENCODExplorer (11)

EnhancedVolcano (4482)

enhancerHomologSearch (58)

EnMCB (63)

ENmix (238)

EnrichedHeatmap (574)

EnrichmentBrowser (591)

enrichplot (17784)

enrichTF (63)

enrichViewNet (52)

ensembldb (10162)

ensemblVEP (166)

ENVISIONQuery (17)

epialleleR (62)

EpiCompare (38)

epidecodeR (51)

EpiDISH (629)

epigenomix (71)

epigraHMM (66)

epihet (11)

EpiMix (54)

epimutacions (64)

epiNEM (154)

epiregulon (23)

epiregulon.extra (22)

epistack (54)

epistasisGA (48)

EpiTxDb (85)

epivizr (139)

epivizrChart (67)

epivizrData (140)

epivizrServer (148)

epivizrStandalone (67)

erccdashboard (83)

erma (104)

ERSSA (63)

esATAC (94)

escape (419)

escheR (122)

esetVis (77)

eudysbiome (54)

evaluomeR (60)

EventPointer (73)

EWCE (197)

ExCluster (49)

ExiMiR (69)

exomeCopy (285)

exomePeak (22)

exomePeak2 (93)

exonmap (5)

ExperimentHub (7573)

ExperimentHubData (298)

ExperimentSubset (73)

explorase (18)

ExploreModelMatrix (170)

ExpressionAtlas (210)

ExpressionView (22)

exprExternal (0)

externalVector (5)

extraChIPs (85)

F

fabia (191)

facopy (8)

factDesign (73)

factR (58)

faers (31)

FamAgg (81)

famat (63)

farms (45)

fastLiquidAssociation (64)

FastqCleaner (87)

fastreeR (77)

fastseg (765)

fbat (4)

FCBF (43)

fCCAC (63)

fCI (60)

fcoex (68)

fcScan (68)

fdrame (69)

FEAST (117)

FeatSeekR (44)

fedup (54)

FELLA (133)

FEM (23)

fenr (47)

ffpe (79)

fgga (54)

FGNet (119)

fgsea (17111)

FilterFFPE (62)

findIPs (24)

FindIT2 (58)

FindMyFriends (14)

FISHalyseR (57)

fishpond (259)

FitHiC (74)

flagme (64)

FLAMES (80)

flipflop (17)

flowAI (557)

flowBeads (71)

flowBin (75)

flowcatchR (75)

flowCHIC (67)

flowCL (23)

flowClean (206)

flowClust (823)

flowCore (2881)

flowCut (108)

flowCyBar (60)

flowDensity (271)

flowFit (19)

flowFlowJo (10)

flowFP (169)

flowGate (79)

flowGraph (53)

flowMap (46)

flowMatch (77)

flowMeans (164)

flowMerge (148)

flowPeaks (184)

flowPhyto (7)

flowPloidy (70)

flowPlots (65)

flowQ (15)

flowQB (22)

FlowRepositoryR (13)

FlowSOM (1108)

flowSpecs (81)

flowSpy (5)

flowStats (516)

flowTime (70)

flowTrans (98)

flowType (21)

flowUtils (45)

flowViz (1047)

flowVS (105)

flowWorkspace (1269)

fmcsR (275)

fmrs (124)

fobitools (62)

focalCall (9)

FoldGO (33)

FourCSeq (13)

FRASER (120)

frenchFISH (45)

FRGEpistasis (64)

frma (154)

frmaTools (86)

FScanR (20)

FunChIP (52)

FunciSNP (19)

funtooNorm (68)

FuseSOM (55)

G

GA4GHclient (116)

GA4GHshiny (71)

gaga (114)

gage (831)

gaggle (49)

gaia (27)

GAPGOM (10)

GAprediction (64)

garfield (62)

GARS (65)

GateFinder (67)

gatom (46)

gaucho (14)

GBScleanR (75)

gcapc (61)

gcatest (74)

gCMAP (21)

gCMAPWeb (18)

gCrisprTools (66)

gcrma (1330)

GCSConnection (5)

GCSFilesystem (6)

GCSscore (19)

GDCRNATools (306)

gDNAx (61)

gDR (44)

gDRcore (88)

gDRimport (91)

gDRstyle (79)

gDRutils (109)

GDSArray (192)

gdsfmt (2054)

GeDi (30)

geecc (12)

GEM (63)

gemini (55)

gemma.R (68)

genArise (65)

genbankr (99)

GENE.E (14)

gene2pathway (6)

GeneAccord (10)

GeneAnswers (27)

geneAttribution (70)

GeneBreak (70)

geneClassifiers (55)

GeneExpressionSignature (91)

genefilter (12657)

genefu (422)

GeneGA (58)

GeneGeneInteR (62)

GeneGroupAnalysis (3)

GeneMeta (112)

GeneNetworkBuilder (85)

GeneOverlap (481)

geneplast (109)

geneplotter (6229)

GeneR (7)

geneRecommender (66)

GeneRegionScan (74)

GeneRfold (3)

geneRxCluster (71)

GeneSelectMMD (114)

GeneSelector (20)

GENESIS (357)

GeneSpring (5)

GeneStructureTools (88)

geNetClassifier (155)

GeneticsBase (4)

GeneticsDesign (19)

GeneticsPed (108)

GeneTonic (315)

GeneTraffic (5)

GeneTS (3)

geneXtendeR (114)

GENIE3 (1198)

genoCN (63)

GenoGAM (13)

genomation (670)

GenomAutomorphism (43)

GenomeBase (1)

GenomeGraphs (27)

GenomeInfoDb (58151)

genomeIntervals (189)

genomes (82)

GenomicAlignments (24262)

GenomicDataCommons (1154)

GenomicDistributions (102)

GenomicFeatures (20133)

GenomicFiles (1328)

genomicInstability (61)

GenomicInteractionNodes (51)

