See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2019-01-22 08:39:22 -0500 (Tue, 22 Jan 2019).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (30772)
2BiocGenerics (26697)
3IRanges (23705)
4Biobase (23089)
5S4Vectors (22931)
6AnnotationDbi (19630)
7zlibbioc (18850)
8GenomicRanges (17993)
9limma (17308)
10XVector (16837)
11BiocParallel (15840)
12GenomeInfoDb (15310)
13Biostrings (14739)
14SummarizedExperiment (14499)
15DelayedArray (13803)
16annotate (12427)
17genefilter (11203)
18Rsamtools (11172)
19biomaRt (11071)
20GenomicAlignments (10968)
21rtracklayer (10840)
22graph (10226)
23edgeR (10104)
24GenomicFeatures (9403)
25preprocessCore (8591)
26DESeq2 (8534)
27geneplotter (8369)
28affy (6507)
29affyio (6299)
30rhdf5 (6282)
31BSgenome (5998)
32RBGL (5948)
33multtest (5806)
34Rgraphviz (5755)
35impute (5300)
36qvalue (5269)
37VariantAnnotation (5208)
38GEOquery (4758)
39Rhdf5lib (4456)
40ShortRead (4411)
41BiocVersion (4369)
42ProtGenerics (4301)
43ensembldb (4232)
44sva (3696)
45biovizBase (3593)
46AnnotationHub (3542)
47GSEABase (3511)
48DESeq (3510)
49AnnotationFilter (3486)
50GOSemSim (3466)
51fgsea (3460)
52DOSE (3352)
53clusterProfiler (3245)
54KEGGREST (3189)
55interactiveDisplayBase (3176)
56vsn (2953)
57ComplexHeatmap (2928)
58Gviz (2805)
59phyloseq (2537)
60AnnotationForge (2507)
61Category (2497)
62pcaMethods (2495)
63tximport (2384)
64topGO (2365)
65HDF5Array (2361)
66GOstats (2287)
67KEGGgraph (2248)
68pathview (2201)
69biomformat (2157)
70EBImage (2154)
71OrganismDbi (2133)
72aroma.light (2125)
73BiocStyle (2069)
74illuminaio (2013)
75ggbio (1918)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (117)
a4Base (136)
a4Classif (113)
a4Core (159)
a4Preproc (156)
a4Reporting (114)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (103)
ABarray (109)
abseqR (6)
ABSSeq (110)
acde (102)
ACE (8)
aCGH (177)
ACME (121)
ADaCGH2 (97)
ADAM (2)
adaptest (43)
adSplit (97)
AffiXcan (5)
affxparser (1602)
affy (6507)
affycomp (159)
AffyCompatible (104)
affyContam (96)
affycoretools (450)
affydata (0)
AffyExpress (102)
affyILM (92)
affyio (6299)
affylmGUI (160)
affyPara (100)
affypdnn (124)
affyPLM (1271)
affyqcreport (0)
affyQCReport (303)
AffyRNADegradation (92)
AffyTiling (10)
AGDEX (91)
Agi4x44PreProcess (6)
agilp (163)
AgiMicroRna (133)
agimicrorna (0)
AIMS (242)
ALDEx2 (205)
AllelicImbalance (103)
alpine (101)
alsace (99)
altcdfenvs (104)
AMOUNTAIN (93)
amplican (86)
ampliQueso (85)
AnalysisPageServer (85)
anamiR (94)
Anaquin (87)
AneuFinder (107)
ANF (76)
annaffy (509)
AnnBuilder (0)
annmap (80)
annotate (12427)
AnnotationDbi (19630)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (3486)
AnnotationForge (2507)
AnnotationFuncs (131)
AnnotationHub (3542)
AnnotationHubData (128)
annotationTools (143)
annotatr (219)
anota (100)
anota2seq (81)
antiProfiles (90)
apcluster (0)
apComplex (108)
apcomplex (0)
apeglm (765)
applera (0)
appreci8R (8)
aroma.light (2125)
ArrayExpress (449)
ArrayExpressHTS (58)
arrayMagic (0)
arraymvout (0)
arrayMvout (86)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (129)
arrayQualityMetrics (464)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (144)
ArrayTV (97)
ARRmNormalization (89)
artMS (7)
ASAFE (76)
ASEB (89)
ASGSCA (91)
ASICS (46)
asmn (1)
ASpli (118)
AssessORF (5)
ASSET (101)
ASSIGN (90)
ATACseqQC (227)
AtlasRDF (31)
attract (87)
AUCell (244)