GenomicInteractions (394)

GenomicOZone (79)

GenomicPlot (70)

GenomicRanges (43959)

GenomicScores (708)

GenomicSuperSignature (68)

GenomicTuples (60)

Genominator (23)

genoset (26)

genotypeeval (20)

GenoView (2)

genphen (11)

GenProSeq (46)

GenRank (8)

GenVisR (275)

GeoDiff (76)

GEOexplorer (66)

GEOfastq (81)

GEOmetadb (255)

GeomxTools (411)

GEOquery (9436)

GEOsearch (5)

GEOsubmission (74)

GeoTcgaData (121)

gep2pep (59)

gespeR (90)

getDEE2 (53)

geva (50)

GEWIST (57)

gff3Plotter (2)

gg4way (46)

GGBase (27)

ggbio (2145)

ggcyto (891)

ggkegg (318)

ggmanh (198)

ggmsa (523)

GGPA (51)

ggsc (63)

ggspavis (170)

GGtools (28)

ggtree (20802)

ggtreeDendro (62)

ggtreeExtra (1044)

ggtreeSpace (20)

GIGSEA (50)

ginmappeR (21)

gINTomics (13)

girafe (100)

GISPA (41)

GLAD (225)

GladiaTOX (54)

Glimma (1178)

glmGamPoi (4378)

glmSparseNet (192)

GlobalAncova (1116)

globalSeq (59)

globaltest (1907)

GloScope (47)

gmapR (181)

GmicR (68)

gmoviz (57)

GMRP (60)

GNET2 (55)

GNOSIS (55)

goCluster (1)

GOexpress (91)

GOfuncR (337)

GOFunction (21)

GoogleGenomics (7)

GOpro (160)

goProfiles (135)

GOSemSim (17303)

goseq (1288)

GOSim (109)

goSorensen (65)

goSTAG (68)

GOstats (1699)

GOsummaries (49)

GOTHiC (85)

goTools (74)

GPA (54)

gpart (18)

gpls (223)

gprege (18)

gpuMagic (57)

gQTLBase (16)

gQTLstats (15)

GrafGen (20)

gramm4R (5)

GRaNIE (134)

granulator (121)

graper (56)

graph (18834)

GraphAlignment (66)

GraphAT (77)

graphite (3051)

GraphPAC (111)

GRENITS (65)

GreyListChIP (1013)

GRmetrics (89)

groHMM (82)

GRridge (16)

GSALightning (57)

GSAR (106)

GSCA (68)

gscreend (49)

GSEABase (8923)

GSEABenchmarkeR (87)

GSEAlm (89)

GSEAmining (69)

gsean (66)

GSgalgoR (54)

GSReg (70)

GSRI (72)

GSVA (6418)

gtrellis (136)

GUIDEseq (86)

Guitar (134)

Gviz (3862)

GWAS.BAYES (61)

gwascat (650)

GWASTools (609)

gwasurvivr (97)

GWENA (238)

gypsum (975)

H

h5vc (97)

hapFabia (67)

Harman (178)

HarmonizR (57)

Harshlight (83)

hca (64)

HCABrowser (5)

HCAExplorer (4)

HCAMatrixBrowser (2)

HCsnip (14)

HDF5Array (13745)

HDTD (53)

heatmaps (290)

Heatplus (454)

HelloRanges (138)

HELP (67)

HEM (67)

hermes (149)

HERON (41)

Herper (147)

hexbin (28)

HGC (68)

hiAnnotator (115)

HIBAG (129)

HicAggR (19)

HiCBricks (151)

HiCcompare (276)

HiCDCPlus (88)

HiCDOC (107)

HiCExperiment (153)

HiContacts (106)

HiCool (68)

hicrep (11)

hicVennDiagram (46)

hierGWAS (66)

hierinf (47)

HilbertCurve (98)

HilbertVis (188)

HilbertVisGUI (45)

HiLDA (76)

hipathia (179)

HIPPO (51)

hiReadsProcessor (73)

HIREewas (55)

HiTC (143)

hmdbQuery (78)

HMMcopy (292)

hoodscanR (60)

hopach (342)

HPAanalyze (131)

hpar (275)

HPAStainR (10)

HPiP (56)

HTqPCR (149)

HTSanalyzeR (23)

HTSeqGenie (60)

htSeqTools (21)

HTSFilter (222)

HubPub (117)

HumanTranscriptomeCompendium (53)

hummingbird (49)

HybridExpress (35)

HybridMTest (137)

hypeR (96)

hyperdraw (124)

hypergraph (173)

I

iASeq (60)

iasva (69)

iBBiG (128)

ibh (63)

iBMQ (53)

iCARE (144)

Icens (478)

icetea (61)

iCheck (63)

iChip (66)

iClusterPlus (379)

iCNV (66)

iCOBRA (215)

ideal (105)

IdeoViz (76)

idiogram (71)

IdMappingAnalysis (16)

IdMappingRetrieval (19)

idpr (69)

idr2d (58)

IFAA (50)

iFlow (3)

iGC (64)

IgGeneUsage (54)

igvR (120)

igvShiny (25)

IHW (698)

illuminaio (2992)

ILoReg (48)

imageHTS (29)

IMAS (65)

imcRtools (227)

Imetagene (11)

IMMAN (56)

ImmuneSpaceR (56)

immunoClust (74)

immunotation (55)

IMPCdata (53)

ImpulseDE (7)

ImpulseDE2 (14)

impute (10569)

INDEED (49)

iNETgrate (50)

infercnv (1089)

infinityFlow (79)

Informeasure (45)

InPAS (74)

INPower (69)

inSilicoDb (15)

inSilicoMerging (16)

INSPEcT (77)

INTACT (51)

InTAD (62)

intansv (87)

interacCircos (65)

InteractionSet (1930)

InteractiveComplexHeatmap (411)

interactiveDisplay (110)

interactiveDisplayBase (8934)

InterCellar (77)

IntEREst (78)

InterMineR (94)

IntOMICS (28)

IntramiRExploreR (55)

inveRsion (19)

IONiseR (82)

iontree (16)

iPAC (138)

iPath (46)

ipdDb (160)

IPO (159)

IPPD (18)

IRanges (52272)

IRISFGM (72)

IrisSpatialFeatures (4)

ISAnalytics (60)

iSEE (471)

iSEEde (64)

iSEEfier (22)

iSEEhex (146)

iSEEhub (163)

iSEEindex (54)

iSEEpathways (51)

iSEEu (114)

iSeq (60)

ISLET (54)

iSNetwork (2)

isobar (91)

IsoBayes (42)

IsoCorrectoR (118)

IsoCorrectoRGUI (62)

IsoformSwitchAnalyzeR (264)

IsoGeneGUI (22)

ISoLDE (49)

isomiRs (175)

iSPlot (2)

ITALICS (71)

iterativeBMA (70)

iterativeBMAsurv (61)

iterClust (43)

iteremoval (11)

IVAS (86)

ivygapSE (58)

IWTomics (72)

J

jmosaics (10)

joda (18)

JunctionSeq (15)

K

karyoploteR (855)

katdetectr (68)

KBoost (46)

KCsmart (72)

kebabs (153)

KEGGgraph (5586)

KEGGlincs (76)

keggorth (3)

keggorthology (198)

KEGGprofile (27)

KEGGREST (36853)

KEGGSOAP (10)

kimod (8)

KinSwingR (58)

kissDE (68)

KnowSeq (63)

knowYourCG (18)

L

LACE (164)

lapmix (64)

LBE (227)

ldblock (93)

LEA (525)

LedPred (51)

lefser (568)

lemur (68)

les (103)

levi (51)

lfa (292)

limma (32245)

limmaGUI (87)

limpca (21)

LINC (10)

LineagePulse (36)

lineagespot (53)

LinkHD (61)

Linnorm (234)

LinTInd (55)

lionessR (57)

lipidr (187)

LiquidAssociation (93)

lisaClust (140)

lmdme (65)

LMGene (21)

LOBSTAHS (103)

loci2path (64)

logicFS (95)

logitT (32)

Logolas (10)

lol (14)

LOLA (296)

LoomExperiment (616)

LowMACA (19)

LPE (98)

LPEadj (43)

lpNet (80)

lpsymphony (1022)

LRBaseDbi (126)

LRcell (52)

lumi (1198)

lute (22)

LVSmiRNA (20)

LymphoSeq (72)

M

M3C (703)

M3D (11)

M3Drop (662)

m6Aboost (48)

maanova (29)

Maaslin2 (1025)

Macarron (102)

macat (50)

maCorrPlot (63)

MACPET (12)

MACSQuantifyR (47)

MACSr (111)

maDB (6)

made4 (272)

MADSEQ (63)

maftools (2538)

MAGAR (167)

MAGeCKFlute (376)

magpie (54)

magrene (53)

MAI (62)

maigesPack (46)

MAIT (108)

makecdfenv (188)

makePlatformDesign (4)

MANOR (69)

manta (20)

MantelCorr (58)

MAPFX (24)

mAPKL (16)

maPredictDSC (68)

mapscape (56)

mariner (61)

marr (57)

marray (1920)

martini (62)

maser (134)

maSigPro (263)

maskBAD (70)

MassArray (59)

massiR (66)

MassSpecWavelet (1938)

MAST (2104)

mastR (161)

matchBox (62)

matchprobes (4)

MatrixGenerics (39745)

MatrixQCvis (171)

MatrixRider (69)

matter (223)

MaxContrastProjection (11)

MBAmethyl (48)

MBASED (63)

MBCB (62)

MBECS (76)

mbkmeans (426)

mbOmic (8)

mBPCR (67)

MBQN (60)

mbQTL (51)

MBttest (56)

mcaGUI (20)

MCbiclust (61)

MCRestimate (20)

mCSEA (112)

mdgsa (13)

mdp (58)

mdqc (109)

MDTS (54)

MEAL (88)

MeasurementError.cor (62)

MEAT (52)

MEB (53)

MEDIPS (119)

MEDME (64)

megadepth (128)

MEIGOR (63)

Melissa (57)

memes (211)

MergeMaid (23)

Mergeomics (71)

MeSHDbi (268)

meshes (157)

meshr (150)

MeSHSim (4)

MesKit (79)

messina (65)

metaArray (22)

Metab (71)

metabCombiner (72)

metabinR (46)

MetaboAnnotation (251)

MetaboCoreUtils (1750)

metabolomicsWorkbenchR (85)

metabomxtr (63)

MetaboSignal (130)

metaCCA (163)

MetaCyto (82)

metagene (29)

metagene2 (73)

metagenomeFeatures (12)

metagenomeSeq (1686)

metahdep (65)

metaMS (144)

MetaNeighbor (96)

MetaPhOR (66)

metapod (4865)

metapone (63)

metaSeq (75)

metaseqR (23)

metaseqR2 (71)

metavizr (15)

MetaVolcanoR (50)

metaX (2)

MetCirc (82)

MethCP (8)

methimpute (67)

methInheritSim (76)

methodical (19)

MethPed (60)

MethReg (69)

methrix (88)

MethTargetedNGS (58)

methVisual (20)

methyAnalysis (26)

MethylAid (100)

methylCC (75)

methylclock (153)

methylGSA (120)

methyLImp2 (21)

methylInheritance (69)

methylKit (641)

MethylMix (101)

methylMnM (81)

methylPipe (137)

methylscaper (84)

MethylSeekR (142)

methylSig (80)

methylumi (1517)

methyvim (10)

MetID (58)

MetNet (58)

mfa (94)