B

BaalChIP (83)
BAC (88)
bacon (101)
BADER (90)
BadRegionFinder (83)
BAGS (85)
ballgown (868)
bamsignals (213)
banocc (75)
basecallQC (85)
BaseSpaceR (113)
Basic4Cseq (100)
BASiCS (130)
BasicSTARRseq (85)
BatchQC (143)
BayesKnockdown (76)
BayesPeak (136)
bayNorm (6)
baySeq (515)
BBCAnalyzer (83)
BCRANK (112)
bcSeq (50)
BDMMAcorrect (5)
beachmat (1345)
beadarray (641)
beadarraySNP (104)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (619)
BeadExplorer (0)
BEARscc (43)
BEAT (86)
BEclear (91)
betr (16)
bgafun (85)
BgeeDB (125)
BGmix (52)
bgx (89)
BHC (154)
BicARE (137)
BiFET (43)
BiGGR (99)
BigMatrix (0)
bigmelon (85)
bigmemoryExtras (79)
bim (0)
bioassayR (109)
biobase (0)
Biobase (23089)
biobroom (200)
bioCancer (94)
BiocCaseStudies (93)
BiocCheck (383)
biocDatasets (1)
BiocFileCache (524)
BiocGenerics (26697)
biocGraph (241)
biocinstaller (0)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (30772)
biocLite (0)
BiocNeighbors (184)
BiocOncoTK (47)
Bioconductor (0)
BioCor (87)
BiocParallel (15840)
BiocPkgTools (9)
BiocSklearn (77)
BiocStyle (2069)
BiocVersion (4369)
biocViews (1415)
BiocWorkflowTools (106)
bioDist (266)
biomaRt (11071)
BioMedR (39)
biomformat (2157)
BioMVCClass (84)
biomvRCNS (84)
BioNet (303)
bionet (0)
BioNetStat (46)
BioQC (95)
BioSeqClass (105)
biosigner (96)
biostrings (0)
Biostrings (14739)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (87)
biotmle (84)
biovizBase (3593)
BiRewire (121)
birta (91)
birte (83)
BiSeq (166)
BitSeq (164)
blima (88)
BLMA (83)
bnbc (73)
BPRMeth (84)
BRAIN (179)
brainImageR (9)
BrainStars (86)
branchpointer (75)
breakpointR (6)
bridge (86)
BridgeDbR (106)
BrowserViz (101)
BrowserVizDemo (50)
BSgenome (5998)
bsseq (803)
BubbleTree (89)
BufferedMatrix (97)
BufferedMatrixMethods (91)
BUMHMM (76)
bumphunter (1767)
BUS (85)
BUScorrect (8)
BuxcoR (0)

C

CAFE (82)
CAGEfightR (45)
CAGEr (128)
CALIB (99)
CAMERA (445)
CAMTHC (16)
canceR (93)
cancerclass (91)
CancerInSilico (79)
CancerMutationAnalysis (97)
CancerSubtypes (141)
CAnD (81)
caOmicsV (82)
Cardinal (133)
casper (86)
CATALYST (124)
Category (2497)
categoryCompare (88)
CausalR (93)
cbaf (71)
ccfindR (45)
ccmap (100)
CCPROMISE (79)
ccrepe (98)
celaref (8)
cellbaseR (78)
cellGrowth (90)
cellHTS (8)
cellHTS2 (218)
cellity (93)
CellMapper (76)
CellNOptR (132)
cellscape (90)
CellScore (40)
CellTrails (10)
cellTree (113)
CEMiTool (147)
CexoR (83)
CFAssay (87)
CGEN (105)
CGHbase (227)
CGHcall (206)
cghMCR (125)
CGHnormaliter (85)
CGHregions (100)
ChAMP (446)
CHARGE (40)
charm (97)
ChemmineOB (201)
ChemmineR (431)
chemminer (0)
ChIC (33)
Chicago (102)
chimera (115)
chimeraviz (124)
ChIPanalyser (70)
ChIPComp (95)
chipenrich (115)
ChIPexoQual (82)
ChIPpeakAnno (798)
ChIPQC (226)
ChIPseeker (947)
chipseq (434)
ChIPseqR (142)
ChIPSeqSpike (48)
ChIPsim (136)
ChIPXpress (69)
chopsticks (200)
chroGPS (86)
chromDraw (89)
ChromHeatMap (101)
ChromoViz (0)
chromPlot (117)
chromstaR (101)
chromswitch (73)
chromVAR (118)
CHRONOS (87)
cicero (15)
CINdex (78)
cisPath (90)
ClassifyR (106)
cleanUpdTSeq (90)
cleaver (199)
clippda (93)
clipper (133)
Clomial (85)
Clonality (88)
clonotypeR (87)
clst (92)
clstutils (85)
CluMSID (0)
clustComp (83)
clusterExperiment (265)
ClusterJudge (68)
clusterProfiler (3245)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (79)
ClusterSignificance (88)
clusterStab (137)
CMA (147)
cn.farms (91)
cn.mops (202)
CNAnorm (102)
cnanorm (0)
CNEr (428)
CNORdt (91)
CNORfeeder (88)
CNORfuzzy (90)
CNORode (110)
CNPBayes (82)
CNTools (230)
cnvGSA (86)
CNVPanelizer (100)
CNVrd2 (90)
CNVtools (103)
cnvtools (0)
cobindR (85)
CoCiteStats (92)
COCOA (6)
codelink (103)
CODEX (140)
coexnet (82)
CoGAPS (102)
cogena (121)
coGPS (83)
COHCAP (104)
coMET (116)
compartmap (5)
COMPASS (105)
compcodeR (104)
compEpiTools (101)
CompGO (101)
ComplexHeatmap (2928)
condcomp (8)
CONFESS (75)
consensus (6)
ConsensusClusterPlus (1699)
consensusDE (5)
consensusOV (79)
consensusSeekeR (86)
contiBAIT (77)
conumee (122)
convert (195)
copa (91)
COPDSexualDimorphism (1)
copynumber (255)
CopyNumber450k (5)
CopywriteR (122)
coRdon (9)
CoRegNet (107)
Cormotif (85)
CorMut (90)
coRNAi (28)
CORREP (84)
coseq (96)
cosmiq (92)
cosmo (3)
cosmoGUI (1)
COSNet (84)
CountClust (112)
countsimQC (7)
covEB (73)
CoverageView (107)
covRNA (77)
cpvSNP (86)
cqn (193)
CRImage (116)
CRISPRseek (131)
crisprseekplus (82)
CrispRVariants (110)
crlmm (188)
crossmeta (99)
CSAR (141)
csaw (261)
CSSP (86)
ctc (331)
CTDquerier (41)
cTRAP (5)
ctsGE (93)
cummeRbund (901)
cummerbund (0)
customProDB (127)
CVE (85)
cycle (91)
cydar (93)
CytoDx (40)
cytofkit (317)
cytolib (397)
CytoML (102)

D

dada2 (958)
dagLogo (83)
daMA (83)
DaMiRseq (90)
DAPAR (127)
DART (94)
DASC (29)
DASiR (4)
DAVIDQuery (6)
DBChIP (125)
dcGSA (75)
DChIPRep (85)
ddCt (147)
ddgraph (41)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (42)
debrowser (137)
DECIPHER (680)
deco (1)
DEComplexDisease (43)
decompTumor2Sig (2)
DeconRNASeq (134)
decontam (57)
DEDS (120)
DeepBlueR (97)
deepSNV (125)
DEFormats (209)
DEGraph (85)
DEGreport (191)
DEGseq (329)
DelayedArray (13803)
DelayedDataFrame (1)
DelayedMatrixStats (1497)
deltaGseg (79)
DeMAND (90)
DEP (151)
DEqMS (9)
derfinder (357)
derfinderHelper (328)
derfinderPlot (126)
DEScan2 (39)
deseq (0)
DESeq (3510)
DESeq2 (8534)
DEsingle (56)
destiny (816)
DEsubs (92)
DEXSeq (671)
dexus (90)
DFP (86)
DiffBind (624)
diffcoexp (45)
diffcyt (61)
diffgeneanalysis (0)
diffGeneAnalysis (81)
diffHic (119)
DiffLogo (87)
diffloop (120)
diffuStats (78)
diggit (87)
Director (80)
DirichletMultinomial (463)
discordant (82)
dks (79)
DMCHMM (74)
DMRcaller (107)
DMRcate (523)
DMRforPairs (87)
DMRScan (77)
dmrseq (69)
DNABarcodeCompatibility (2)
DNABarcodes (124)
DNAcopy (1763)
DNaseR (1)
DNAshapeR (107)
domainsignatures (65)
DominoEffect (42)
doppelgangR (78)
DOQTL (108)
Doscheda (67)
DOSE (3352)
drawProteins (67)
DRIMSeq (166)
DriverNet (101)
DropletUtils (258)
DrugVsDisease (81)
dSimer (83)
DSS (604)
DTA (83)
dualKS (82)
DupChecker (80)
dupRadar (680)
dyebias (88)
DynDoc (621)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (143)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (172)
EBarrays (160)
EBcoexpress (90)
EBImage (2154)
EBSEA (76)
EBSeq (540)
EBSeqHMM (110)
ecolitk (87)
EDASeq (1883)
edd (1)
EDDA (89)
edge (141)
edger (0)
edgeR (10104)
eegc (76)
EGAD (90)
EGSEA (198)
eiR (73)
eisa (104)
ELBOW (83)
ELMER (315)
EMDomics (84)
EmpiricalBrownsMethod (106)
ENCODExplorer (107)
EnhancedVolcano (41)
ENmix (122)
EnrichedHeatmap (169)
EnrichmentBrowser (274)
enrichplot (1734)
ensembldb (4232)
ensemblVEP (143)
ENVISIONQuery (84)
EpiCluster (0)
EpiDISH (97)
epigenomix (95)
epihet (0)
epiNEM (73)
epivizr (115)
epivizrChart (69)
epivizrData (114)
epivizrServer (109)
epivizrStandalone (89)
erccdashboard (111)
erma (235)
ERSSA (7)
esATAC (190)
esetVis (93)
eudysbiome (75)
EventPointer (85)
EWCE (10)
ExCluster (5)
ExiMiR (89)
exomeCopy (258)
exomecopy (0)
exomePeak (126)
exonfindR (0)
exonmap (1)
ExperimentHub (370)
ExperimentHubData (85)
explorase (68)
ExpressionAtlas (100)
ExpressionView (84)
exprExternal (0)
externalVector (1)

F

fabia (168)
facopy (72)
factDesign (90)
FamAgg (93)
farms (101)
fastLiquidAssociation (82)
FastqCleaner (12)
fastseg (488)
fbat (0)
FCBF (6)
fCCAC (78)
fCI (80)
fdrame (86)
FELLA (43)
FEM (372)
ffpe (97)
FGNet (145)
fgsea (3460)
FindMyFriends (109)
FISHalyseR (83)
FitHiC (102)
flagme (89)
flipflop (102)
flowAI (154)
flowBeads (81)
flowBin (82)
flowcatchR (84)
flowCHIC (82)
flowCL (136)
flowClean (133)
flowClust (307)
flowCore (1399)
flowCyBar (85)
flowDensity (149)
flowFit (83)
flowFlowJo (3)
flowFP (111)
flowMap (85)
flowMatch (85)
flowMeans (198)
flowMerge (124)
flowPeaks (137)
flowPhyto (3)
flowPloidy (86)
flowPlots (83)
flowq (0)
flowQ (87)
flowQB (83)
FlowRepositoryR (91)
FlowSOM (499)
flowStats (318)
flowTime (71)
flowTrans (102)
flowType (106)
flowUtils (522)
flowViz (621)
flowVS (85)
flowworkspace (0)
flowWorkspace (563)
fmcsR (171)
focalCall (83)
FoldGO (6)
FourCSeq (101)
FRGEpistasis (88)
frma (222)
frmaTools (98)
FunChIP (79)
FunciSNP (94)
funtooNorm (69)