Mfuzz (1263)

MGFM (69)

MGFR (73)

MGnifyR (26)

mgsa (113)

mia (1509)

miaSim (88)

miaViz (246)

MiChip (64)

microbiome (1694)

microbiomeDASim (63)

microbiomeExplorer (85)

microbiomeMarker (395)

MicrobiomeProfiler (123)

MicrobiotaProcess (524)

microRNA (163)

microSTASIS (51)

MICSQTL (45)

midasHLA (57)

MIGSA (16)

miloR (297)

mimager (72)

MIMOSA (29)

mina (48)

MineICA (85)

minet (818)

minfi (2439)

MinimumDistance (93)

MiPP (73)

miQC (111)

MIRA (121)

MiRaGE (77)

miRBaseConverter (103)

miRcomp (62)

mirIntegrator (74)

MIRit (35)

miRLAB (79)

miRmine (41)

miRNAmeConverter (64)

miRNApath (72)

miRNAtap (162)

miRSM (48)

miRsponge (7)

miRspongeR (43)

Mirsynergy (15)

mirTarRnaSeq (68)

missMethyl (996)

missRows (57)

mistyR (91)

mitch (65)

mitoClone2 (77)

mitoODE (16)

mixOmics (2683)

MLInterfaces (440)

mlm4omics (3)

MLP (160)

MLSeq (165)

MMAPPR2 (19)

MMDiff (12)

MMDiff2 (59)

mmgmos (2)

mmnet (12)

MmPalateMiRNA (21)

MMUPHin (135)

mnem (158)

moanin (175)

mobileRNA (22)

MobilityTransformR (75)

MODA (64)

ModCon (47)

Modstrings (210)

MOFA (7)

MOFA2 (486)

MOGAMUN (55)

mogsa (206)

MoleculeExperiment (75)

MOMA (60)

monaLisa (150)

monocle (3187)

Moonlight2R (55)

MoonlightR (88)

MoPS (10)

mosaics (162)

mosbi (51)

MOSim (62)

Motif2Site (52)

motifbreakR (214)

motifcounter (63)

MotifDb (668)

motifmatchr (1354)

motifRG (20)

motifStack (731)

motifTestR (33)

MotIV (35)

MouseFM (155)

MPFE (51)

mpra (68)

MPRAnalyze (72)

MQmetrics (34)

mQTL.NMR (8)

msa (1608)

MSA2dist (128)

MsBackendMassbank (82)

MsBackendMgf (448)

MsBackendMsp (349)

MsBackendRawFileReader (66)

MsBackendSql (72)

MsCoreUtils (3720)

MsDataHub (69)

MSEADbi (4)

MsExperiment (1372)

MsFeatures (1692)

msgbsR (69)

MSGFgui (13)

MSGFplus (17)

msImpute (165)

mslp (42)

msmsEDA (288)

msmsTests (277)

MSnbase (3336)

MSnID (296)

MSPrep (161)

msPurity (83)

msqrob2 (150)

MsQuality (67)

MSstats (499)

MSstatsBig (41)

MSstatsConvert (464)

MSstatsLiP (84)

MSstatsLOBD (60)

MSstatsPTM (201)

MSstatsQC (84)

MSstatsQCgui (50)

MSstatsSampleSize (18)

MSstatsShiny (107)

MSstatsTMT (291)

MSstatsTMTPTM (4)

MTseeker (3)

MuData (62)

Mulcom (80)

MultiAssayExperiment (5884)

MultiBaC (77)

multiClust (94)

multicrispr (64)

MultiDataSet (1285)

multiGSEA (141)

multiHiCcompare (169)

MultiMed (62)

multiMiR (234)

MultimodalExperiment (43)

multiOmicsViz (41)

MultiRNAflow (63)

multiscan (64)

multiSight (63)

multistateQTL (18)

multiWGCNA (69)

multtest (12571)

mumosa (74)

MungeSumstats (1073)

muscat (495)

muscle (334)

musicatk (87)

MutationalPatterns (323)

MVCClass (109)

mvGST (7)

MWASTools (164)

mygene (343)

myvariant (90)

mzID (3194)

mzR (3433)

N

NADfinder (68)

NanoMethViz (87)

NanoStringDiff (95)

NanoStringNCTools (402)

NanoStringQCPro (35)

nanotatoR (93)

NanoTube (84)

NarrowPeaks (20)

NBAMSeq (142)

NBSplice (12)

ncdfFlow (1131)

ncGTW (96)

NCIgraph (120)

ncRNAtools (54)

ndexr (73)

neaGUI (9)

nearBynding (54)

Nebulosa (1086)

NeighborNet (21)

nem (25)

nempi (63)

NetActivity (49)

netbenchmark (10)

netbiov (34)

netboost (46)

netboxr (10)

netDx (48)

nethet (73)

netOmics (32)

NetPathMiner (65)

netprioR (53)

netReg (8)

netresponse (80)

NetSAM (96)

netSmooth (70)

networkBMA (21)

netZooR (65)

NeuCA (40)

NewWave (123)

NGScopy (9)

ngsReports (78)

nipalsMCIA (46)

nnNorm (68)

nnSVG (120)

NOISeq (600)

nondetects (62)

NoRCE (55)

normalize450K (56)

NormalyzerDE (174)

NormqPCR (168)

normr (139)

NPARC (73)

npGSEA (70)

NTW (64)

nucleoSim (61)

nucleR (88)

nuCpos (56)

nudge (14)

nullranges (181)

NuPoP (76)

NxtIRFcore (11)

O

occugene (59)

OCplus (89)

octad (61)

ODER (8)

odseq (69)

OGRE (60)

OGSA (9)

oligo (1686)

oligoClasses (1714)

OLIN (103)

OLINgui (66)

omada (47)

OmaDB (243)

omicade4 (173)