G

GA4GHclient (76)
GA4GHshiny (76)
gaga (91)
gage (890)
gaggle (87)
gaia (191)
GAprediction (71)
garfield (75)
GARS (38)
GateFinder (42)
gaucho (67)
gcapc (80)
gcatest (79)
gCMAP (70)
gCMAPWeb (50)
gCrisprTools (82)
gcrma (1714)
GDCRNATools (141)
GDSArray (40)
gdsfmt (958)
geecc (77)
GEM (79)
genArise (90)
genbankr (148)
GENE.E (14)
gene2pathway (2)
GeneAccord (8)
GeneAnswers (146)
geneAttribution (74)
GeneBreak (80)
geneClassifiers (70)
GeneExpressionSignature (93)
genefilter (11203)
genefu (261)
GeneGA (71)
GeneGeneInteR (80)
GeneGroupAnalysis (1)
GeneMeta (115)
GeneNetworkBuilder (96)
GeneOverlap (187)
geneplast (79)
geneplotter (8369)
GeneR (1)
geneRecommender (87)
GeneRegionScan (83)
GeneRfold (0)
geneRxCluster (77)
GeneSelectMMD (90)
GeneSelector (114)
GENESIS (168)
GeneSpring (1)
GeneStructureTools (38)
geNetClassifier (119)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (106)
GeneticsPed (143)
GeneTraffic (0)
GeneTS (0)
geneXtendeR (78)
GENIE3 (264)
genoCN (85)
GenoGAM (85)
genomation (329)
GenomeBase (0)
GenomeGraphs (234)
GenomeInfoDb (15310)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (262)
genomeintervals (0)
genomes (100)
GenomicAlignments (10968)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (397)
GenomicFeatures (9403)
GenomicFiles (683)
GenomicInteractions (147)
GenomicRanges (17993)
GenomicScores (266)
GenomicTuples (84)
Genominator (97)
genoset (193)
genotypeeval (80)
GenoView (4)
genphen (71)
GenRank (82)
GenVisR (284)
GEOmetadb (252)
GEOquery (4758)
GEOsearch (34)
GEOsubmission (85)
gep2pep (41)
gespeR (101)
GEWIST (77)
gff3Plotter (0)
GGBase (139)
ggbio (1918)
ggcyto (329)
GGtools (130)
ggtree (1490)
GIGSEA (8)
girafe (140)
GISPA (73)
GLAD (218)
Glimma (718)
glmSparseNet (11)
GlobalAncova (262)
globalSeq (79)
globaltest (767)
gmapR (92)
GMRP (67)
goCluster (0)
GOexpress (150)
GOfuncR (65)
GOFunction (101)
GoogleGenomics (88)
GOpro (86)
goProfiles (151)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (3466)
goseq (992)
GOSim (135)
goSTAG (78)
gostats (0)
GOstats (2287)
GOsummaries (144)
GOTHiC (107)
goTools (118)
gotools (0)
gpart (6)
gpls (159)
gprege (80)
gQTLBase (217)
gQTLstats (217)
graper (0)
graph (10226)
GraphAlignment (89)
GraphAT (85)
graphite (1062)
GraphPAC (87)
GRENITS (84)
GreyListChIP (87)
GRmetrics (118)
groHMM (101)
GRridge (77)
GSALightning (74)
GSAR (149)
GSCA (81)
GSEABase (3511)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (63)
GSEAlm (143)
gsean (41)
GSReg (83)
GSRI (82)
GSVA (703)
gtrellis (135)
GUIDEseq (90)
Guitar (99)
Gviz (2805)
gwascat (214)
GWASTools (346)
gwasurvivr (12)

H

h5vc (89)
hapFabia (88)
Harman (106)
Harshlight (84)
harshlight (0)
HCsnip (41)
HDF5Array (2361)
HDTD (81)
heatmaps (159)
Heatplus (614)
HelloRanges (102)
HELP (84)
HEM (84)
hexbin (3)
hiAnnotator (100)
HIBAG (107)
HiCBricks (5)
HiCcompare (93)
hicrep (90)
hierGWAS (82)
hierinf (6)
HilbertCurve (125)
HilbertVis (260)
HilbertVisGUI (74)
hipathia (44)
hiReadsProcessor (67)
HIREewas (5)
HiTC (217)
hmdbQuery (51)
HMMcopy (162)
hopach (239)
HPAanalyze (7)
hpar (238)
HTqPCR (209)
HTSanalyzeR (153)
HTSeqGenie (53)
htseqtools (0)
htSeqTools (151)
HTSFilter (174)
HybridMTest (93)
hyperdraw (109)
hypergraph (144)