OmicCircos (189)

omicplotR (64)

omicRexposome (67)

OmicsLonDA (16)

OmicsMarkeR (10)

OMICsPCA (69)

omicsPrint (66)

omicsViewer (54)

Omixer (58)

OmnipathR (562)

ompBAM (109)

Onassis (12)

oncomix (57)

oncoscanR (57)

OncoScore (71)

OncoSimulR (66)

oneChannelGUI (23)

oneSENSE (21)

onlineFDR (49)

ontoCAT (13)

ontoProc (279)

ontoTools (7)

openCyto (669)

openPrimeR (160)

openPrimeRui (65)

OpenStats (51)

OperaMate (4)

oposSOM (92)

oppar (69)

oppti (49)

optimalFlow (64)

OPWeight (58)

OrderedList (86)

ORFhunteR (55)

ORFik (200)

Organism.dplyr (433)

OrganismDbi (3202)

orthogene (331)

orthos (45)

OSAT (85)

Oscope (95)

OTUbase (72)

OutlierD (22)

OUTRIDER (213)

OutSplice (51)

OVESEG (68)

P

PAA (73)

packFinder (64)

padma (58)

PADOG (290)

pageRank (58)

PAIRADISE (90)

paircompviz (68)

pairedGSEA (51)

pairkat (79)

pairseqsim (2)

pamr (7)

pandaR (133)

panelcn.mops (85)

PAnnBuilder (20)

PanomiR (71)

panp (85)

PANR (64)

PanViz (44)

PanVizGenerator (12)

PAPi (21)

pareg (56)

parglms (57)

parody (111)

partCNV (41)

PAST (52)

Path2PPI (64)

pathifier (112)

pathlinkR (27)

PathNet (75)

PathoStat (124)

pathprint (8)

pathRender (75)

pathVar (22)

pathview (4466)

pathwayPCA (80)

PathwaySplice (8)

PatientGeneSets (3)

paxtoolsr (99)

Pbase (13)

pbcmc (6)

pcaExplorer (463)

pcaGoPromoter (19)

pcaMethods (5340)

PCAN (64)

PCAtools (1227)

pcot2 (23)

PCpheno (21)

pcxn (53)

PDATK (136)

pdInfoBuilder (125)

pdmclass (17)

PeacoQC (235)

peakPantheR (64)

PECA (72)

peco (53)

Pedixplorer (19)

pengls (45)

PepsNMR (140)

pepStat (58)

pepXMLTab (66)

PERFect (34)

periodicDNA (52)

perturbatr (8)

pfamAnalyzeR (257)

PFP (11)

PGA (13)

pgca (53)

PGSEA (57)

pgUtils (4)

pgxRpi (25)

phantasus (202)

phantasusLite (52)

PharmacoGx (274)

phemd (31)

phenoDist (15)

PhenoGeneRanker (44)

phenomis (60)

phenopath (91)

phenoTest (145)

PhenStat (66)

philr (180)

PhIPData (103)

phosphonormalizer (54)

PhosR (116)

PhyloProfile (80)

phyloseq (5511)

Pi (64)

piano (475)

pickgene (60)

PICS (124)

Pigengene (125)

PING (83)

pint (16)

pipeComp (59)

pipeFrame (167)

PIPETS (22)

PIUMA (21)

pkgDepTools (29)

planet (199)

planttfhunter (72)

plasmut (37)

plateCore (19)

plethy (26)

plgem (122)

plier (124)

PloGO2 (59)

plotgardener (324)

plotGrouper (54)

PLPE (66)

plrs (17)

PLSDAbatch (36)

plw (22)

plyinteractions (56)

plyranges (1275)

pmm (64)

pmp (120)

PoDCall (50)

podkat (68)

pogos (64)

polyester (125)

Polyfit (13)

POMA (133)

POST (9)

PoTRA (9)

PowerExplorer (8)

powerTCR (356)

POWSC (66)

ppcseq (59)

PPInfer (176)

ppiStats (25)

pqsfinder (107)

prada (30)

pram (60)

prebs (79)

preciseTAD (65)

PrecisionTrialDrawer (8)

PREDA (91)

predictionet (18)

preprocessCore (14168)

primirTSS (62)

PrInCE (62)

Prize (10)

proActiv (69)

proBAMr (61)

proBatch (24)

PROcess (99)

procoil (69)

ProCoNA (15)

proDA (244)

proFIA (16)

profileplyr (227)

profileScoreDist (54)

progeny (432)

projectR (111)

pRoloc (268)

pRolocGUI (95)

PROMISE (112)

PROPER (94)

PROPS (60)

Prostar (87)

prot2D (14)

proteasy (23)

proteinProfiles (59)

ProteoDisco (58)

ProteomicsAnnotationHubData (13)

ProteoMM (84)

proteoQC (13)

protGear (59)

ProtGenerics (11909)

PSEA (44)

psichomics (80)

PSICQUIC (28)

PSMatch (990)

psygenet2r (87)

ptairMS (52)

PubScore (6)

pulsedSilac (7)

puma (108)

PureCN (168)

pvac (65)

pvca (250)

Pviz (84)

pwalign (1790)

PWMEnrich (204)

pwOmics (162)

pwrEWAS (23)

Q

qckitfastq (71)

qcmetrics (107)

QDNAseq (378)

QFeatures (2022)

qmtools (56)

qpcrNorm (75)

qpgraph (189)

qPLEXanalyzer (76)

qrqc (29)

qsea (70)

qsmooth (188)

QSutils (98)

qsvaR (167)

QTLExperiment (44)

Qtlizer (58)

QUALIFIER (22)

quantiseqr (457)

quantro (362)

quantsmooth (624)

QuartPAC (68)

QuasR (360)

QuaternaryProd (77)

QUBIC (147)

qusage (403)

qvalue (17464)

R

R3CPET (61)

r3Cseq (94)