I

iASeq (76)
iasva (9)
iBBiG (130)
ibh (79)
iBMQ (73)
iCARE (83)
Icens (305)
icetea (10)
iCheck (83)
iChip (80)
iClusterPlus (157)
iCNV (42)
iCOBRA (106)
ideal (88)
ideogram (0)
IdeoViz (127)
idiogram (82)
IdMappingAnalysis (75)
IdMappingRetrieval (75)
iFlow (2)
iGC (77)
igvR (42)
IHW (506)
illuminaio (2013)
imageHTS (89)
IMAS (73)
Imetagene (73)
IMMAN (38)
ImmuneSpaceR (91)
immunoClust (86)
IMPCdata (73)
ImpulseDE (81)
ImpulseDE2 (100)
impute (5300)
INDEED (7)
InPAS (78)
INPower (75)
inSilicoDb (25)
inSilicoMerging (27)
insilicomerging (0)
INSPEcT (86)
InTAD (37)
intansv (93)
InteractionSet (243)
interactiveDisplay (255)
interactiveDisplayBase (3176)
IntEREst (82)
InterMineR (89)
IntramiRExploreR (67)
inversion (0)
inveRsion (79)
IONiseR (103)
iontree (59)
iPAC (94)
ipdDb (8)
IPO (149)
IPPD (150)
IRanges (23705)
IrisSpatialFeatures (55)
iSEE (74)
iSeq (83)
iSNetwork (0)
isobar (181)
IsoCorrectoR (6)
IsoCorrectoRGUI (1)
IsoformSwitchAnalyzeR (142)
IsoGeneGUI (86)
ISoLDE (74)
isomiRs (82)
iSPlot (0)
ITALICS (83)
iterativeBMA (97)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (85)
iterClust (72)
iteremoval (43)
IVAS (81)
ivygapSE (63)
IWTomics (75)

J

JASPAR2018 (77)
jmosaics (5)
joda (81)
JunctionSeq (135)

K

karyoploteR (308)
KCsmart (75)
kebabs (148)
KEGGgraph (2248)
KEGGlincs (85)
keggorth (0)
keggorthology (110)
KEGGprofile (213)
KEGGREST (3189)
KEGGSOAP (3)
kimod (74)
KinSwingR (5)
kissDE (44)
kmknn (34)

L

lapmix (81)
LBE (121)
ldblock (165)
LEA (269)
LedPred (77)
les (84)
levi (5)
lfa (197)
limma (17308)
limmaGUI (130)
LINC (79)
LineagePulse (43)
Linnorm (130)
LiquidAssociation (84)
lmdme (90)
LMGene (100)
LOBSTAHS (86)
loci2path (45)
logicFS (219)
logitT (82)
Logolas (120)
lol (76)
LOLA (142)
LoomExperiment (6)
LowMACA (75)
LPE (99)
LPEadj (80)
lpNet (77)
lpsymphony (565)
LRBaseDbi (7)
lumi (922)
LVSmiRNA (85)
LymphoSeq (89)

M

M3C (74)
M3D (76)
M3Drop (187)
maanova (111)
macat (80)
maCorrPlot (83)
MACPET (38)
maDB (1)
madb (0)
made4 (364)
MADSEQ (79)
maftools (847)
MAGeCKFlute (52)
maigesPack (92)
MAIT (119)
makecdfenv (191)
makePlatformDesign (1)
MANOR (80)
manta (85)
MantelCorr (77)
mAPKL (77)
maPredictDSC (83)
mapscape (73)
marray (1319)
martini (43)
maser (16)
maSigPro (271)
maskBAD (80)
MassArray (83)
massarray (0)
massiR (80)
MassSpecWavelet (855)
MAST (471)
matchBox (76)
matchprobes (0)
Matrix (0)
MatrixRider (78)
matter (118)
MaxContrastProjection (69)
MBAmethyl (68)
MBASED (87)
MBCB (86)
mBPCR (82)
MBttest (65)
mcaGUI (80)
MCbiclust (79)
MCRestimate (85)
mCSEA (42)
mdgsa (97)
mdp (40)
mdqc (83)
MDTS (37)
MEAL (77)
MeasurementError.cor (77)
MEDIPS (141)
MEDME (76)
MEIGOR (101)
mergemaid (0)
MergeMaid (120)
Mergeomics (85)
MeSHDbi (180)
meshes (99)
meshr (116)
MeSHSim (11)
messina (75)
metaArray (107)
metaarray (0)
Metab (96)
metabomxtr (88)
MetaboSignal (84)
metaCCA (83)
MetaCyto (75)
metagene (106)
metagenomeFeatures (86)
metagenomeSeq (546)
MetaGxOvarian (12)
metahdep (76)
metaMS (111)
MetaNeighbor (45)
metaR (0)
metaSeq (90)
metaseqR (107)
metavizr (81)
metaX (6)
MetCirc (80)
methimpute (72)
methInheritSim (72)
MethPed (69)
MethTargetedNGS (75)
methVisual (87)
methyAnalysis (156)
MethylAid (90)
methylGSA (11)
methylInheritance (76)
methylKit (511)
MethylMix (130)
methylMnM (76)
methylPipe (116)
MethylSeekR (99)
methylumi (1056)
methyvim (71)
MetID (6)
MetNet (7)
mfa (78)
Mfuzz (288)
mfuzz (0)
MGFM (78)
MGFR (79)
mgsa (106)
MiChip (77)
microbiome (367)
microRNA (164)
MIGSA (78)
mimager (69)
MIMOSA (85)
MineICA (92)
minet (698)
minfi (1682)
MinimumDistance (78)
MiPP (82)
MIRA (76)
MiRaGE (83)
miRBaseConverter (80)
miRcomp (74)
mirIntegrator (83)
miRLAB (95)
miRmine (63)
miRNAmeConverter (82)
miRNApath (94)
miRNAtap (133)
miRSM (7)
miRsponge (71)
Mirsynergy (83)
missMethyl (573)
missRows (35)
mitoODE (74)
mixOmics (133)
MLInterfaces (370)
mlm4omics (7)
MLP (106)
MLSeq (133)
MMDiff (5)
MMDiff2 (77)
mmgmos (0)
mmnet (12)
MmPalateMiRNA (82)
MODA (82)
mogsa (87)
monocle (1208)
MoonlightR (89)
MoPS (75)
mosaics (140)
motifbreakR (102)
motifcounter (84)
MotifDb (326)
motifmatchr (166)
motifRG (119)
motifStack (474)
MotIV (439)
MPFE (70)
mpra (74)
MPRAnalyze (5)
mQTL.NMR (85)
msa (742)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (69)
MSGFgui (147)
MSGFplus (205)
msmsEDA (173)
msmsTests (167)
MSnbase (1376)
MSnID (202)
msPurity (84)
msQC (0)
MSstats (287)
MSstatsQC (73)
MSstatsQCgui (37)
MSstatsTMT (7)
mtbls2 (0)
MTseeker (4)
Mulcom (128)
MultiAssayExperiment (666)
multiClust (135)
MultiDataSet (108)
multiHiCcompare (6)
MultiMed (75)
multiMiR (109)
multiOmicsViz (73)
multiscan (76)
multtest (5806)
muscle (182)
MutationalPatterns (197)
MVCClass (83)
mvGST (41)
MWASTools (96)
mygene (358)
myvariant (103)
mzID (1139)
mzR (1334)

N

NADfinder (70)
NanoStringDiff (122)
NanoStringQCPro (126)
NarrowPeaks (88)
NBSplice (9)
ncdfFlow (467)
NCIgraph (86)
ndexr (79)
neaGUI (10)
NeighborNet (5)
nem (141)
netbenchmark (89)
netbiov (113)
NetCRG (0)
nethet (85)
NetPathMiner (105)
netprioR (72)
netReg (71)
netresponse (89)
NetSAM (80)
netSmooth (44)
networkBMA (89)
NGScopy (78)
nnNorm (82)
NOISeq (547)
nondetects (90)
normalize450K (71)
NormalyzerDE (10)
NormqPCR (286)
normr (85)
npGSEA (88)
NTW (74)
nucleoSim (77)
nucleR (100)
nucler (0)
nuCpos (6)
nudge (69)
NuPoP (84)

O

occugene (74)
OCplus (142)
odseq (72)
OGSA (75)
oligo (1641)
oligoClasses (1750)
OLIN (85)
OLINgui (81)
OmaDB (34)
omicade4 (105)
omiccircos (0)
OmicCircos (256)
omicplotR (39)
omicRexposome (59)
OmicsMarkeR (102)
OMICsPCA (5)
omicsPrint (40)
Onassis (70)
oncomix (64)
OncoScore (87)
OncoSimulR (94)
oneChannelGUI (41)
oneSENSE (61)
onlineFDR (7)
ontoCAT (54)
ontoProc (68)
ontoTools (0)
openCyto (229)
openPrimeR (87)
openPrimeRui (65)
OperaMate (34)
oposSOM (105)
oppar (72)
OPWeight (79)
OrderedList (227)
ORFik (50)
Organism.dplyr (201)
OrganismDbi (2133)
OSAT (96)
Oscope (86)
OTUbase (83)
OutlierD (102)
OUTRIDER (11)

P

PAA (99)
PADOG (204)
paircompviz (82)
pairseqsim (0)
pamr (3)
PAN (0)
pandaR (101)
panelcn.mops (73)
PAnnBuilder (81)
panp (99)
PANR (82)
PanVizGenerator (82)
PAPi (88)
parglms (73)
parody (138)
Path2PPI (89)
pathifier (230)
PathNet (93)
PathoStat (96)
pathprint (67)
pathRender (85)
pathVar (77)
pathview (2201)
PathwaySplice (71)
PatientGeneSets (1)
paxtoolsr (134)
Pbase (93)
pbcmc (72)
pcaExplorer (254)
pcaGoPromoter (134)
pcaMethods (2495)
PCAN (74)
PCAtools (0)
pcot2 (122)
PCpheno (78)
pcxn (66)
pdInfoBuilder (159)
pdmclass (31)
PECA (88)
PepsNMR (5)
pepStat (84)
pepXMLTab (84)
perturbatr (39)
PGA (87)
pgca (66)
PGSEA (223)
pgUtils (1)
phantasus (39)
PharmacoGx (147)
phenoDist (70)
phenopath (78)
phenoTest (125)
PhenStat (86)
philr (107)
phosphonormalizer (66)
phyloseq (2537)
Pi (83)
piano (349)
pickgene (79)
PICS (140)
Pigengene (85)
PING (79)
pint (83)
pkgDepTools (102)
plateCore (89)
plethy (75)
plgem (95)
plier (217)
plotGrouper (8)
PLPE (84)
plrs (76)
plw (77)
plyranges (76)
pmm (71)
podkat (82)
pogos (39)
polyester (158)
Polyfit (79)
POST (65)
PowerExplorer (43)
powerTCR (38)
PPInfer (82)
ppiStats (92)
pqsfinder (86)
prada (245)
prebs (77)
PrecisionTrialDrawer (1)
PREDA (91)
predictionet (54)
preprocessCore (8591)
primirTSS (6)
Prize (77)
proBAMr (88)
PROcess (161)
procoil (84)
ProCoNA (73)
proFIA (82)
profileScoreDist (68)
progeny (81)
pRoloc (252)
pRolocGUI (97)
PROMISE (80)
PROPER (100)
PROPS (66)
Prostar (113)
prot2D (82)
proteinProfiles (74)
ProteomicsAnnotationHubData (82)
ProteoMM (4)
proteoQC (87)
ProtGenerics (4301)
PSEA (80)
psichomics (108)
PSICQUIC (104)
psygenet2r (89)
puma (142)
PureCN (143)
pvac (82)
pvca (156)
Pviz (94)
PWMEnrich (142)
pwOmics (84)
pxr (0)