R453Plus1Toolbox (87)

R4RNA (638)

RadioGx (69)

raer (43)

RaggedExperiment (919)

RAIDS (45)

rain (98)

rama (21)

RamiGO (15)

ramr (50)

ramwas (131)

RandomWalkRestartMH (99)

randPack (65)

randRotation (47)

RankProd (295)

RAREsim (46)

RareVariantVis (69)

Rariant (20)

Rarr (145)

rawrr (216)

RbcBook1 (112)

Rbec (61)

RBGL (9452)

RBioFormats (135)

RBioinf (72)

rBiopaxParser (172)

rBLAST (46)

RBM (65)

Rbowtie (513)

Rbowtie2 (301)

rbsurv (79)

Rbwa (105)

Rcade (24)

RCAS (149)

RCASPAR (58)

rcellminer (77)

rCGH (119)

Rchemcpp (16)

RchyOptimyx (19)

RcisTarget (868)

RCM (68)

Rcollectl (30)

Rcpi (121)

RCSL (48)

Rcwl (108)

RcwlPipelines (107)

RCX (96)

RCy3 (964)

RCyjs (78)

RCytoscape (15)

RDAVIDWebService (36)

Rdbi (7)

RdbiPgSQL (4)

rDGIdb (82)

Rdisop (440)

RDRToolbox (137)

ReactomeContentService4R (118)

ReactomeGraph4R (49)

ReactomeGSA (230)

ReactomePA (2479)

readat (9)

ReadqPCR (213)

reb (19)

REBET (56)

rebook (140)

receptLoss (47)

reconsi (55)

recount (407)

recount3 (299)

recountmethylation (77)

recoup (64)

RedeR (337)

RedisParam (48)

REDseq (100)

RefNet (17)

RefPlus (46)

RegEnrich (108)

regionalpcs (60)

RegionalST (54)

regioneR (2008)

regioneReloaded (59)

regionReport (137)

regsplice (59)

regutools (80)

REMP (75)

Repitools (299)

ReportingTools (685)

reposTools (1)

RepViz (110)

ReQON (48)

ResidualMatrix (3627)

RESOLVE (58)

Resourcerer (9)

restfulSE (144)

retrofit (47)

ReUseData (56)

rexposome (105)

rfaRm (48)

Rfastp (146)

rflowcyt (6)

rfPred (64)

rGADEM (309)

RGalaxy (22)

rGenomeTracks (52)

Rgin (8)

RGMQL (54)

RgnTX (50)

rgoslin (82)

RGraph2js (62)

Rgraphviz (9867)

rGREAT (662)

RGSEA (75)

rgsepd (56)

rhdf5 (19929)

rhdf5client (159)

rhdf5filters (19282)

Rhdf5lib (24272)

Rhisat2 (227)

Rhtslib (24919)

rHVDM (18)

RiboCrypt (57)

RiboDiPA (55)

RiboProfiling (98)

ribor (54)

riboSeqR (65)

ribosomeProfilingQC (87)

rifi (51)

rifiComparative (48)

RImmPort (50)

Ringo (285)

Rintact (2)

RIPAT (26)

RIPSeeker (30)

Risa (145)

RITAN (76)

RIVER (59)

RJMCMCNucleosomes (64)

RLassoCox (60)

RLMM (62)

RLSeq (31)

RMAGEML (4)

Rmagpie (77)

RMAPPER (7)

RMassBank (112)

rMAT (18)

rmelting (68)

RmiR (20)

Rmmquant (63)

rmspc (66)

RNAAgeCalc (76)

RNAdecay (44)

rnaEditr (63)

RNAinteract (86)

RNAither (23)

RNAmodR (118)

RNAmodR.AlkAnilineSeq (67)

RNAmodR.ML (60)

RNAmodR.RiboMethSeq (70)

RNAprobR (10)

RNAsense (50)

rnaseqcomp (69)

RNAseqCovarImpute (41)

rnaSeqMap (22)

RNASeqPower (158)

RNASeqR (9)

RnaSeqSampleSize (101)

RnBeads (291)

Rnits (62)

roar (71)

roastgsa (41)

ROC (1079)

ROCpAI (49)

RolDE (55)

Roleswitch (19)

Rolexa (12)

rols (467)

ROntoTools (218)

ropls (1237)

ROSeq (58)

ROTS (219)

RPA (114)

rprimer (78)

RProtoBufLib (2728)

RpsiXML (27)

rpx (302)

Rqc (268)

rqt (51)

rqubic (91)

rRDP (73)

Rredland (3)

RRHO (96)

rrvgo (523)

Rsamtools (23788)

rsbml (159)

rScudo (57)

rsemmed (48)

RSeqAn (100)

rSFFreader (13)

RSNPper (4)

Rsubread (2253)

RSVSim (72)

rSWeeP (54)

rTANDEM (21)

RTCA (70)

RTCGA (559)

RTCGAToolbox (557)

RTN (181)

RTNduals (91)

RTNsurvival (66)

RTools4TB (3)

RTopper (69)

Rtpca (68)

rtracklayer (21535)

Rtreemix (72)

rTRM (179)

rTRMui (68)

runibic (81)

Ruuid (6)

RUVcorr (64)

RUVnormalize (77)

RUVSeq (938)

Rvisdiff (43)

RVS (56)

RWebServices (6)

rWikiPathways (396)

S

S4Arrays (38553)

S4Vectors (56685)

safe (651)

SAGElyzer (3)

sagenhaft (65)

SAGx (26)

SAIGEgds (93)

samExploreR (9)

sampleClassifier (72)

SamSPECTRAL (155)

sangeranalyseR (184)

sangerseqR (941)

SANTA (57)

sapFinder (17)

saps (3)

SARC (42)

sarks (50)

saseR (30)

satuRn (276)

savR (25)

SBGNview (207)

sbgr (1)

SBMLR (75)