Q

qcmetrics (90)
QDNAseq (191)
qpcrNorm (91)
qpgraph (189)
qPLEXanalyzer (10)
qrqc (159)
qsea (77)
QSutils (6)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (89)
quantro (117)
quantsmooth (368)
QuartPAC (78)
QuasR (291)
QuaternaryProd (81)
QUBIC (116)
qusage (210)
qvalue (5269)

R

R3CPET (75)
r3Cseq (134)
R453Plus1Toolbox (87)
R4RNA (83)
RaggedExperiment (469)
rain (98)
rama (84)
ramigo (0)
RamiGO (101)
ramwas (81)
RandomWalkRestartMH (39)
randPack (83)
RankProd (386)
RareVariantVis (80)
Rariant (85)
RbcBook1 (102)
RBGL (5948)
RBioinf (90)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (153)
RBM (74)
Rbowtie (294)
Rbowtie2 (184)
rbsurv (116)
Rcade (98)
RCAS (85)
RCASPAR (77)
rcellminer (96)
rCGH (106)
Rchemcpp (91)
RchyOptimyx (88)
RcisTarget (155)
RCM (0)
RConferoMapping (0)
Rcpi (128)
RCy3 (324)
RCyjs (90)
RCytoscape (148)
RDAVIDWebService (395)
Rdbi (1)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (86)
Rdisop (278)
RDRToolbox (173)
ReactomePA (844)
readat (103)
ReadqPCR (296)
reb (75)
REBET (6)
recount (283)
recoup (77)
RedeR (164)
REDseq (122)
RefNet (76)
RefPlus (84)
regioneR (916)
regionReport (160)
regsplice (77)
REMP (87)
Repitools (251)
ReportingTools (905)
reposTools (0)
ReQON (79)
Resourcerer (1)
restfulSE (91)
rexposome (67)
rfcdmin (0)
rflowcyt (1)
rfPred (84)
rGADEM (519)
RGalaxy (88)
Rgin (38)
RGMQL (45)
RGraph2js (72)
Rgraphviz (5755)
rGREAT (137)
RGSEA (116)
rgsepd (79)
rhdf5 (6282)
rhdf5client (98)
Rhdf5lib (4456)
Rhtslib (777)
rHVDM (75)
RiboProfiling (109)
riboSeq (0)
riboSeqR (98)
RImmPort (82)
Ringo (299)
Rintact (0)
RIPSeeker (140)
Risa (89)
RITAN (73)
RIVER (77)
RJMCMCNucleosomes (81)
RLMM (78)
RMAGEML (1)
Rmagpie (82)
RMAPPER (1)
RMassBank (106)
rMAT (78)
RmiR (78)
rmir (0)
Rmmquant (10)
RNAdecay (35)
RNAinteract (78)
RNAither (83)
rnaither (0)
RNAprobR (76)
rnaseqcomp (82)
RnaSeqGeneEdgeRQL (51)
rnaSeqMap (87)
RNASeqPower (161)
RNASeqR (5)
RnaSeqSampleSize (109)
RnBeads (250)
Rnits (79)
roar (96)
ROC (849)
Roleswitch (103)
Rolexa (5)
rols (245)
roma (4)
ROntoTools (101)
ropls (357)
ROTS (159)
RPA (116)
RProtoBufLib (420)
RpsiXML (108)
rpx (288)
Rqc (125)
rqt (74)
rqubic (120)
rRDP (77)
Rredland (1)
RRHO (101)
Rsamtools (11172)
rsbml (134)
rScudo (1)
RSeqAn (36)
rSFFreader (54)
RSNPper (0)
Rsubread (1613)
RSVSim (87)
rTANDEM (185)
RTCA (87)
RTCGA (464)
RTCGAToolbox (528)
RTN (128)
RTNduals (78)
RTNsurvival (72)
RTools4TB (1)
RTopper (81)
rtracklayer (10840)
Rtreemix (83)
rTRM (91)
rTRMui (78)
runibic (86)
Ruuid (1)
RUVcorr (89)
RUVnormalize (97)
RUVSeq (675)
RVS (65)
RWebServices (3)
rWikiPathways (53)