SC3 (376)

Scale4C (68)

ScaledMatrix (12243)

scAlign (17)

SCAN.UPC (158)

scanMiR (91)

scanMiRApp (54)

scAnnotatR (179)

SCANVIS (66)

SCArray (87)

SCArray.sat (54)

SCATE (68)

scater (7167)

scatterHatch (51)

scBFA (62)

SCBN (91)

scBubbletree (57)

scCB2 (59)

scClassifR (3)

scClassify (80)

sccomp (106)

scDataviz (83)

scDblFinder (1505)

scDD (139)

scDDboost (55)

scde (361)

scDesign3 (59)

scds (515)

SCFA (49)

scFeatureFilter (56)

scFeatures (68)

scfind (7)

scGPS (87)

schex (231)

scHOT (67)

scider (47)

scifer (57)

ScISI (28)

scMAGeCK (8)

scmap (245)

scMerge (561)

scMET (52)

scmeth (74)

scMitoMut (19)

scMultiSim (20)

SCnorm (111)

scone (117)

Sconify (60)

SCOPE (68)

scoreInvHap (66)

scp (176)

scPCA (93)

scPipe (140)

scran (4811)

scReClassify (64)

scRecover (59)

screenCounter (47)

ScreenR (47)

scRepertoire (427)

scRNAseqApp (68)

scruff (73)

scry (238)

scShapes (49)

scsR (17)

scTensor (128)

scTGIF (199)

scTHI (50)

scTreeViz (55)

scuttle (9777)

scviR (52)

SDAMS (61)

sechm (158)

segmenter (69)

segmentSeq (82)

selectKSigs (54)

SELEX (67)

SemDist (57)

semisup (55)

SemSim (3)

SEPA (7)

SEPIRA (23)

seq.hotSPOT (43)

seq2pathway (171)

seqArchR (84)

seqArchRplus (57)

SeqArray (929)

seqbias (75)

seqCAT (70)

seqCNA (43)

seqcombo (61)

SeqGate (56)

SeqGSEA (192)

seqLogo (3774)

seqPattern (732)

seqplots (17)

seqsetvis (83)

SeqSQC (140)

seqTools (125)

SeqVarTools (448)

sesame (788)

SEtools (188)

sevenbridges (72)

sevenC (57)

SGCP (151)

SGSeq (324)

SharedObject (159)

shiny.gosling (28)

shinyepico (72)

shinyMethyl (120)

shinyTANDEM (16)

ShortRead (6296)

SIAMCAT (125)

SICtools (52)

sigaR (19)

SigCheck (66)

sigFeature (227)

SigFuge (68)

siggenes (3481)

sights (60)

signatureSearch (233)

signeR (82)

signet (7)

signifinder (55)

sigPathway (35)

SigsPack (58)

sigsquared (60)

SIM (70)

SIMAT (62)

SimBindProfiles (54)

SimBu (116)

SIMD (57)

SimFFPE (51)

similaRpeak (66)

SIMLR (246)

simona (64)

simPIC (19)

simpleaffy (104)

simpleSeg (71)

simplifyEnrichment (822)

simulatorAPMS (3)

simulatorZ (13)

sincell (65)

single (46)

SingleCellAlleleExperiment (36)

SingleCellExperiment (15274)

SingleCellSignalR (259)

singleCellTK (294)

SingleMoleculeFootprinting (64)

SingleR (4100)

singscore (1405)

SiPSiC (51)

SISPA (21)

sitadela (52)

sitePath (60)

sizepower (77)

SJava (5)

sketchR (34)

skewr (55)

slalom (151)

SLGI (25)

slingshot (1484)

slinky (8)

SLqPCR (73)

SMAD (54)

SMAP (48)

smartid (33)

SMITE (64)

smoothclust (26)

SNAGEE (65)

snapCGH (105)

snapcount (62)

snifter (138)

snm (174)

SNPchip (27)

SNPediaR (56)

SNPhood (68)

snpMatrix (10)

SNPRelate (1619)

snpStats (2275)

soGGi (347)

sojourner (12)

SomatiCA (13)

SomaticSignatures (185)

SOMNiBUS (62)

SpaceMarkers (19)

SpacePAC (106)

spade (13)

Spaniel (82)

sparrow (209)

SparseArray (32933)

sparseDOSSA (32)

sparseMatrixStats (15522)

sparsenetgls (53)

SparseSignatures (64)

spaSim (65)

SpatialCPie (77)

spatialDE (108)

SpatialDecon (197)

SpatialExperiment (2633)

SpatialFeatureExperiment (155)

spatialHeatmap (214)

SpatialOmicsOverlay (70)

spatzie (50)

speckle (182)

specL (66)

SpeCond (80)

Spectra (1925)

SpectralTAD (84)

SPEM (86)

SPIA (643)

SPIAT (121)

spicyR (186)

SpidermiR (72)

spikeLI (57)

spiky (48)

spillR (25)

spkTools (64)

splatter (463)

splicegear (18)

spliceR (18)

spliceSites (18)

SpliceWiz (105)

SplicingFactory (48)

SplicingGraphs (99)

splineTCDiffExpr (0)

splineTimeR (75)

SPLINTER (67)

splots (215)

SPONGE (52)

spoon (21)

SpotClean (92)

SPOTlight (248)

spotSegmentation (17)

SpotSweeper (19)

spqn (51)

SPsimSeq (185)

SQLDataFrame (55)

SQUADD (47)

sRACIPE (68)

SRAdb (428)

sRAP (19)

SRGnet (9)

srnadiff (67)

sscore (34)

sscu (56)

sSeq (179)

ssize (102)

sSNAPPY (157)

SSPA (74)

ssPATHS (50)

ssrch (83)

ssviz (64)

stageR (181)

stam (3)

STAN (18)

standR (127)

staRank (68)

StarBioTrek (46)