S

S4Vectors (22931)
safe (371)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (80)
SAGx (154)
samExploreR (58)
sampleClassifier (74)
SamSPECTRAL (119)
sangerseqR (248)
SANTA (87)
sapFinder (75)
saps (4)
savR (98)
sbgr (3)
SBMLR (96)
SC3 (507)
Scale4C (62)
SCAN.UPC (283)
scater (1628)
SCBN (5)
scDD (130)
scde (364)
scFeatureFilter (38)
scfind (100)
ScISI (95)
scmap (150)
scmeth (38)
SCnorm (162)
scone (170)
Sconify (41)
scoreInvHap (65)
scPipe (103)
scran (1101)
scruff (6)
scsR (75)
scTensor (2)
SDAMS (38)
segmentSeq (126)
SELEX (84)
SemDist (77)
semisup (72)
SemSim (0)
SEPA (75)
SEPIRA (36)
seq2pathway (89)
SeqArray (253)
seqbias (92)
seqCAT (64)
seqCNA (87)
seqcombo (70)
SeqGSEA (181)
seqLogo (1074)
Seqnames (0)
seqPattern (302)
seqplots (151)
seqsetvis (39)
SeqSQC (66)
seqTools (118)
SeqVarTools (196)
sesame (17)
sevenbridges (108)
sevenC (37)
SGSeq (151)
shinyMethyl (159)
shinyTANDEM (86)
ShortRead (4411)
shortread (0)
SIAMCAT (39)
SICtools (48)
sidap (0)
sigaR (92)
SigCheck (78)
sigFeature (14)
SigFuge (75)
siggenes (1803)
sights (78)
signeR (109)
signet (45)
sigPathway (150)
sigsquared (72)
SIM (81)
SIMAT (85)
SimBindProfiles (74)
SIMD (6)
similaRpeak (80)
SIMLR (176)
simpleaffy (767)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (80)
sincell (107)
SingleCellExperiment (1576)
singleCellTK (58)
singscore (40)
SISPA (71)
sizepower (94)
SJava (4)
skewr (70)
slalom (78)
SLGI (80)
slingshot (44)
slinky (10)
SLqPCR (95)
SMAP (73)
SMITE (85)
SNAData (0)
SNAGEE (78)
snapCGH (98)
snm (158)
snpAssoc (0)
SNPchip (251)
SNPediaR (93)
SNPhood (81)
snpMatrix (7)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (783)
snpStats (1151)
soGGi (94)
SomatiCA (8)
SomaticSignatures (238)
SpacePAC (81)
spade (22)
sparseDOSSA (70)
sparsenetgls (7)
SparseSignatures (44)
SpatialCPie (0)
specL (87)
SpeCond (121)
SPEM (92)
SPIA (536)
SpidermiR (110)
spikeLI (72)
spkTools (82)
splatter (210)
splicegear (77)
spliceR (125)
spliceSites (82)
SplicingGraphs (130)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (81)
SPLINTER (72)
splots (217)
SPONGE (65)
spotSegmentation (82)
SQUADD (77)
SRAdb (506)
sRAP (81)
SRGnet (69)
srnadiff (39)
sscore (81)
sscu (74)
sSeq (143)
ssize (112)
SSPA (278)
ssviz (78)
stageR (84)
stam (0)
STAN (86)
staRank (75)
StarBioTrek (78)
Starr (82)
STATegRa (90)
statTarget (117)
stepNorm (80)
stepwiseCM (12)
strandCheckR (6)
Streamer (80)
STRINGdb (440)
STROMA4 (71)
subSeq (98)
SummarizedBenchmark (41)
SummarizedExperiment (14499)
supraHex (367)
survcomp (519)
Sushi (299)
sva (3696)
SVAPLSseq (72)
SVM2CRM (72)
SWATH2stats (107)
SwathXtend (73)
swfdr (68)
SwimR (72)
switchBox (90)
switchde (83)
synapter (161)
synergyfinder (126)
synlet (73)
systemPipeR (751)
systemPipeRdata (0)

T

TargetScore (95)
TargetSearch (84)
targetsearch (0)
TarSeqQC (86)
TCC (202)
TCGAbiolinks (1251)
TCGAbiolinksGUI (200)
TCGAutils (122)
TCseq (106)
TDARACNE (86)
tdaracne (0)
tenXplore (62)
TEQC (107)
ternarynet (72)
TFARM (64)
TFBSTools (439)
TFEA.ChIP (41)
TFHAZ (62)
TFutils (47)
tiger (0)
tigre (85)
tilingArray (118)
timecourse (116)
TimerQuant (0)
timescape (80)
TimeSeriesExperiment (6)
TIN (73)
TissueEnrich (55)
TitanCNA (119)
tkWidgets (597)
TMixClust (81)
TnT (72)
tofsims (80)
ToPASeq (74)
topdownr (67)
topGO (2365)
topicmodels (0)
TPP (103)
tracktables (93)
trackViewer (211)
transcriptogramer (69)
transcriptR (80)
transite (5)
tRanslatome (78)
TransView (81)
traseR (79)
treeio (1235)
trena (58)
TReNA (25)
Trendy (49)
triform (74)
trigger (77)
trio (103)
triplex (86)
tRNA (6)
tRNAdbImport (5)
tRNAscanImport (35)
TRONCO (115)
TSCAN (185)
tspair (92)
TSRchitect (83)
TSSi (78)
TTMap (37)
TurboNorm (80)
TVTB (75)
tweeDEseq (108)
twilight (222)
twoddpcr (78)
tximeta (13)
tximport (2384)
TxRegInfra (34)
TypeInfo (75)

U

Ularcirc (9)
UNDO (79)
unifiedWMWqPCR (75)
UniProt.ws (273)
Uniquorn (70)
universalmotif (7)
uSORT (72)

V

VanillaICE (111)
variancePartition (151)
VariantAnnotation (5208)
VariantFiltering (111)
VariantTools (131)
vbmp (123)
VCFArray (1)
Vega (74)
VegaMC (75)
vidger (55)
viper (196)
virtualArray (10)
vsn (2953)
vtpnet (70)
vulcan (63)

W

wateRmelon (568)
wavClusteR (86)
waveTiling (80)
weaver (110)
webbioc (83)
widgetInvoke (0)
widgetTools (611)
wiggleplotr (82)
Wrench (5)

X

XBSeq (89)
xcms (1023)
XDE (75)
XINA (6)
xmapbridge (75)
xmapcore (1)
xps (89)
XVector (16837)
xvector (0)

Y

y2hStat (0)
yamss (84)
YAPSA (94)
yaqcaffy (107)
yarn (87)

Z

zFPKM (84)
zinbwave (294)
zlibbioc (18850)