Starr (20)

STATegRa (67)

Statial (72)

statTarget (101)

STdeconvolve (139)

stepNorm (65)

stepwiseCM (14)

stJoincount (64)

strandCheckR (59)

Streamer (73)

STRINGdb (1198)

STROMA4 (29)

struct (157)

Structstrings (162)

structToolbox (114)

StructuralVariantAnnotation (228)

SubCellBarCode (60)

subSeq (74)

SUITOR (45)

SummarizedBenchmark (44)

SummarizedExperiment (38797)

Summix (51)

supersigs (100)

supraHex (476)

surfaltr (48)

SurfR (20)

survcomp (1176)

survtype (58)

Sushi (60)

sva (7362)

svaNUMT (63)

SVAPLSseq (8)

svaRetro (63)

SVM2CRM (8)

SVMDO (112)

SWATH2stats (65)

SwathXtend (73)

swfdr (71)

SwimR (13)

switchBox (123)

switchde (62)

synapsis (46)

synapter (144)

synergyfinder (206)

SynExtend (59)

synlet (55)

SynMut (54)

syntenet (128)

systemPipeR (1185)

systemPipeShiny (68)

systemPipeTools (62)

T

tadar (56)

TADCompare (85)

tanggle (67)

TAPseq (67)

target (60)

TargetDecoy (62)

TargetScore (75)

TargetSearch (81)

TarSeqQC (16)

TBSignatureProfiler (74)

TCC (212)

TCGAbiolinks (3840)

TCGAbiolinksGUI (27)

TCGAutils (853)

TCseq (187)

TDARACNE (22)

TDbasedUFE (78)

TDbasedUFEadv (57)

TEKRABber (155)

TENxIO (55)

tenXplore (51)

TEQC (85)

ternarynet (62)

terraTCGAdata (66)

TFARM (56)

TFBSTools (3424)

TFEA.ChIP (77)

TFHAZ (60)

TFutils (87)

tidybulk (278)

tidyCoverage (23)

tidyomics (33)

tidySingleCellExperiment (218)

tidySpatialExperiment (29)

tidySummarizedExperiment (366)

tigre (84)

TileDBArray (62)

tilingArray (154)

timecourse (85)

timeOmics (86)

timescape (82)

TimeSeriesExperiment (12)

TimiRGeN (51)

TIN (57)

TissueEnrich (213)

TitanCNA (87)

tkWidgets (1306)

tLOH (50)

TMixClust (77)

TNBC.CMS (45)

TnT (35)

TOAST (396)

tofsims (11)

tomoda (55)

tomoseqr (49)

TOP (50)

ToPASeq (11)

topconfects (177)

topdownr (82)

topGO (3015)

ToxicoGx (71)

TPP (105)

TPP2D (57)

tpSVG (20)

tracktables (145)

trackViewer (522)

tradeSeq (514)

TrajectoryGeometry (45)

TrajectoryUtils (1952)

transcriptogramer (69)

transcriptR (78)

transformGamPoi (80)

transite (68)

tRanslatome (179)

transmogR (22)

transomics2cytoscape (64)

TransView (64)

TraRe (6)

traseR (61)

Travel (3)

traviz (62)

TreeAndLeaf (136)

treeclimbR (22)

treeio (19911)

treekoR (60)

TreeSummarizedExperiment (1785)

TREG (50)

trena (29)

TReNA (1)

Trendy (65)

TRESS (99)

tricycle (243)

triform (22)

trigger (72)

trio (108)

triplex (74)

tripr (52)

tRNA (148)

tRNAdbImport (122)

tRNAscanImport (78)

TRONCO (79)

TSAR (38)

TSCAN (655)

tscR (14)

tspair (23)

TSRchitect (14)

TSSi (19)

ttgsea (88)

TTMap (62)

TurboNorm (74)

TVTB (70)

tweeDEseq (153)

twilight (117)

twoddpcr (61)

txcutr (51)

txdbmaker (1225)

tximeta (1119)

tximport (3407)

TxRegInfra (9)

TypeInfo (61)

U

UCell (1402)

UCSC.utils (11494)

Ularcirc (70)

UMI4Cats (64)

uncoverappLib (63)

UNDO (72)

unifiedWMWqPCR (49)

UniProt.ws (424)

Uniquorn (63)

universalmotif (619)

updateObject (47)

UPDhmm (18)

uSORT (64)

V

VAExprs (50)

VanillaICE (237)

VarCon (49)

variancePartition (950)

VariantAnnotation (12303)

VariantExperiment (51)

VariantFiltering (98)

VariantTools (178)

vasp (3)

VaSP (63)

vbmp (93)

VCFArray (66)

VDJdive (55)

Vega (16)

VegaMC (62)

velociraptor (136)

veloviz (52)

VennDetail (249)

VERSO (51)

vidger (117)

viper (716)

virtualArray (7)

ViSEAGO (134)

VisiumIO (22)

vissE (101)

Voyager (159)

VplotR (60)

vsclust (56)

vsn (5254)

vtpnet (86)

vulcan (72)

W

waddR (54)

wateRmelon (798)

wavClusteR (70)

waveTiling (21)

weaver (71)

webbioc (74)

weitrix (58)

widgetInvoke (3)

widgetTools (1306)

wiggleplotr (179)

wpm (62)

wppi (45)

Wrench (1677)

X

XBSeq (13)

XCIR (6)

xcms (1886)

xcore (50)

XDE (83)

Xeva (120)

XINA (49)

xmapbridge (65)

xmapcore (3)

XNAString (54)

xps (20)

XVector (48810)

Y

y2hStat (1)

yamss (68)

YAPSA (93)

yaqcaffy (22)

yarn (136)

Z

zellkonverter (1236)

zenith (141)

zFPKM (112)

zinbwave (943)

zlibbioc (52831)

ZygosityPredictor (49)